Після розпуску ВУЦВК на сесії 18 квітня 1918 р. в Таганрозі і реорганізації Народного Секретаріату В. Затонський – член «Повстанської дев'ятки» – Всеукраїнського бюро по керівництву повстанською боротьбою в тилу ворога. Він один із членів Оргбюро по скликанню І з'їзду КП(б)У. Беручи участь в організації відсічі австро-німецьким окупантам, які перетнули межі України й захоплювали Таганрозький округ, розвивали наступ на Ростов, В. Затонський був одним із прихильників створення єдиного фронту радянських республік на Півдні. Однак його ініціативи могли бути витлумачені німецькою стороною як невиконання Радянською владою умов Брестського миру і тому одержали негативну реакцію з боку офіційної Москви, особливо наркома у справах національностей Й. Сталіна. Звісно, це не могло в майбутньому не позначитися на долі українського революціонера.
Людина емоційна, з високими благородними пориваннями, Володимир Петрович був виразником лівих поглядів на проблеми створення КП(б)У, ставлення до стихійного повстанського руху в Україні. З болем спостерігаючи криваві розправи над селянством, яке намагалося чинити опір окупаційним і гетьманським властям, В. Затонський доходив висновку, що одна з причин поразок у відсутності керівного штабу народною боротьбою. Таку роль могли виконувати комуністи. Однак вони були пов'язані умовами Брестського миру і ЦК РКП(б), найбільше піклуючись про збереження мирного перепочинку, уникаючи втручання у внутрішні справи України – як можливого приводу для розриву угод з австро-німецькою стороною. Тому В. Затонський вважав за необхідне якомога швидше об'єднати місцеві більшовицькі організації в загальноукраїнському масштабі. Новостворений організм, на його думку, мав отримати самостійний статус. Це б дозволило мати «свободу рук» і не давати підстав для звинувачень керівництва РСФРР у причетності до розвитку подій в Україні. Оскільки ж офіційна Москва побоювалася того, що розрахунки українських патріотів не будуть братися до уваги окупантами, Володимир Петрович дедалі активніше наполягав на необхідності створення самостійної Компартії України. Його виступи в газеті «Комуніст» – органі Оргбюро по скликанню конференції більшовицьких організацій України – відзначались особливою гостротою, пристрастю. Полишаючи дипломатичний етикет, В. Затонський називав ЦК РКП(б) «генералом без армії» і доводив невиправданість – навіть шкідливість – відсторонення під будь-якими приводами від боротьби, яка з неминучістю ширилася і викликалась об'єктивно нестерпним становищем українських селян і робітників.
І з'їзд КП(б)У, як відомо, після палких дискусій дійшов до того, що комуністична організація України має бути складовою частиною єдиної РКП(б), повністю підкорятися рішенням її з'їздів та керівних органів. А спроба організувати загальноукраїнське повстання проти окупантів, ініційована «лівими» (Г. П'ятаковим, А. Бубновим, В. Затонським та ін.), не мала успіху, завершилася прикрими поразками.
Надалі в долі Володимира Затонського зарясніли призначення на відповідальні воєнні посади, викликані ескалацією громадянської війни, превалювала участь в організації сил на закріплення завоювань соціалістичної революції, Радянської влади. Восени 1918 р. він серед керівників створення українських повстанських дивізій у нейтральній зоні, член Реввійськради групи військ Курського напрямку, невдовзі реорганізованої в РВР Армії Радянської України, а затим військ Українського фронту. Уже навесні—влітку 1919 р. В. Затонський знову на фронтах, бере участь в ліквідації заколоту М. Григор'єва, як член РВР 12-ї армії та Південної групи здійснює разом з її військами вражаючий шістсоткілометровий рейд тилами денікінців, петлюрівців, махновців з-під стін Одеси до Житомира. Не встигнувши як слід перепочити від війни, у травні 1920 р. В. Затонський знову змушений відправитися на фронт. Він член 13-ї та 14-ї армій під час боротьби з білопанською Польщею, у серпні-вересні очолює Галицький революційний комітет – тимчасовий вищий орган Радянської влади на території Східної Галичини. В березні 1921 р. він учасник придушення заколоту в Кронштадті. Після закінчення громадянської війни Володимир Петрович був членом Реввійськради групи військ України і Криму, в 1924—1925 pp. – начальником політичного управління Українського військового округу.