Преследованиям духовных властей подвергся прогрессивный ученый, профессор математики Московского университета Д.С.Аничков (1733–1788), издавший в 1759 г. диссертацию «Рассуждение из натурального богословия о начале и происхождении богопочитания у разных, особенно невежественных народов». Отзыв о диссертации Аничкова дал московский митрополит Амвросий. Книга была признана им «вредной и соблазнительной». По его настоянию книгу Аничкова публично сожгли в Москве на Лобном месте.
Не избежал цепких лап духовных инквизиторов и другой выдающийся русский писатель, А.Н.Радищев, автор знаменитого «Путешествия из Санкт-Петербурга в Москву». Радищев был материалистом, он считал, что материя и природа существуют вечно, что их нельзя ни уничтожить, ни создать. Радищев отстаивал единство души и тела и критиковал религиозные взгляды на бессмертие души, осуждал царский деспотизм, религиозные суеверия. Воззрения Радищева были найдены «противными закону божьему, десяти заповедям, Священному писанию, православию и гражданскому закону». Книгу Радищева, уничтожили, а его как «бунтовщика хуже Пугачева» приговорили к смертной казни, которая была заменена 10-летней каторгой. Прошло более ста лет, и вновь эта книга писателя-материалиста подверглась осуждению со стороны церкви. В 1903 г. духовные цензоры нашли, что книга Радищева все еще опасна для религии и церкви, что она подрывает авторитет светской и духовной власти. По требованию церковников весь тираж книги уничтожили.
В 1819 году были преданы земле все экспонаты анатомического кабинета Казанского университета, по причине того, что «мерзко и богопротивно» употреблять «создание и подобие Творца человека на анатомические препараты» (хотя «распилить» тело «святого» на мощи – считалось богоугодным, но для поиска причин болезни и лечения оной нельзя).
В 1866 г. появилась замечательная книга русского ученого И.М.Сеченова «Рефлексы головного мозга». Опасаясь, что развитие естествознания и распространение материалистических идей подорвет основу христианской религии – веру в бессмертие души, по настоянию духовных цензоров эту книгу «за изложение самых крайних материалистических взглядов» признали вредной и наложили на нее арест. Автора хотели сослать в Соловецкий монастырь «для смирения и исправления». Но к книге И.М.Сеченова было привлечено внимание общества, и, боясь возбудить к ней особый интерес, цензурное ведомство было вынуждено снять с нее арест. Однако труд И.М.Сеченова продолжал долгое время числиться в списках запрещенных книг. Автора книги зачислили в число «неблагонадежных» и запретили ему читать лекции для народа («Материалы по пересмотру действующих постановлений цензуры и печати», ч. I. СПб., 1870, с. 499–505; В.Прокофьев. Атеизм русских революционных демократов. М., 1955, с.88).
Священники с непримиримой враждебностью относилась не только к отдельным ученым, но и к материалистической науке в целом. Так, харьковский епископ Амвросий писал в 1901 г., что развитие науки приводит к росту неверия. («Вера и разум», 1901, № 12). Другой епископ, Иннокентий, призывал отказаться от научного мировоззрения и вернуться к вере («Вера и разум», 1901, № 12). Служители культа пытались убедить народ, что наука не принесла человечеству пользы, что она бесплодна и бессмысленна, не нужна для практической жизни.
Церковь активно участвовала в образовательном процессе. Закон Божий являлся первым и главным предметом изучения в начальной школе и значимым в средней школе. Одним из основных видов начальной школы были церковно-приходские. В состав Закона Божьего как школьного предмета в начальной школе входили катехизис, церковные молитвы, Священная история, разъяснение богослужения. Право преподавать Закон Божий имели только священнослужители или лица, получившие образование в духовных семинариях. В гимназиях учащиеся, записанные православными, изучали его с первого по седьмой класс, по два часа в неделю. Наряду с умением читать, знание основ православия являлось одним из обязательных требований к поступающим в гимназию. (Вячеслав Черемухин. Закон Божий в годы Великой российской революции и Гражданской войны. https://readli.net/chitat-online/?b=1029866&pg=5).