Тем временем его усилия не остались незамеченными в Кремле. Ельцин позже заявил, что ценит чувство такта, свойственное Путину: для обеспечения «мягкой посадки» уволенных из ФСБ служащих им предоставлялась новая работа или щедрая пенсия. Представляется сомнительным тот факт, что Ельцин был в то время хорошо осведомлен о стремлении Путина к снижению затрат или о его человеколюбии, но вскоре ему предстояло хорошо его узнать. Очень хорошо.
На заседании кабинета министров, прошедшем 28 января 1999 года, Примаков обещал вести войну против спекулянтов и торговцев на черном рынке, которых он считал виновными в экономических преступлениях против государства. Борис Березовский занимал первую строку в этом списке. Вскоре после этого следователи и бригада вооруженных людей в черных масках совершили рейд на компании Березовского в Москве, штаб-квартиры «Сибнефти» и «Аэрофлота» в поисках компрометирующих документов. Они покинули здание «Сибнефти» с несколькими коробками материалов. К своему негодованию, Березовский узнал, что рейд был заказан премьер-министром лично.
Одновременно Юрий Скуратов начал расследовать дело Павла Бородина, который, как утверждалось, брал взятки в крупном размере у швейцарской машиностроительной компании «Мабетекс», выполнявшей многомиллионные реставрационные работы в Кремле. Скуратов, сын работника милиции, начал свою карьеру в качестве профессора права в родном регионе Ельцина. Он поддерживал Ельцина как местного главу коммунистической партии, а затем как демократического реформатора. В 1989 году он вступил в штат юридического отдела Центрального комитета коммунистической партии в Москве. К 1991 году он уже являлся членом команды Ельцина в качестве советника КГБ и затем подготовил проект Конституции 1993 года совместно с Анатолием Собчаком, который также был объектом его внимания.
Когда в октябре 1995 года его назвали главным прокурором, оппозиция в Думе поддержала его как политически нейтральную фигуру. Имущественное управление Бородина предоставило ему дачу в предместьях Москвы, он разъезжал на бронированном «Мерседесе». Однако к 1999 году широкой публике было хорошо известно, что Скуратов, несмотря на браваду и широкие полномочия, был не в состоянии ни предъявить иск ключевым фигурам, вовлеченным в коррупцию, ни расследовать заказные убийства политических деятелей и прочих видных людей.
В интервью газете «Нью-Йорк Таймс» Скуратов утверждал, что разочаровался в режиме Ельцина после выборов 1996 года, во время расследования дела Лисовского и Естафьева. Он вскоре понял, что отрицание виновности кремлевских деятелей было ложью, тогда как главные правительственные советники оказывали на него давление, вынуждая его прекратить расследование. Сейчас же он утверждал, что имеет предоставленное офисами «Мабетекс» в Лугано (Швейцария) документальное подтверждение того, что компания предоставила кредитные карты Ельцину и его двум дочерям, Татьяне Дьяченко и Елене Окуловой. Наличие этих документов означало, что компания «Мабетекс» оплачивала покупки, совершаемые за счет этих карт, что составляло десятки тысяч долларов.
Расследование дела только начало продвигаться, как обнаружилась уязвимость Скуратова. На камеру был снят похожий на него человек, развлекавшийся с двумя проститутками в сауне, по-видимому, в нетрезвом состоянии. Данное видео впервые показали по государственному телеканалу РТР. Это вызвало сенсацию; кадры из видеоролика были опубликованы в большинстве российских газет. То, что на видео присутствовал сам Скуратов, так и не было доказано, и он утверждал, что его опознали ошибочно и что его враги в Кремле намеревались очернить его репутацию. Хотя никто не мог определить, кем был снят этот ролик, как и то, кто на самом деле на нем присутствовал, имелись все признаки того, что это ловушка ФСБ. Путин выступил с подтверждением того, что обнаженный круглолицый человек на видео и есть генеральный прокурор. В тот день, когда были совершены рейды на «Сибнефть», Ельцин, по слухам, вызвал Скуратова на свою дачу в Горки-9, где к удивлению генерального прокурора рядом с Президентом находился также Путин. В присутствии Путина Ельцин «предложил» Скуратову немедленно написать прошение об отставке. У прокурора не оставалось выбора. Получив документ, Ельцин засмеялся и пожал руку Путина, что усугубило унизительность ситуации.
Версия Путина относительно данной истории существенно отличается. Он говорит, что на встрече присутствовало четыре человека: Ельцин, Скуратов, Примаков и непосредственно он сам. Ельцин положил видеозапись и фотографии на стол и сказал: «Я полагаю, вам не следует продолжать работу в качестве генерального прокурора». Примаков согласился. «Да, Юрий Ильич, я думаю, вам необходимо написать заявление об отставке». Скуратов поразмыслил, затем взял лист бумаги и написал заявление об уходе. Но Скуратов не сдался. Самым влиятельным его союзником был оппонент Ельцина Юрий Лужков. В качестве регионального лидера он являлся членом Совета Федерации, верхней палаты российского парламента, в чью ответственность входил контроль деятельности прокурора. Совет проголосовал в поддержку Скуратова, после чего тот отменил прошение об отставке и обнародовал детали своего незаконченного расследования по делу о контрактах на реставрацию Кремля. Лужков вел весьма агрессивную политику, разжигая огонь и требуя, чтобы прокурору дали возможность закончить свою работу.