29 січня уряд ухвалив рішення про реорганізацію структури і назви уряду. Члени кабінету стали іменуватись народними комісарами, а орган в цілому – Радою Народних Комісарів. Поряд з посадою голови уряду X. Раковський став ще й наркомом закордонних справ. На цих посадах він був затверджений III Всеукраїнським з'їздом Рад (1—6 березня 1919 p.).
В березні 1919 р. РНК України переїхав до Києва, де перебував до серпня. Через загрозу з боку денікінців уряд тоді перебазувався до Чернігова, а невдовзі тимчасово припинив існування. Голова РНК X. Раковський став начальником Політичного управління Реввійськради РСФРР, а члени уряду направились на фронт і на роботу в тилу ворога. З розгромом військ А. Денікіна і звільненням української землі відновив діяльність і РНК УСРР на чолі з X. Раковським. На цій посаді він в цілому працював близько 4,5 року. Водночас X. Раковський був також наркомом закордонних справ України, головою створеної в квітні 1919 р. Ради робітничої і селянської оборони УСРР, членом Реввійськради Південно-Західного і Південного фронтів, керівником Політичної наради по боротьбі з бандитизмом, Надзвичайної санітарної комісії, Особливої комісії з палива і продовольства, Української економічної ради, заступником голови Української трудової армії.
В надзвичайно складних умовах громадянської війни та іноземних воєнних інтервенцій, відбудови народного господарства, пошуку нових шляхів господарювання, налагодження діяльності різних економічних, політичних, військових, просвітніх та інших структур X. Раковський діяв компетентно, ініціативно, енергійно, ефективно.
В площині національно-державного будівництва позиція X. Раковського була до певної міри суперечливою. Як революціонер-інтернаціоналіст він був ворогом будь-яких проявів націоналізму. На цьому ґрунті у голови Раднаркому УСРР в 1920 р. виник серйозний конфлікт з В. Винниченком, котрий повернувся з еміграції в Україну і прагнув взяти участь у радянському будівництві. X. Раковський вважав В. Винниченка «одним з представників українського націоналізму» і не бажав з цим миритися. В свою чергу, В. Винниченко розглядав можливість своєї роботи у Раднаркомі України за умов відкликання з України X. Раковського.
На III Всеукраїнському з'їзді Рад в березні 1919 р., коли приймалася перша конституція УСРР і виникло питання про державну мову, X. Раковський рішуче відкинув його як безпідставне, бо вважав, що всі мови є рівними. На його думку, надання українській мові статусу державної могло начебто призвести до передачі влади в Україні націоналістичним силам в особах П. Скоропадського або С Петлюри. З іншого боку, X. Раковський виступив проти будь-якого декретування тієї чи іншої мови, був противником насадження російської мови в установах пошти і телеграфів, закликав вчити українську мову, відстоював національну школу, хоч вимагав її «радянизацїї».
В ставленні до релігії і антирелігійної пропаганди він, хоч і стояв на атеїстичних позиціях, але був проти того, щоб переборювати релігійний світогляд шляхом закриття храмів, влаштування гучних антирелігійних демонстрацій.
X. Раковський поділяв погляди Л. Троцького на мілітаризацію країни, на введення 16-годинного робочого дня. Разом з тим, з його ініціативи в 1920—1921 pp. стали вводитись почесне звання Героя Праці, занесення на Дошку пошани, вручення червоних прапорів підприємствам і організаціям за успіхи на трудовому фронті. В умовах реалізації нової економічної політики X. Раковський виступав за розширення господарської ініціативи, за більшу господарську свободу окремим підприємствам, за раціоналізацію праці.
В галузі аграрної політики X. Раковський був прихильником державної власності на землю, колективних форм господарювання. В часи воєнного комунізму він підтримував курс на створення в Україні комітетів бідноти, а потім – комітетів незаможних селян. В грудні 1919 р. на VIII Всеросійській конференції РКП(б) голова Раднаркому України наполягав на збереженні радянських господарств у землезабезпечених районах України і лише внаслідок критики з боку В. Леніна погодився на те, щоб більша частина колишніх земель була передана у володіння селянам. Причини недосіву 1920 р. в Україні X. Раковський вбачав не в поведінці дрібного товаровиробника, в забороні вільної торгівлі, а в прихованому саботажі куркульства. Він активно підтримував розвиток всіх форм кооперативного руху.