В Новгороде еретики присмирели; однако просьбы об окончательном осуждении жидовствующих, посылаемые святителем в Москву, не находили отклика: еретики по-прежнему находили там покровительство. В 1490 г., после смерти митрополита Геронтия († 1489 г.), на первосвятительскую кафедру был поставлен симоновский архимандрит Зосима, тайный последователь жидовствующих. Теперь во главе Русской Церкви стоял еретик. Опасность для Руси была смертельной.
В октябре 1490 года святитель Геннадий направил антиеретическое послание к митрополиту, а затем — послание к Ростовскому, Суздальскому, Тверскому и Пермскому архиереям, убеждая их требовать безотлагательного созыва Собора и самого строгого суда над еретиками: “Наказание им не должно быть равным с явными еретиками: явного еретика люди опасаются, а от этих как убережешься? Ведь они называют себя христианами и не обличат себя пред разумным, а вот глупого — съедят. За это им подобает двойная казнь и проклятье. О вере же нам заповедано ни прибавлять, ни убавлять, по апостолу: “Но если бы даже мы или Ангел с неба стал благовествовать вам не то, что мы благовествовали вам, да будет анафема” (Гал. 1, 8). Да и люди у нас простые, не умеют и об обычных книгах рассуждать — так что лучше не плодить с ними никаких прений о вере. Собор же надо учинить лишь для того, чтобы казнить еретиков — жечь и вешать! Ведь еретики мне приносили полное покаяние, брали епитимью — и, оставя все то, сбежали. И надо у них основательно дознаться, кого они прельстили, — а иначе, хотя их и искоренят, отрасли останутся. Да не плошайте, станьте крепко, чтоб не обратился на нас Божий гнев как на человекоугодников, предающих Христа вместе с Иудой! Ведь они иконы колют, режут, ругаются над Христом — а мы им угождаем да действуем по их воле. Однозначно требуется их наказать и проклясть”.
Вскоре, в том же месяце, по общему требованию духовенства Собор открылся. Еретики были осуждены и прокляты, некоторых сослали в заточение, а других для наказания отправили в Новгород к архиепископу Геннадию (наказание, которому те были подвергнуты, описано в “Просветителе”). Однако этим ересь не была сломлена и продолжала распространяться: ведь на русском первосвятительском престоле находился еретик, а при великокняжеском дворе жидовствующие сохраняли прежние позиции.
Дерзость еретиков особенно усилилась в конце седьмого тысячелетия от сотворения мира (1492 г.), когда многие по суеверию ожидали конца времен. Жидовствующие стали глумиться над православными: “Семь тысяч лет прошло и ваша пасхалия закончилась, отчего же Христос не явился во славе, по вашим ожиданиям?” Чтобы внести успокоение в умы, Собор 1492 г. постановил написать пасхалию на восьмую тысячу лет, что и было сделано святителем Геннадием.
В это время (около 1493 г.) по призыву Новгородского святителя на борьбу с жидовством со всей силой пламенной веры и ревности о Господе встал преподобный Иосиф Волоцкий. Он видел, что призывы святителя Геннадия к верховной власти об искоренении ереси не достигают результатов, и пошел по иному пути: обращался к епископам, монахам, благочестивым мирянам с воззванием противостать злоумышленникам, “за Христа пострадать и за Пречистую Богородицу”. К Суздальскому епископу Нифонту, именуя его “главой всем”, так как еретика Зосиму он не мог считать главой Русской Церкви, преподобный Иосиф пишет: “…На престоле чудотворцев Петра и Алексия и иных великих православных святителей ныне сидит скверный злобесный волк, облекшийся в пастырскую одежду, чином святитель, а делами Иуда предатель, бесам причастник… какого и среди древних еретиков и отступников не бывало… Если не искоренится этот второй Иуда — мало-помалу отступничество овладеет и всеми людьми…”
Голос преподобного Иосифа не остался одиноким, епископ Нифонт и другие архипастыри поддержали его, и 17 мая 1494 г. Зосима вынужден был оставить первосвятительский престол. Но, несмотря на это, влияние жидовствующих по-прежнему пронизывало все слои придворной знати.