15 квітня 1920 р. відбувся Пленум ЦК КП(б)У на якому було утворено Політбюро ЦК (С. Косіор – секретар ЦК, Г. Петровський – голова ВУЦВК, X. Раковський – голова РНК УСРР,
О. Шумський – член РВР 12-ї армії, Я. Яковлев – секретар Харківського губкому КП(б)У і Оргбюро ЦК (С. Косіор, О. Шумський, Я. Яковлев).
Очоливши Комуністичну партію (більшовиків) України, С. Косіор докладав значних зусиль до того, щоб якомога згуртувати республіканську партійну організацію, подолати негативні наслідки діяльності «децистів», зосередився на мобілізації трудящих на відбудову народного господарства, поглиблення соціалістичних перетворень. На цей же час випала і організація відсічі білопанській Польщі, і завершення розгрому білогвардійщини на чолі з П. Врангелем і вирішальні акції щодо приборкання повстанської стихії, передусім махновщини.
На посаді першого секретаря ЦК КП(б)У Станіслав Вікентійович перебував до V конференції КП(б)У (17—22 листопада 1920 p.). Згодом деякий час працював у Наркомпроді УСРР, входив до складу Центральної комісії по чистці партії. У грудні 1921 р. повертається в апарат ЦК КП(б)У обирається до складу Оргбюро, працює завідуючим організаційно-інструкторським відділом ЦК.
Після завершення громадянської війни зусилля С. Косіора, як і інших керівників партії та уряду Радянської України, були спрямовані на боротьбу з розрухою, на відбудову і розвиток народного господарства. Він бере активну участь у завершенні процесу націоналізації промисловості, відновленні залізниць і засобів зв'язку, налагодженні роботи шахт Донбасу і металургійних заводів Придніпров'я, в організації комнезамів і поданні допомоги голодуючим.
У жовтні 1922 р. ЦК партії затверджує С Косіора секретарем Сибірського бюро ЦК РКП(б).
У січні 1926 р. його обирають членом Оргбюро та секретарем ЦК ВКП(б). Він брав активну участь у підготовці до XV з'їзду партії (грудень 1927 р.), на якому виступив з Організаційним звітом ЦК і був обраний кандидатом у члени Політбюро, секретарем ЦК і членом Оргбюро ЦК ВКП(б).
У липні 1928 р. об'єднаний Пленум ЦК і ЦКК КП(б)У обрав С Косіора Генеральним секретарем Центрального Комітету КП(б)У, членом Політбюро і Оргбюро ЦК. З того часу майже 10 років він очолював парторганізацію України і, спираючись на сформований у двадцятих роках партійний актив, спрямовував комуністів, усіх трудящих республіки на розв'язання завдань соціалістичного будівництва. Індустріалізація, колективізація, культурна революція, проведені у стислі строки ціною величезного напруження сил, далися нелегко і народу, і керівникам республіки. І в будівництво Дніпрельстану, «Запоріжсталі», Харківського тракторного та інших велетнів п'ятирічки, і у кожен з десятків відкритих в Україні вузів та наукових закладів була вкладена частка праці й Станіслава Вікентійовича.
Щодо ролі С. Косіора у соціалістичній перебудові сільського господарства, його позиції в процесах колективізації однозначної оцінки бути не може. На першому етапі соціалістичних перетворень на селі він підтримував методи адміністративного тиску при організації колгоспів. Орієнтуючи партійні комітети на форсування цього процесу, Станіслав Вікентійович вважав, що Україна має всі дані для того, щоб іти попереду інших. Але такий «наступ» у «боротьбі з куркульством» призвів до того, що постраждала частина середняків. Натискні методи колективізації, обмеження господарської ініціативи селянства, репресії і зловживання владою вели справу колгоспного будівництва у глухий кут. Це засвідчили й партійні документи, опубліковані у березні-квітні 1930 р.
Косіор разом з керівництвом республіки рішуче взявся за нормалізацію становища на селі. Увага партійних організацій була зосереджена на практичній допомозі новоствореним артілям, їх організаційно-господарському зміцненні, створенні відповідної технічної бази. Виступаючи з доповіддю на VII Всеукраїнському з'їзді незаможних селян 28 березня 1930 р., С. В. Косіор застерігав від підміни масової роботи у здійсненні суцільної колективізації голим розкуркулюванням, вимагав покінчити з неподобствами і головотяпством у колгоспному будівництві. Зрозумівши свої помилки, Генеральний секретар ЦК КП(б)У та інші керівники республіки почали шукати нові форми і методи господарювання, матеріального стимулювання колгоспників.