Після оголошення декларації повноважного посольства РНК 3 квітня 1918 р. ухвалив резолюцію, в якій висловив своє «захоплене співчуття героїчній боротьбі трудящих і експлуатованих мас України».
Народному Секретаріату УСРР довелось працювати в екстремальних умовах воєнного часу, нестримного процесу втрати території України в міру її окупації іноземними військами. З різних обставин статус України як національно-державного утворення не усталився, постійно змінювався, нерідко втілював у собі в різних комбінаціях принципові підходи до розв'язання національної проблеми з факторами тимчасової дії, елементами політичного, дипломатичного характеру, зокрема – умовами Брестського миру. Таке поєднання часом було досить суперечливим. Постійна ж причетність М. Скрипника до пошуків розв'язання щонайскладніших проблем національно-державного будівництва, відносин з іншими державними утвореннями виробили в ньому своєрідну методу, якій він не зраджував і в подальшому, намагаючись іноді штучно поєднувати суперечливі елементи, хоч настійної потреби в цьому уже й не було. Це часом призводило до виникнення нових ускладнень, коштувало самому М. Скрипнику нелегких моральних переживань і збитків.
На весну 1918 р. великої актуальності набув процес об'єднання більшовицьких організацій у всеукраїнському масштабі, утворення партійного центру. М. Скрипник взяв на себе у цій справі одну з визначальних ролей. Він не пристав ні на платформу прихильників «лівих» поглядів, які відстоювали форсування повстання проти окупантів і створення з цією метою окремої Компартії України, ні на позицію прибічників правих поглядів, які виходили з того, що без допомоги з боку Росії повстання безперспективне, внутрішніх потенцій для нього недостатньо, а Компартія України має бути обов'язково складовою частиною РКП(б).
На Таганрозькій партійній нараді (19—20 квітня 1918 р.) М. Скрипник запропонував резолюцію, яка відкидала і «меншовицько-угодовські» пропозиції правих поглядів, і «есерівський чистий інсуррекціонізм» виразників «лівих» поглядів. Учасники наради у більшості згодилися з ним і визнали за необхідне організувати партизансько-повстанську боротьбу трудящих в тилу німецько-австрійських військ, визначили курс на підготовку повстання проти окупантів та їх пособників, підкресливши «залежність успіху цього повстання від збереження і зміцнення Радянської влади в Російській Федерації і від дальшого розвитку світової соціалістичної революції». Одним із найневідкладніших і найзначніших партійних завдань учасники наради визнали «відтворення класової партійної організації пролетаріату та її керівництво в справі організації і ведення повстання робітничого класу і селянства проти диктатури контрреволюційної буржуазії».
Проекту резолюції правих (автор Е. Квірінг) «Створити автономну партію з своїм Центральним Комітетом і з своїми з'їздами, але підпорядковану спільному Центральному Комітету і з'їздам Російської комуністичної партії» М. Скрипник протиставив свій: «Створити самостійну комуністичну партію, що має свій Центральний Комітет і свої партійні з'їзди і зв'язану з Російською комуністичною партією через міжнародну комісію (III Інтернаціонал)».
Учасники наради більшістю голосів знову підтримали М. Скрипника. Серед тих, хто голосував за запропоновану ним резолюцію, були і однодумці Г. П'ятакова, Г. Лапчинського – «ліві комуністи», прибічники утворення окремої комуністичної партії в Україні. Для підготовки з'їзду більшовицьких організацій України було призначено Організаційне бюро, до якого ввійшли А. Бубнов, Я. Гамарник, В. Затонський, С Косіор, І. Крейсберг та ін. Очолив Оргбюро (став його секретарем) М. Скрипник. На його ж пропозицію було ухвалено назвати майбутню республіканську партійну організацію Комуністичною партією (більшовиків) України. Нарада не прийняла пропозицію полтавської групи більшовиків і «лівих» українських соціал-демократів назвати партію «Українською комуністичною партією», оскільки це суперечило її інтернаціональному характерові, а також відхилила запропоновану Е. Квірінгом назву партії «РКП(б) – на Україні».
Однак на І з'їзді КП(б)У (5—12 липня 1918 p., Москва) М. Скрипник не зміг зміцнити своїх позицій, закріпити зароджені тенденції. Так, за наполяганням правих було вирішено розформувати Народний Секретаріат (М. Скрипник, що очолював тоді Всеукраїнське бюро для керівництва повстанською боротьбою проти німецьких окупантів, інакше – Повстанський народний секретаріат або Повстанська дев'ятка, – був проти). Не пройшли й інші проекти резолюцій М. Скрипника, зокрема принципова – про поточний момент.