Так как Церковь волновалась распрями, то император Феодосий в 431 году согласился на созыв Вселенского Собора в Ефесе. Собор открылся без архиеп. Иоанна Антиохийского, предупредившего, чтобы в случае задержки его не ждали. Председательствовал на Соборе свят. Кирилл. Несторий отказался прийти на Собор со своими семью-восемью сторонниками-епископами. Тогда Собор приступил к заочному разбору дела Нестория. Было одобрено второе послание свят. Кирилла к Несторию, и анафематствован ответ Нестория свят. Кириллу. Собор низложил и самого Нестория. Акт Собора был подписан 197-ю участниками. Императору донесли о якобы незаконных действиях Собора, и Собор был приостановлен. Через пять дней в Ефес прибыл архиеп. Иоанн Антиохийский со своими епископами. Он поддержал Нестория и составил с ним лжесобор, низложивший святителей Кирилла и Мемнона Ефесского.
Через некоторое время для участия во Вселенском Соборе прибыли легаты римского папы и подписали осуждение Нестория. Вселенский Собор продолжил свои заседания. На четвертое заседание Собора для объяснения действий свят. Кирилла и епископа Мемнона был троекратно приглашаем архиеп. Иоанн Антиохийский, но он не явился. Тогда Собор отлучил архиеп. Иоанна и его сообщников, а приговор о низложении святителей Кирилла и Мемнона, произнесенный лжесобором, постановил считать незаконным.
Император Феодосий II, запутавшись в ситуации, приказал взять под стражу Нестория, свят. Кирилла и еп. Мемнона. Но вскоре он освободил свят. Кирилла и еп. Мемнона и поручил Собору избрать на место Нестория нового архиепископа Константинополя, что и было исполнено. После освобождения, свят. Кирилл возвратился в Александрию.
Ефесский Собор не примирил антиохийцев и александрийцев. Победа над несторианством была достигнута ценой раскола. Поэтому перед свят. Кириллом встал вопрос о восстановлении церковного мира. Постепенно среди антиохийцев начала выделяться «группа умеренных», объединяющая большинство епископов, которые выяснили со свят. Кириллом недоразумения, касавшиеся неточной терминологии его «12-ти анафематизмов», и в 433 году единство в Церкви восстановилось. Свят. Кирилл радостно приветствовал архиеп. Иоанна Антиохийского.
Крайние антиохийцы все же продолжали спорить, возражали им и крайние александрийцы. Свят. Кириллу приходилось их умиротворять. Был поднят вопрос об учении еп. Феодора Мопсуестского. Но император повелел прекратить «предпринимать что-либо против умерших в мире с Церковью». Церковный мир был удержан.
На борьбу с несторианством ушли главные силы свят. Кирилла. Он мирно скончался в 444 году, на 32 году епископства. Память его празднуется 9/22 июня и 18/31 января совместно со свят. Афанасием Александрийским.
Интересно отметить, что на западе в последующие века свят. Кирилла знали мало. Вероятно, это вызвано тем, что он не оправдал надежд римского престола. Святитель пользовался помощью Рима и громким, но сомнительным званием «папского наместника» в интересах борьбы с несторианством, но не с константинопольским престолом, как таковым. С утверждением на константинопольской кафедре православного архипастыря, свят. Кирилл сложил свое догматико-полемическое оружие и не имел более притязаний к Константинопольской Церкви. Это показало, что свят. Кирилл действительно является ревнителем Вселенского Православия, а не узким церковным политиком.
§2. Сочинения
Творения свят. Кирилла можно разделить на экзегетические, апологетические, догматико-полемические, нравоучительные и литургические.
К экзегетическим сочинениям относятся 17 книг «О поклонении и служении Богу духом и истиною». Сочинение «Глафиры, или искусные объяснения некоторых избранных мест Пятикнижия», является как бы продолжением предыдущих книг. Здесь свят. Кирилл раскрывает ту мысль, что в писаниях Моисея предызображена тайна пришествия Иисуса Христа и Его Церкви. Имеются еще «Изъяснения на св. пророка Исаию», толкования на 12-ть малых пророков и книгу «Песнь Песней». Известны также толкования на Евангелия от Иоанна, Луки, Матфея и на послания св. апостола Павла к евреям и коринфянам.