У сутності гетьманської влади, її антинародної, антиукраїнської спрямованості І. Мазепі довелося переконатися на власному досвіді. У жовтні 1918 р. він був кинутий до в'язниці за видання в Катеринославі українського тижневика «Наша справа» і за участь у роботі видавництва «Каменяр». Звільнившись, Ісаак Прохорович приєднався до тих опозиційних гетьманові сил, що гуртувалися навколо Українського національного союзу. Коли відділ УНС було створено в Катеринославі, його управа вирішила направляти своїх делегатів до Києва для з'ясування ситуації і з проханням про військову допомогу: Катеринославу загрожувала перспектива швидкого приходу до влади місцевих більшовиків. Делегати – І. Мазепа та І. Труба – добралися до Києва 15 листопада – в день оголошення Директорією антигетьманського повстання. І. Мазепі імпонувало бажання керівництва Національного союзу відродити ідею демократичності, колективності вищої влади. Його піднесеного настрою не зіпсував навіть обстріл потяга, на якому катеринославські делегати поверталися додому.
Та невдовзі оптимістичний настрій І. Мазепи почав нестримно танути. Прийшовши до влади, Директорія так і не спромоглася оволодіти ситуацією. У створеному нею уряді відповідно до суперечностей між головним отаманом С. Петлюрою та головою Директорії В. Винниченком зіткнулися дві орієнтації: одні стояли за порозуміння з Антантою, інші – за союз з Москвою. Одночасно велися переговори і з командуванням французького десанту, що висадився в Одесі, і з ленінським Раднаркомом. Переважали в уряді В. Чехівського ті, хто готовий був за визнання УНР і припинення кровопролиття згодитись на «радянську платформу». До такого погляду схилялися і М. Грушевський та В. Винниченко. Але спроби останнього досягти порозуміння з Москвою (місія С. Мазуренка) були заблоковані С. Петлюрою. Для максималіста І. Мазепи перспектива союзу з «диктаторською» Москвою була абсолютно неприйнятною, бодай навіть у формі тимчасової угоди. Приїхавши до Києва на VI з'їзд УСДРП, він у суперечках незмінно доводив, що Радянська влада є диктатурою комуністів, до того ж ворожою до ідеї незалежності України. В умовах, коли майже все керівництво партії схилялося до «українських совітів», сподіваючись у такий спосіб уникнути війни УНР з Радянською Росією, позиція катеринославців здавалася зарані програшною. Це, однак, не завадило І. Мазепі твердо її обстоювати. Першим в ЦК УСДРП на його аргументи пристав М. Порш, заклавши ідею засудження переходу на «радянську платформу» у резолюцію майбутнього з'їзду.
Полеміка на з'їзді УСДРП (10—12 січня 1919 р.) відбила дуже широкий спектр настроїв, що панували в середовищі українських соціал-демократів у складний момент становлення влади Директорії. В умовах, коли із заходу наступали поляки, з півночі – полки Червоної армії, а на півдні України висадився десант французів і греків, нелегко було визначити стратегію подальших дій. Головним ідеологом радянофільської групи на з'їзді виступив колишній міністр внутрішніх справ в уряді Центральної Ради М. Ткаченко. Голова уряду В. Чехівський у своїй промові відкидав більшовизм, але висловився за Радянську владу «у чистому, неопоганеному вигляді». Завдяки катеринославцям (незадовго перед тим вони стали іменуватись січеславцями) з'їзд недвозначно висловився за демократію, проти диктатури. Однак 10 делегатів виявили незгоду з більшістю і заявили, що створюють свою «незалежну» фракцію УСДРП на радянській платформі.
І. Мазепа був обраний з'їздом до складу ЦК УСДРП і секретарем ЦК. З цього часу провід партії перейшов до рук «катеринославців» (І. Мазепа, П. Феденко, І. Романченко).
На засіданнях Трудового конгресу (23—28 січня 1919 р.) І. Мазепі (він був обраний делегатом від селян Катеринославщини заочно) та іншим членам соціал-демократичної фракції форуму знов довелося захищати ідею демократичного устрою УНР у суперечках з представниками «радянства» на чолі з М. Грушевським. Ще до початку конгресу фракція оприлюднила декларацію, в якій говорилося, що українська соціал-демократія розуміє владу трудового народу в Україні лише у формі виборного парламенту УНР. З огляду на складність моменту, вона пропонувала до скликання парламенту залишити владу в руках Директорії, ввівши до її складу представника від Галичини. Положення декларації були використані конгресом при затвердженні його ухвал і, насамперед, «Закону про форму влади на Україні». Однак вже через кілька днів керівництво УПСР відмовилося його визнавати, заявивши про те, що стає на ґрунт соціалістичної революції і приймає радянську форму влади в Україні.