Як і на Таганрозькій нараді, М. Скрипник запропонував з'їзду редакцію про утворення окремої, організаційно самостійної Компартії України. Однак в процесі дискусії з'ясувалося, що її автор не має аргументованої, переконливої, до кінця продуманої, всебічно теоретично опрацьованої, чітко вибудуваної логічної схеми, яка б органічно пов'язувала проблеми національно-державного і перспективи партійного будівництва. І хоч на з'їзді М. Скрипника підтримали прихильники Г. П'ятакова, Микола Олексійович у процесі обговорення резолюцій, що набуло пристрасної суперечки, зняв свій проект. Це передрішило прийняття пропозиції Е. Квірінга про утворення КП(б)У на правах обласної організації РКП(б).
Судячи з усього, зняття власної резолюції з голосування, схвалення іншої резолюції М. Скрипник не сприйняв як власну поразку. Перевагу, як і завжди, взяло уявлення про революційну доцільність, про найефективнішу форму життєдіяльності партійного організму. КП(б)У М. Скрипник завжди вважав своїм дітищем. Щоправда, доля склалася так, що йому ніколи не довелося очолювати КП(б)У, хоч, здавалось, підстав для цього у нього було не менше за інших і відповідні плани час від часу виникали. Досить поширена думка, що те пов'язано з помилковою позицією М. Скрипника у питанні про утворення партії на І з'їзді КП(б)У, яку начебто йому не могли вибачити ні В. Ленін, ні ЦК РКП(б), ні партійний актив України.
Однак переконливими і логічними такі міркування визнати не можна. Першими секретарями ЦК КП(б)У обирались Г. П'ятаков, Е. Квірінг, С. Косіор, які в багатьох принципових питаннях того нелегкого часу нерідко дотримувались, – як офіційно вважалось, оцінювалось у відповідних документах, – хибних поглядів, припускались досить серйозних помилок.
Очевидно, тут більшу роль грали інші мотиви. М. Скрипник, як правило, не долучався до жодної з течій, що тоді сформувалися і виявляли себе нерідко з полярних позицій. Він ніколи не прагнув до фракційності, до згуртування навколо себе якоїсь групи людей, завжди хотів бути вище за таку поведінку, сподівався, що завжди принципово відстоює загальнопартійний інтерес. І поки точилася боротьба між представниками «лівих» і правих, він, природно, не міг реально претендувати на першу роль у партії, за яку йшло нерідко відчайдушне суперництво.
В 1919 р. М. Скрипник перебував на фронтах громадянської війни. Був начальником політвідділу Гомельського укріпленого району, начальником особливого відділу Південно-Східного (Кавказького) фронту.
Повернувшись у 1920 р. в Україну, М. Скрипник працював народним комісаром робітничо-селянської інспекції (1920 p.), народним комісаром внутрішніх справ (1921—1922 pp.). Одночасно він очолював Всеукраїнську комісію з історії Жовтневої революції і КП(б)У (Істпарт) та Головне архівне управління при НКО, яке було створене у 1921 р. на базі Архівного відділу Всеукраїнського комітету охорони пам'яток мистецтва і старовини (Вукопмису), що підпорядковувався Наркомосвіті. На Головне архівне управління покладалося загальне керівництво архівною справою в Україні, організація мережі архівних установ, проведення наукових досліджень в галузі архівної справи. З утворенням Головархіву склалися передумови для поліпшення загального стану архівної справи в Україні.
У 1922—1927 pp. M. Скрипник – народний комісар юстиції і Генеральний прокурор. Значним був його внесок у вирішення питань національно-державного і культурного будівництва, коли він з березня 1927-го по лютий 1933 р. очолював Народний комісаріат освіти. Паралельно з цим М. Скрипник займав пост директора Всеукраїнської асоціації марксо-ленінських інститутів (ВУАМЛІН), керував Асоціацією істориків, був секретарем фракції ВУАН, головним редактором Української Радянської Енциклопедії, завідуючим кафедрою національного питання. І всі свої можливості він намагався максимально використовувати для всебічного розвою рідної нації, для здійснення політики українізації. Було досягнуто значних успіхів у справі підготовки кадрів різного рівня кваліфікації з представників корінної національності, істотного розширення сфери вживання української мови, розвитку української культури, створення сприятливих можливостей для активізації національно-культурного життя за межами УРСР. Водночас багато робилося для забезпечення національно-культурного розвитку всіх національних меншин, що проживали в Україні. Зусиллями М. Скрипника, його оточення УРСР було перетворено на своєрідну лабораторію розв'язання національного питання. Однак демократична, гуманістична спрямованість цього процесу дедалі входила в непримиренну суперечність із зміцненням тоталітарної системи в СРСР Та й сам М. Скрипник не міг примирити, органічно поєднати два начала, які боролися в ньому, – прагнення якнайбільше прислужитися рідному народу, нації і бажання якнайпослідовніше здійснювати інтернаціональний курс, що на практиці ототожнювався з перетворенням СРСР з федеративної на унітарну державу, де все більше обмежувалися можливості національного розвою. Причетність до українізації почала кваліфікуватися як ворожі соціалізму, радянському ладу дії.