На той час крайніх меж досяг конфлікт з Г. П'ятаковим, секретарем Київського комітету РСДРП(б). Ідейні суперечки привели навіть до розриву подружніх зв'язків (до цього вони перебували в громадянському шлюбі). В жовтневі дні 1917 р. Є. Бош перебувала у Вінниці, була одним з керівників збройного повстання проти військ Тимчасового уряду. Брала діяльну участь у підготовці обласного (крайового) з'їзду РСДРП(б) в Києві (3—5 грудня 1917 p.), який прагнув створити всеукраїнську організацію більшовиків – РСДРП(б) – Соціал-демократію України, увійшла до складу обраного з'їздом Головного комітету РСДРП(б) – Соціал-демократії України.
Є. Бош стала однією з ключових фігур проведення Всеукраїнського з'їзду Рад, проголошення України радянською республікою, формування і налагодження функціонування органів державної влади УСРР За її ініціативою делегати-більшовики і представники лівих течій ряду інших партій залишили з'їзд Рад у Києві, на який прибула велика кількість прибічників Центральної Ради, переїхали до Харкова, об'єднались там із делегатами III Донецько-Криворізького обласного з'їзду Рад і провели 11—12 грудня І Всеукраїнський з'їзд Рад. З'їзд проголосив Україну республікою Рад, заявив про федеративний зв'язок з Радянською Росією, оголосив владу Центральної Ради в УНР недійсною, а закони і розпорядження – нечинними.
Є. Бош стала одним із членів Центрального Виконавчого Комітету Рад України – вищого органу влади в УСРР. Останній приступив 13 грудня 1917 р. до формування виконавчої гілки влади – Народного Секретаріату. Це виявилось нелегкою справою. До суперечностей між «господарями» (харків'янами) і «чужаками» (киянами) про норми представництва своїх прибічників додався і такий фактор, як суттєвий брак кадрів відповідної кваліфікації українського походження. Це могло спричинити небажану кампанію з боку Центральної Ради проти Народного Секретаріату як уособлення великодержавництва. Врешті-решт зійшлися на тому, що претенденти на урядові посади повинні мати передусім високі ділові і політичні якості і бути «по можливості з українськими прізвищами». Оскільки на керівника уряду «щирого українця» не надалося, було вирішено «голову Ради народних секретарів тимчасово не обирати».
Однак тут же було ухвалено, що «народний секретар внутрішніх справ буде об'єднувати роботу Народного Секретаріату». Іншими словами, виконуючим обов'язки голови уряду мав стати народний секретар внутрішніх справ. І саме цю посаду 17 грудня 1917 р. обійняла Є. Бош. Того ж дня ЦБК Рад України розглянув ряд питань, пов'язаних з діяльністю Народного Секретаріату і вирішив «організувати при президії ЦБК відділ управління, який повинен працювати під керівництвом народного секретаря внутрішніх справ». Цією ухвалою додатково підтверджувався статус Є. Бош як фактичного керівника уряду. Отже, вона практично очолювала Народний Секретаріат у тяжкий, перший період його становлення, боротьби за владу в Україні проти Центральної Ради, її органів на місцях, в умовах наступу австро-німецьких окупантів. Як відомо, до двадцятих чисел січня 1918 р. уряд перебував у Харкові, з 26 січня – переніс свою роботу до Києва, а в перших числах березня – до Полтави.
Поспішний і маловмотивований переїзд Народного Секретаріату до Києва Є. Бош згодом вважала помилковим. Умови для діяльності уряду з багатьох причин значно погіршилися. В обстановці суцільного хаосу, наростання внутрішніх суперечностей, що перетворювались на склоку, Є. Бош з її діяльною, невгамовною аж до фанатизму вдачею дедалі частіше почала вдаватися до рішучих, різких кроків і рішень. Опоненти стали іменувати її «диктатором», навіть вживати кроків до ізоляції. Розуміючи це, Є. Бош сама ініціювала передачу своїх організаторських функцій М. Скрипнику, що поводив себе значно поміркованіше, виваженіше.
Є. Бош не згоджувалась без бою залишати Київ, однак її позицію не поділяла більшість колег з політичного і військового керівництва УСРР її буквально силоміць було евакуйовано з Києва і висунуто умову заміни на М. Скрипника (мова, звісно, йшла про роль «першої скрипки» в уряді, а не на посаді народного секретаря внутрішніх справ, як це підтвердять наступні події).
Враховуючи відзначене, а також на знак незгоди з підписанням Брестського миру, за яким Радянська Росія визнавала угоду Центральної Ради з Почвірним союзом, Є. Бош 4 березня 1918 р. склала свої повноваження народного секретаря. В результаті уряд залишився і без керівника, у зв'язку з чим цього ж дня на посаду голови Народного Секретаріату обрали М. Скрипника. Остання обставина – додатковий аргумент на користь того, що обов'язки голови, координатора, «організатора» уряду до того моменту виконувала саме Є. Бош.