Святитель Николай был одним из первых иностранцев, приехавших в Японию, он служил при только что открытом российском посольстве. В то время японцы относились к европейцам точно так же, как русские сейчас относятся к американцам. Даже немного хуже, они считали, что все европейцы – это белые обезьяны, у них нет никакой культуры, они дикие варвары, которые только водку пьют, всяким безобразием занимаются и мечтают о завоевании Японии, а самой дикой вещью у европейцев японцы считали христианство. И вот в такую обстановку попал святитель Николай. На его глазах произошла революция, власть сегунов была свергнута, был избран император и парламент. И святитель Николай решил обращать японцев в православие. Он восемь лет учил японский язык, японскую культуру, и потом сами японцы признавались, что он знал японскую культуру лучше рядового японца. Но Николай в течение восьми лет никого не мог обратить в православие.
Однажды он служил для русских в церкви города Хакодате, там познакомился с одним самураем, который являлся идольским жрецом и учителем фехтования. Он со страшной ненавистью смотрел на отца Николая и хотел его зарубить. Но отец Николай его прямо спросил о причине ненависти. На что самаурай ответил, что европейцы хотят навязать свою культуру, лишить японцев их самобытности и завоевать страну, поэтому самое лучшее, что можно сделать, это убивать европейцев. На это Николай возразил, что он, совершенно не зная христианство, с ним спорит. Самурай согласился, что, не зная предмет, о нем нельзя рассуждать, и они вместе стали изучать христианство по катехизису митрополита Филарета Дроздова. В конце концов самурай и два его друга приняли православие. Про это прослышали японские власти, а в то время в Японии была смертная казнь за крещение, и святитель Николай отправил этого самурая и его друзей в разные концы страны.
Вскоре обращенный в православие самурай был пойман и брошен в тюрьму, где он также проповедовал Христа. Отцу Николаю тоже грозила смертная казнь, но в это время произошла очередная революция, которую инспирировали европейцы, и антихристианские законы Японии под давлением Англии, Франции и России были отменены. Это положительный пример колониальной системы, когда правительство Японии заставили отказаться от убийства людей за имя Христово. После этого стала расти Церковь Божия, из России единственным миссионером был отец Николай. Вскоре он был рукоположен во епископы. Он обошел всю Японию, им была переведена Библия на японский язык, богослужение с самого начала тоже стало вестись по-японски. К концу жизни Николая Японского в Японии было тридцать пять тысяч православных.
Многие миссионеры, которые приезжали к нему из России, через некоторое время уезжали обратно из-за трудных условий. Очень долго отцу Николаю помогал будущий патриарх, в то время архимандрит Сергей Старгородский, и святой мученик Андроник Пермский. Но единственным, оставшимся вместе с Николаем, был архиепископ Сергий Тихомиров. Фактически все миссионеры были японцами, и Николай опирался только на них. Им был построен в центре Токио огромный собор в честь Воскресения Христова. При непосредственном участии Николая были открыты сто пятьдесят церквей в Японии. Подвиг святителя Николая состоял в том, что он проповедовал Слово Божие, несмотря на враждебное окружение. Проповедь христианства продолжалась даже во время русско-японской войны. Отец Николай очень любил Россию, но благословил японских христиан на войну, однако же отказавшись молиться за победу японского оружия. В результате он был награжден и российским императором Николаем II, и японским императором. Во время его похорон японский император прислал венок, этой чести не удостаивался ни один иностранец.