В лютому 1933 p. M. Скрипник був увільнений з посади наркома освіти і призначений на посади голови Держплану і заступника голови Ради Народних Комісарів УРСР.
Останній, 1933 р. в житті М. Скрипника став майже суціль ганебною кампанією проти нього. В його творах невпинно вишукувались «перекручення ленінізму», шкідництво у мовознавстві та діяльності НКО України.
Вістря останніх пленумів ЦК КП(б)У, на яких був присутній М. Скрипник (лютневий і червневий), в більшості своїй були спрямовані проти нього. Старому більшовикові висунуто вимогу скласти покаянний документ з визнанням своїх «помилок». Неодноразово це питання виносилось і на засідання Політбюро ЦК КП(б)У, на яких розглядались пояснення М. Скрипника, і всі вони визнавались незадовільними. Його прилюдно примушували каятись у різноманітних «гріхах».
7 липня 1933 р. на початку чергового засідання Політбюро М. Скрипник покинув зал засідань і заподіяв собі смерть у власному кабінеті. Похований у м. Харкові.
Ганебною була і посмертна кампанія навколо Скрипника на листопадовому (1933 р.) об'єднаному Пленумі ЦК і ЦКК КП(б)У, в резолюції якого йшлося про оформлення «нового націоналістичного ухилу в лавах партії, очолюваного М. О. Скрипником». 27 березня 1934 р. Політбюро ЦК КП(б)У прийняло спеціальну постанову «Про вилучення творів М. Скрипника».
Тільки через три десятиліття, 1962 p., відповідно до постанови Президії ЦК Компартії України «Про 90-річчя з дня народження М. О. Скрипника» постало питання про видання його творів, проте виконання цього завдання розтягнулося ще майже на 30 років. Збірці його вибраних творів судилося побачити світ лише 1991 р.
М. Скрипнику 1917, 1923—1927 pp. обирався кандидатом у члени ЦК, а з грудня 1927—1933 pp. – членом ЦК ВКП(б). Делегат III, VI, VIII—XVI з'їздів ВКП(б).
У липні—грудні 1918 р. – кандидат у члени ЦК, у листопаді 1920 р. – член Контрольної комісії, а з грудня 1921-го по липень 1933 р. – член ЦК КП(б)У.
Квітень 1923 – грудень 1925 р. – кандидат у члени, а з грудня 1925-го по липень 1933 р. – член Політбюро ЦК КП(б)У Делегат І—III, IX—XI з'їздів, V—VIII конференцій КП(б)У (на правах з'їздів).
Делегат І—VI конгресів Комінтерну, на VI конгресі (1928 р.) обраний членом Виконкому Комінтерну.
Неодноразово М. Скрипник обирався членом ВЦВК і ЦВК СРСР та ЦВК Рад України і ВУЦВК.
За свою багаторічну державну і науково-публіцистичну діяльність М. Скрипник залишив велику літературну спадщину, яка визначається не тільки значною кількістю написаних ним праць (а їх понад 600), а й широтою їх тематики. Його увагу привертали проблеми з різних галузей науки і культури – історії, національного питання, теорії і практики державного і партійного будівництва, економіки, права, літератури і мистецтва, інших галузей знань.
Понад 160 назв творів М. Скрипника ввійшли у 1929—1931 pp. в зібрання його статей і промов у п'яти томах, яке не вдалося завершити. Зважаючи на внесок у розвиток вітчизняної науки, його було обрано академіком АН УРСР і АН БРСР
Праці М. О. Скрипника
Статті й промови. – Т. 2. – Ч. І. Національне питання. – Харків, 1929.
Статті й промови. – Т. 1. Пролетарська революція на Україні. – Харків, 1930.
Статті й промови. – Т. 4. – Ч. І. Питання соціалістичної освіти. – Харків, 1930.
Статті й промови. – Т. 5. Література й мистецтво. – Харків, 1930. – 289 с.
Статті й промови. – Т. 2. – Ч. 2. Національне питання. – Харків, 1931.
Статті й промови з національного питання. – Мюнхен, 1972.
Вибрані твори. – К., 1991.
Бібліографія творів М. О. Скрипника // Скрипник М. О. Вибрані твори. – К., 1991.
Література про М. О. Скрипника
Бабко Ю. Солдат партії (Про М. О. Скрипника). – К., 1962.
Бабко Ю., Білокобильський І. Микола Олексійович Скрипник. —К., 1967.