М. Міхновський уникнув арешту і став працювати в одній з адвокатських контор Києва, продовжуючи роботу в українофільських гуртках. Як і раніше, поліція пильно стежила за його діяльністю. Її агенти писали про М. Міхновського, як про «крайнього за переконаннями своїми українофіла й притому з грубими і вкрай несимпатичними прийомами і формами, і напрямком безумовно антиурядовим». У 1899 р. Міхновський переїхав до Харкова, де зайнявся юридичною практикою, не залишаючи громадсько-політичної діяльності.
В лютому 1900 р. молодий харківський адвокат виступив перед молодіжною аудиторією на нелегальних Шевченківських святах, де заявив «про необхідність збройної боротьби за права українського народу». Частину зборів цей заклик налякав, інші зустріли його скептично. Але були й такі, хто сприйняв пристрасну промову з захопленням.
Саме у цей час за ініціативою харківських студентів-громадівців було прийнято рішення про створення Революційної української партії (РУП). Її керівництво спершу прихильно поставилося до проголошених у згаданій промові М. Міхновського ідей і запропонувало викласти їх як програмний документ у спеціальній брошурі. Це було зроблено досить швидко. Затим оперативно віддрукована в Галичині як видання РУП брошура під назвою «Самостійна Україна» в тому ж 1900 р. була переправлена в Наддніпрянщину і деякий час слугувала програмою першої політичної партії українства, надавши істотного інтелектуального імпульсу розвитку національно-визвольного руху.
Значну частину твору становить екскурс в історію, критика русифікаторської, великодержавної політики царизму. М. Міхновський аналізує відносини України і Росії, передбачені Переяславською радою 1654 р. як рівноправні, але порушені пізніше російською стороною. Звідси – право України на повернення до статусу самостійної держави.
Головне завдання «Самостійної України» – визначення шляхів національного визволення України. Автор відкидає і піддає нищівній критиці методи українофілів-народників, покоління яких «виплекали цілий культ страхополохства, виробили цілу релігію лояльності…. нечуваним сервілізмом, своєю безідейністю, своєю незвичайною інертністю відіпхнули від себе цілий ряд рухів молодіжі, що стояла на українському національному ґрунті. Сі покоління надали українофільству характер недоношеної розумом етнографічної теорії… Між молодою Україною й українофілами немає ніяких зв'язків». «Самостійна Україна» закликала до активної політичної боротьби за незалежність України. «Українська інтелігенція стає до боротьби за свій нарід, до боротьби кривавої і безпощадної. Вона вірить у сили свої і національні і вона виповнить свій обов'язок. Вона виписує на своєму прапорі ці слова: «Одна, єдина, нероздільна, вільна, самостійна Україна від Карпатів аж по Кавказ!» Вона віддає себе на служения цьому великому ідеалові, і доки хоч на клапті української території пануватиме чужинець, доти українська інтелігенція не покладе оружжя, доти всі покоління українців ітимуть на війну. Війна провадитиметься усіма засобами, і боротьба культурна уважатиметься так само відповідною, як і боротьба фізичною силою…»
Гасла «Самостійна Україна», «Україна для українців», «Україна від гір Карпатських до гір Кавказьких», пристрасне звернення до тогочасної генерації національної еліти повернутися обличчям до потреб, інтересів власного народу, повести боротьбу проти панування чужинців на рідній землі виявилися значною мірою суголосними викликам часу. Однак спроби РУП поширювати свої погляди в масах наштовхнулися на несприйняття радикальних планів. Не зблизили вони українських партійців і з демократичним загальноросійським демократичним табором. Оцінюючи ситуацію, більшість керівництва РУП вирішила відійти від платформи «Самостійної України» і стала на шлях автономістсько-федералістського переустрою Росії, пропаганди соціалістичних ідей.
Не погоджуючись з кристалізацією нових орієнтацій Революційної української партії, М. Міхновський став на шлях організаційного згуртування своїх прибічників і в 1902 р. створив Українську народну партію (УНП). Він був головним ідеологом партії, автором більшості її документів. За його авторством у 1902—1904 pp. були написані відозви і прокламації «Робітницька справа в програмі УНП», «Справа української інтелігенції в програмі УНП», «Десять заповідей УНП» та інші. Зміст цих видань узагальнений програмою партії, опублікованою у 1906 р. у Львові.