З березня 1927-го по лютий 1933 р. В. Затонський очолював Центральну Контрольну Комісію ЦК КП(б)У – Народний Комісаріат Робітничо-селянської інспекції Української СРР – головний орган тогочасного партійно-державного контролю. Проте раз за разом Володимира Петровича повертали на посаду наркома освіти в уряді УРСР 3 цієї посади він починав свою урядову діяльність ще в 1917 р. Потім, у момент звільнення України від ворожих сил і коротких мирних перепочинків – на початку і наприкінці 1919 р. знову двічі стає на чолі наркомату. В лютому 1933 р. він змінює на цьому посту М. Скрипника, який зробив колосальний внесок у справу українізації. Продовжити лінію попередника було надзвичайно важко, майже неможливо. І хоча душею В. Затонський завжди тяжів до справедливого розв'язання національного питання, щиро симпатизував українській ідеї, в умовах наростання тоталітарних тенденцій, дошкульних ударів по політиці українізації він часто змушений був дотримуватися позицій, з якими був вочевидь внутрішньо незгодним. Щоправда, мабуть, незайве буде висловити міркування, що Володимир Петрович не відзначався міцністю характеру, нерідко виявляв м'якість, що пояснювалась вродженою інтелігентністю. Зрештою, на справах, до яких він мав дотичність, це відбивалось не найкращим чином, викликало нарікання навіть близьких колег.
1929 року В. Затонського було обрано дійсним членом Академії наук УРСР по відділенню хімії. І хоча він продовжував наукові дослідження в цій галузі, був ініціатором будівництва підприємств хімічної промисловості в Україні, більше його часу і зусиль займала політика, передусім у гуманітарній сфері.
Володимир Петрович залишив чимало історичних праць. Як член Істпарту, він керував створенням однієї з перших узагальнюючих праць з історії Компартії України – «Нарисів історії Комуністичної партії (більшовиків) України», що вийшла друком 1923 р. Його перу належить цикл статей «Із спогадів про українську революцію», опублікованих наприкінці 1920-х – на початку 1930-х pp. у журналі «Літопис революції». Він написав низку історико-бібліографічних, публіцистичних праць, а також спогадів. Більшість з них присвячена революційній добі – 1917—1920 pp. Загалом публіцистична спадщина партійного і державного діяча сягає ста праць.
Окремим, маловивченим аспектом біографії Володимира Петровича залишаються його стосунки зі Й. Сталіним. В роки революції і громадянської війни вони час від часу зустрічалися, а то й працювали_разом. Людина пряма й відверта, В. Затонський іноді критикував Кобу за помилки. Досить згадати хоча б квітень 1918 р., коли нарком у справах національностей Радянської Росії дозволив собі брутальну репліку на адресу ЦВК Рад України: «Досить гратися в уряд і республіку, здається, вистачить, пора кинути гру». На X з'їзді РКП(б) у березні 1921 р. В. Затонський піддав критиці абстрактність положень доповіді Й. Сталіна з національного питання та обстоював позицію цілком у дусі ленінської настанови про неприпустимість поспіху при реалізації об'єднавчих тенденцій у відносинах між радянськими республіками (прибічником форсованих рішень у цій сфері, як відомо, був Й. Сталін): «Нам необхідно… витравити це уявлення про радянську федерацію як про федерацію доконечно «російську», оскільки справа не в тому, що вона російська, а в тому, що вона радянська».
Помилки Й. Сталіна в період громадянської війни В. Затонський аналізує і документально підтверджує в статті, написаній до десятих роковин Жовтневої революції. Але то був уже 1927 p., і така критика вже не могла минутися її авторові…
Одна з найтрагічніших сторінок життя Затонського, що бентежить думку сучасного дослідника, пов'язана з XVII з'їздом ВКП(б). На ньому Володимир Петрович був головою лічильної комісії по виборах керівних органів партії. Є дані мемуарних джерел (наприклад, спогади А. І. Мікояна), що вибори були сфальсифіковані. За свідченням сина В. Затонського, Дмитра Володимировича, батько казав, що, повідомивши Кагановича (той контролював роботу лічильної комісії від президії з'їзду) про наявність великої кількості бюлетенів проти членства Сталіна в Центральному Комітеті партії, він тим самим виніс собі смертний вирок. Далася взнаки і відсутність улесливості у взаємовідносинах зі Й. Сталіним. Щоправда, у промовах 1930-х років В. Затонський віддає данину уславленням «вождя». Але ці славослів'я звучать (що дуже відчутно в текстах) в устах В. Затонського не надто переконливо і викликають сумнів у щирості.