В Византии в то время царствовал император Михаил III, но за малолетством его, государством правила его мать, св. императрица Феодора, восстановившая иконопочитание. В управлении ей помогал брат Варда, который и заточил сестру в монастырь. Он развелся с женой и вступил в преступную связь со своей невесткой. Патр. Игнатий обличил Варду за такое злодейство и не допустил ко Причастию. Варда приписал патриарху государственную измену, после чего, по указу императора Михаила, он был низложен с патриаршего престола. По выбору Варды и других, в патриархи прямо из мирян был поставлен Фотий. И хотя он со слезами умолял избавить его от этого сана и просил предоставить ему возможность заниматься науками, избиратели были непреклонны. В день Рождества Христова 858 года свят. Фотий занял патриарший престол.
Возникла смута. Образовались две партии, одна из которых была на стороне свят. Фотия, другая поддерживала изгнанного патр. Игнатия. Игнатиане считали свят. Фотия виновником низложения Игнатия и потому отлучили от церковного общения сторонников свят. Фотия; приверженцы же Фотия ответили на это осуждением Игнатия и подтвердили его низложение на Константинопольском Соборе 859 года. Игнатиане подверглись со стороны Варды жестоким гонениям, но угрозы не могли заставить патр. Игнатия отречься от сана, хотя первоначально он отрекся от кафедры.
Игнатиане искали поддержки в Риме. Для восстановления мира решено было созвать новый Собор. Свят. Фотий обратился с посланиями ко всем патриархам и к папе, извещая о своем избрании на константинопольский престол. Папа Николай I послал в Константинополь легатов с письмами к свят. Фотию и императору Михаилу. В письме к свят. Фотию он благодарил его за послание, но выражал недовольство, что он занял престол, будучи рукоположен сразу из мирян. В письме к императору папа упрекал его за низложение патр. Игнатия без согласия Римского престола. Далее он писал, что когда получит подробные данные от своих легатов, то пришлет окончательное решение по поводу смуты между патриархами. Кроме того, он потребовал возвращения Римскому престолу Калабрии, Сицилии и других областей. Эти притязания папы вызвали недовольство в Константинополе.
По прибытии папских легатов, в 861 году в Константинополе был созван Собор, на котором присутствовало 318 епископов. На Собор вызвали патриарха Игнатия, но он был осужден, а свят. Фотий был утвержден на патриаршей кафедре. Легаты присоединились к Соборному решению. Однако, папа Николай I не согласился с постановлением Собора и предал отлучению провинившихся легатов.
Между тем, свят. Фотий занялся церковными делами. В 861 году болгарский князь Бориом (в крещении Михаил) принял крещение, и свят. Фотий послал в Болгарию архиепископа и священников для присоединения язычников к Церкви. В следующем году, по просьбе моравского князя, в Моравию были посланы святые братья Кирилл и Мефодий, просветители славян. Стараниями свят. Фотия Армянская Церковь была обращена от яковитского заблуждения и воссоединена с Православной Церковью.
В Болгарии греческая Церковь развила плодотворную миссионерскую деятельность, и вся эта страна в церковном отношении зависела от Константинополя. Папа Николай I тоже послал в Болгарию проповедников, которые посеяли семена сомнений против Восточной Церкви. Свят. Фотий обличил посягательства папы в Окружном послании к восточным патриархам, которых он пригласил на Собор в Константинополь.
В мае месяце 867 года в Константинополе состоялся Собор, папа Николай I был объявлен низложенным и предан проклятию. Исполнение этого определения взял на себя германский император Людовик II, бывший в это время в неприязненных отношениях с папой.
Неожиданно Василий Македонянин умертвил императора Михаила и взошел на престол. Император Василий, считая столкновение с Римом для себя опасным, тем более, что престол он захватил незаконно, решил в угоду Риму удалить с патриаршества свят. Фотия. Патриарх Игнатий был восстановлен, и от имени его и императора было послано посольство в Рим с извещением об этом событии. Но посланные уже не застали в живых папу Николая I, на его месте был папа Адриан II. Папа созвал в Риме Собор, на котором предали анафеме Константинопольский Собор (осудивший папу Николая I), его постановления были сожжены и повторены проклятия в адрес свят. Фотия. После этого папа отправил легатов в Константинополь, и здесь под их руководством в 869 году был созван Собор, называемый Римской Церковью Восьмым Вселенским Собором. Свят. Фотий и его сторонники были осуждены.