Невдовзі події підтвердили прагнення Ф. Сергеева та деяких інших працівників Донецько-Криворізької області відособитися від ВУЦВК Рад і Народного Секретаріату. Значна частина «харківських» членів ВУЦВК, серед них Ф. Сергеев, зовсім ігнорували його роботу. Точно таким же чином Ф. Сергєєв ставився і до обов'язків народного секретаря з торгівлі і промисловості. Він навіть не приступив до їх виконання, не підготував і не підписав жодного державного документа, не був на жодному з засідань Народного Секретаріату, у зв'язку з чим ЦВК Рад України на засіданні 30 грудня 1917 р. поклав виконання обов'язків народного секретаря з торгівлі та промисловості за сумісництвом на народного секретаря праці М. Скрипника.
IV обласний з'їзд Рад робітничих і солдатських депутатів Донецького і Криворізького басейнів, що відбувся 27—30 січня 1918 p., всупереч протестам представника ЦВК Рад України і Народного Секретаріату М. Скрипника під впливом Ф. Сергеева, його однодумців схвалив постанову про організацію Донецько-Криворізької республіки і виділення її зі складу України. В основу цього утворення було покладено економічний принцип державного будівництва, за яким республіка Рад мала бути федерацією економічно однорідних областей, а не національних радянських республік. При цьому ініціатори Донецько-Криворізької республіки твердили, що після перемоги соціалістичної революції національне питання втрачає своє значення.
У сформованому 14 лютого (1 лютого за ст. ст.) 1918 р. обласним комітетом Рад уряді – Раді Народних Комісарів Донецького і Криворізького басейнів Ф. Сергеев посів місце голови і комісара у справах народного господарства. Обласний комітет Рад зобов'язав обласний уряд проводити в життя декрети РНК Російської республіки, а ЦВК Рад України постановив «вважати органом, паралельним обласному комітетові».
Сепаратистські зусилля Ф. Сергеева були блоковані урядом УСРР і засуджені ЦК РКП(б). 15 березня 1918 p., обговоривши питання про взаємовідносини між Народним Секретаріатом і Українською Народною Республікою, ЦК більшовицької партії (за участю В. Леніна і Ф. Сергеева) постановив: «Донецький басейн розглядається як частина України». ЦК зобов'язав усіх партійних працівників «працювати спільно по створенню єдиного фронту оборони», забезпечити участь Рад з усієї України, в тому числі з Донецького басейну, в II Всеукраїнському з'їзді Рад. «На з'їзді, – підкреслювалося в постанові, – необхідно створити один уряд для всієї України».
В той час Ф. Сергеев підкорився партійній дисципліні і припинив сепаратистську роботу. Однак обласницькі настрої колишніх працівників Донецько-Криворізької республіки, в тому числі й Ф. Сергеева, не зникли одразу й безслідно. Вони ще довго жевріли і пожвавилися тоді, коли за постановою І з'їзду Компартії України (5—12 липня 1918 р.) утворилися підпільні Харківський і Катеринославський обласні партійні комітети, які злилися згодом у Донецько-Криворізький обком КП(б)У Зусиллями Ф. Сергеева ці настрої посилилися в кінці 1918 – на початку 1919 p., породили перешкоди в роботі Радянського уряду України.
Призначення головою Тимчасового робітничо-селянського уряду України «лівого» Г. П'ятакова дуже не сподобалось Ф. Сергееву, Е. Квірінгу (тогочасному секретареві ЦК КП(б)У) та іншим правим, які переважали в ЦК Компартії України і мали значний вплив в уряді. Зокрема, Ф. Сергеев одержав ключову на той час посаду завідуючого військовим відділом уряду (тобто – військового міністра). Практично відразу виникли незгоди і суперечки між ЦК КП(б)У і урядом та всередині останнього, які зрештою привели до кризи уряду.
Ф. Сергеев по суті не приступив до виконання обов'язків члена уряду, не займався організацією військово-революційних комітетів на місцях, підготовкою українських військ до активних бойових дій. Як показав його звіт на засіданні Тимчасового робітничо-селянського уряду України 11 грудня 1918 р., за два тижні військовий відділ навіть не був організований. Ф. Сергеев взагалі вважав, що військовою роботою має керувати не уряд, а військовий відділ ЦК КП(б)У через місцеві партійні комітети.
Вважаючи утворення уряду Радянської України передчасним, Ф. Сергеев та інші праві з ЦК КП(б)У, посилаючись на партійну дисципліну і підпорядкованість ЦК, обмежували, гальмували його діяльність, сковували ініціативу, зобов'язували будь-які практичні кроки погоджувати з правими із ЦК. Водночас вони також посилалися, нерідко безпідставно, на підтримку їх дій Центром, тобто ЦК РКП(б) і Раднаркомом. Все це вело до дезорганізації роботи і викликало протест Тимчасового робітничо-селянського уряду України. 7 грудня 1918 р. Г. П'ятаков телеграфував наркому Й. Сталіну: «Артем всіляко перешкоджає роботі. Напевне невірно розуміє прагнення центру… Якщо вважаєте наше (уряду. – В. С.) існування зайвим, скажіть, так і вчинимо, але допустити, щоб Артем робив по-своєму, спираючись на авторитет центру, не можемо».