Гострій критиці піддавав і прояви великодержавного шовінізму в республіці. І все ж Станіслав Вікентійович допустив чималі прорахунки і навіть правопорушення, які призвели до серйозних деформацій у національній політиці. С. Косіор був одним з ініціаторів безпідставних звинувачень відданого більшовика, члена Політбюро ЦК КП(б)У М. Скрипника у «пособництві буржуазно-націоналістичним елементам» та «змиканні з інтервенціоністськими силами». Безпідставні звинувачення у націоналізмі висунув він і щодо окремих керівників Компартії Західної України, які на основі сфальсифікованих матеріалів про антирадянську діяльність і зв'язки з так званою Українською військовою організацією (УВО) та іноземними розвідками зазнали репресій.
Перебуваючи довгі роки в керівному складі партії, Станіслав Вікентійович був учасником багатьох найважливіших подій життя України, обирався делегатом VI, VII, XI, XIII, XV—XVII з'їздів партії, І—III з'їздів, IV, V конференцій і XI—XIII з'їздів КП(б)У.
С. Косіор залишив чималу творчу спадщину – понад 200 друкованих праць – доповідей, статей, промов тощо. Просякнуті духом часу та історичних подій, активним учасником яких був Станіслав Вікентійович, вони охоплюють широке коло питань політичного, економічного і культурного життя нашої країни. Разом з тим доробок С Косіора повною мірою віддзеркалює всі негативні моменти, складності і протиріччя, притаманні тоталітарній добі, панівні на той час догматичні уявлення про соціалізм. Для чималої кількості виступів і статей характерні некритичний підхід до роботи партійних організацій, захвалювання і перебільшення досягнень.
Епоха, в яку жив Станіслав Вікентійович, була дуже непростою, суперечливою, важкою.
Особливо тяжким для країни, партії і особисто С. Косіора виявився тридцять сьомий рік. За сфальсифікованими звинуваченнями було кинуто за ґрати і розстріляно багатьох членів ЦК КП(б)У, секретарів обкомів партії, воєначальників, радянських і комсомольських працівників – людей, з якими Станіслава Вікентійовича поєднували колишнє підпілля, громадянська війна, спільна багаторічна праця, особиста дружба. І він, поза сумнівом, відчував біль втрат, особисту відповідальність за розправи над чесними комуністами. Адже з ним, як з членом Політбюро ЦК ВКП(б), керівником республіканської парторганізації, погоджували чимало репресивних заходів. Мабуть уже на початку 1937 р. С Косіор зрозумів марність і безперспективність захисту товаришів від брутального свавілля. І водночас все ясніше відчував, що морок недовір'я і патологічної підозрілості насувається й на нього. Саме тоді, потрапивши у маховик репресивної машини і опинившись під тяжким пресом звинувачень з боку сталінсько-єжовської верхівки, С. Косіор, очевидно, вирішив рятувати себе і свою родину. Лише цим можна пояснити його відверто показове самобичування у зв'язку з «втратою пильності», заклики до посилення боротьби з «ворогами народу», «дворушниками», «агентами» іноземних розвідок, які зайняли провідне місце у звітній доповіді Косіора на XIII з'їзді КП(б)У (27 травня – 3 червня 1937 p.).
Однак вберегти себе, дружину, дочку, двох синів і трьох рідних братів, запобігти біді Станіслав Вікентійович так і не зміг. У січні 1938 р. його відкликали до Москви і призначили заступником голови Раднаркому СРСР, керівником Комісії радянського контролю. Але вже через три місяці – у травні – С. Косіора було кинуто за ґрати. Ні звитяжне революційне минуле, ні активна участь у будівництві основ соціалізму, ні, зрештою, діяльна роль у створенні культу Й. Сталіна не були взяті до уваги. Станіслава Вікентійовича безпідставно звинуватили у зв'язках з шпигунсько-диверсійними службами іноземних держав, у керівництві неіснуючою «Польською організацією військовою» (ПОВ), в інших «смертних гріхах». 29 лютого 1939 p. C. Косіора було розстріляно. Рішенням Військової колегії Верховного Суду СРСР від 14 березня 1956 р. вирок скасовано, С. Косіор повністю реабілітований.
Праці С. В. Косіора
Вибрані статті і промови. – К., 1968.
Література про С. В. Косіора
Туро И., Андреев А. Горизонты. Повесть о Станиславе Косиоре. – М., 1964.
Комуністична партія України: з'їзди і конференції. – К., 1991. – С 375—383.
О Станиславе Косиоре: Воспоминания, очерки, статьи. – М., 1989.