В 802 году св. императрица Ирина была свергнута, и воцарился бывший министр финансов Никифор. Неясно, почему свержение и ссылка восстановительницы иконопочитания св. императрицы Ирины не вызвали решительных обличений со стороны преп. Феодора.
Хотя и без особой радости, студиты признали свят. Никифора Исповедника, выдвинутого императором на патриаршую кафедру в 806 году, по смерти св. патр. Тарасия. Но стоило только в том же году свят. Никифору, по воле императора принять, ради икономии, в церковное общение авву Иосифа, венчавшего Константина с Феодотией, как преп. Феодор во главе тысячи студитов выступил против попрания нравственного закона, обличил императора и порвал общение с патриархом. Преп. Феодор не отрицал возможности принятия по икономии грешника в церковное общение, но утверждал, что это допустимо только при условии покаяния грешника. Кроме того, в глазах студитов авва Иосиф был символом «прелюбодейной ереси», и потому введение его в церковное общение без покаяния расценивалось, как заражение Церкви ересью. В 809 году, после напряженной трехлетней борьбы, состоялся Собор, полностью оправдавший авву Иосифа. Преп. Феодор, его брат свят. Иосиф, в то время уже архиеп. Солунский, еще здравствовавший преп. старец Платон и другие вожди студитов вновь вынуждены были отправиться в ссылку.
По воцарении в 811 году императора Михаила Киропалата, преп. Феодор и его сторонники были возвращены из ссылки. Тогда, по требованию студитов, патр. Никифор отлучил от Церкви авву Иосифа, и с того времени преп. Феодора, сделался ближайшим сподвижником патриарха и советником императора.
Показательны два случая, когда преп. Феодор выступал в качестве советника в области церковной и государственной политики.
Первый случай связан с указом о смертной казни в отношении еретиков-павликиан, изданным императором Михаилом при поддержке свят. Никифора Исповедника. Кроме прочего, павликиане были противниками святых икон, и потому, после победы Церкви над иконоборчеством, большинство ревнителей иконопочитания положительно отнеслось к идее физического уничтожения явного оплота иконоборчества в лице павликиан. Однако, преп. Феодор решительно выступил против смертной казни за религиозные (хотя бы и еретические) убеждения. Он говорил, что Богу неугодно такое убийство и что Церковь не мстит мечом, а в ответ на все аргументы ревнителей-еретикоубийц (в основном, это были ссылки на Ветхий Завет), преп. Феодор указывал на евангельский дух кротости и пастырской любви. Императорский указ был отменен.
Другой случай был связан с греко-болгарской войной. Победоносные болгары предложили весьма выгодный для Константинополя мир, при условии обмена перебежчиками. После обмена перебежчики обеих сторон разумеется были бы казнены. Свят. Никифор Исповедник и другие советовали императору Михаилу принять условия мира. Но преп. Феодор и студиты выступили против обмена перебежчиками, опять-таки указывая на нравственные принципы Нового Завета. И вновь точка зрения преп. Феодора Студита восторжествовала, хотя продолжение войны привело Константинополь к ряду серьезных поражений.
Оба приведенных случая подводят итог деятельности преп. Феодора до начала его борьбы против второй волны иконоборчества. В свете этих случаев мы окончательно убеждаемся, что преп. Феодор в своей жизни руководствовался принципами евангельского радикализма и нравственного максимализма. Явно и то, что преп. Феодора ни в коем случае нельзя отнести в разряд воинствующих фундаменталистов и фанатиков. Он поступал так, как подсказывала совесть, искавшая ответов в Новом Завете; его действия всегда были искренни, хотя зачастую казались наивными с прагматической точки зрения.
В 813 году иконоборческая партия военных привела к власти императора Льва Армянина. Укрепившись у власти. Лев открыл второй этап гонений на иконопочитание. С этого времени и до самой своей кончины преп. Феодор был душой православной партии иконопочитателей. Если свят. Никифор Исповедник действовал более как теоретик-богослов, то преп. Феодор выступал как практик, он рассылал многочисленные письма, содержащие конкретные призывы и протесты, организовывал крестные ходы с иконами, поддерживал связь с западной частью Церкви, сохранявшей иконопочитание и, самое важное, – сплачивал православных вокруг православного константинопольского патриарха, свят. Никифора.