После аннексии Крыма обращение с крымскими татарами стало поводом для беспокойства у мусульман в других частях страны. При Сталине крымских татар преследовали и ссылали во время и после Второй мировой войны.
Судьба и действия российских мусульман были малоинтересны для мусульманского мира, главным образом из-за их ограниченного присутствия вне России. Хотя хадж (ежегодное паломничество в Мекку) поощрялось различными способами, только относительно немногие российские мусульмане воспользовались тем, что является, по существу, религиозной заповедью. Российские мусульмане утверждают, что еще много из них хотело бы отправиться в Мекку, но они не могут, потому что саудовские власти ограничили число паломников из России примерно двадцатью тысячами. (Но были также и жалобы среди тех, кто ехали в Мекку, что среди паломников присутствует слишком много сотрудников служб безопасности, следящих за воинственными исламистами.) Организация исламского сотрудничества (прежде Организация Исламская конференция) воздерживалась в различных случаях от обвинения или критики России, и она всегда отказывалась согласиться с членством в ней Ичкерии, политической организации чеченских мятежников. Российская благосклонность была более важной, чем солидарность с единоверцами в России.
В 1990-х годах развивалось что-то близкое к правительственной стратегии по отношению к российскому исламу. В целом преобладал прагматизм, а не идеология. Российские правые и особенно правые радикалы обычно напоминали своим соотечественникам, что мусульманские страны и особенно арабские государства были их естественными союзниками в борьбе против Запада. Дмитрий Рогозин, тогда глава крайне правой партии «Родина», даже некоторое время защищал идею, первоначально предложенную организацией мусульман с Нижнего Поволжья, о том, что у президента России должен быть постоянный заместитель — мусульманин. Но политика стратегии успокоения (иногда укрепляемая «антисионистскими» аргументами) неизбежно сталкивалась с антимусульманским негодованием российской улицы и была поэтому отброшена. Эти лидеры крайне правых не были также готовы бросить Кавказ или пойти на подобные далеко идущие уступки в обмен на политическую поддержку со стороны мусульманских стран. По этим и другим причинам в мусульманском мире существовала многолетняя подозрительность по отношению к России, так же, как в России всегда было убеждение, что у России не было никаких союзников, которым можно было бы доверять, кроме ее собственных вооруженных сил. Представители ХАМАС и других палестинских организаций посещали Москву по различным поводам без каких-либо осязаемых результатов. Единственной выгодой, полученной от этих действий, было то, что мусульманские страны воздержались от открытой поддержки единоверцев-мусульман в России, к большому разочарованию мусульман в России. Одним типичным примером была относительная нехватка политической поддержки, когда крымские татары попали под давление после российского вторжения в Крым в 2014 году.
Следует упомянуть специфические проблемы мусульманских анклавов на Северном Кавказе, которые, помимо уже упомянутых, включают Ингушетию с населением в полмиллиона жителей. Если крупный кризис там был предотвращен и террористические атаки не имели большого эффекта, то опасность для нефтепроводов и газопроводов, идущих от Каспийского моря до Европы, продолжала существовать.
Российские эксперты и политики, похоже, хорошо осведомлены об опасностях, с которыми они сталкиваются на Кавказе и, возможно, также в других частях страны. То, что исламский сепаратизм расценивается как большая угроза, видно из учебников, используемых в университете службы безопасности, у авторов которых нет никакого сочувствия к регионам, которые приняли шариат и исламистскую ориентацию. Но в то же самое время, они не предложили идей, как можно противостоять этой проблеме, кроме предложения, чтобы Россия повернулась на Восток, а не на Запад для вдохновения и лидерства.
Другим примером путаницы, преобладающей в этой области, является феномен Гейдара Джемаля. Джемаль, московский публичный деятель, которому около семидесяти лет, является поэтом, много писавшим на тему психиатрии, но он также служит председателем Исламского Комитета России. Джемаль наполовину русский и наполовину азербайджанец. На различных стадиях своей жизни он защищал марксизм-ленинизм, антисемитизм («Память») и несколько других идеологий. Согласно его учению, мировая политика («глобализация») может быть понята только на фоне конфликта между двумя ведущими суперэлитами (элитой, возглавляемой британской аристократией, и американской элитой в Вашингтоне). События 11 сентября были, по его мнению, грандиозной провокацией одной суперэлиты против Соединенных Штатов и исламского мира. Согласно Джемалю, Усама бен Ладен и «Талибан» были креатурами ЦРУ и сионизма вместе с КГБ, инструментами, с помощью которых суперэлита стала бы править миром. Знатоки теорий заговора распознают, откуда происходят эти теории: это влияние раннего Александра Дугина.