Король в общем согласился со вторым предложением, но возражал против публичного расследования, которое, по его мнению, могло привести к росту популярности Рэли: тот уже хорошо показал свои способности в защите. Король также не согласился, чтобы дело Рэли рассматривалось полным составом Государственного совета, считая, что это было бы для него слишком большой честью.
Таким образом, слушание дела Рэли было поручено тому же комитету Тайного совета, в прежнем его составе, и должно было вестись закрыто.
Первое заседание состоялось 22 октября и длилось четыре часа. Рэли снова отверг все обвинения. В частности, он сказал, что был уверен в существовании золотых копей в Гвиане. Наличие у экспедиции необходимого для добычи золота оборудования стоимостью 2 тысячи фунтов стерлингов убедительное тому доказательство. Враждебные действия против испанцев были предприняты лишь после того, как те первыми напали на англичан. Что касается его планов нападения на «золотой флот» (капитаны, принимавшие участие в экспедиции, заявили, что Рэли в их присутствии говорил о таких намерениях),, то он лишь упомянул о такой возможности, когда попытка найти золотые копи окончилась неудачей. Это был просто разговор, не более, подчеркнул Рэли.
Через два дня Рэли предстал перед Тайным советом в Уайтхолле, где ему сообщили, что есть приказ о его казни. Рэли лишь попросил, чтобы ему отрубили голову, а не вешали, не вырезали внутренности и не четвертовали, как это было назначено приговором 1603 г. После этого Рэли был доставлен обратно в Тауэр. 28 октября, в 8 часов утра, Рэли разбудили и повели в Вестминстер. Там Рэли услышал удивительное по своей нелогичности и противоречивости заявление. Лорд Элвертон, подводя итоги разбирательства, неожиданно заговорил о высоких достоинствах Рэли, назвав его «звездой, на которую с восхищением взирает весь мир». Но, сказал он, существует смертный приговор, вынесенный Рэли в 1603 г. и не приведенный до сих нор в исполнение по милосердию короля. Теперь его величество пожелал привести этот приговор в исполнение.
Таким образом получалось, что Рэли, заключённый в Тауэр и обвиненный в преступлениях, совершенных во время последней экспедиции в Гвиану, должен был лишиться жизни по приговору, не имевшему никакого отношения к этому делу.
Клерк прочитал приговор и попросил Рэли поставить свою подпись, что тот и сделал. Затем Рэли спросили, не хочет ли он что-нибудь сказать перед исполнением приговора. Рэли извинился за свой слабый голос (у него был сильный приступ лихорадки), и начал свою речь. Он опять отверг все обвинения, новые и старые, выдвинутые против него. Рэли сказал, что не дорожит своей жизнью: он стар и слаб и все равно скоро умрет, а просит лишь о некоторой отсрочке казни. «Я хотел бы, чтобы меня выслушали в день моей смерти. А теперь я призываю в судьи бога, перед которым я скоро предстану, что никогда не предавал его величество... и прошу всех вас молиться за меня». В тот же день король подписал распоряжение о приведении смертного приговора в исполнение.
Только одного удалось добиться Рэли: ему обещали, что он будет обезглавлен, как просил, без четвертования, и вырывания внутренностей.
Казнь была назначена на 29 октября. В этот день по традиции должен был состояться большой праздник, устраиваемый лордом-мэром Лондона. Король полагал, что большинство лондонцев отправятся в Сити для участия в различных праздничных шествиях и церемониях и казнь Рэли пройдет незаметно.
Поскольку казнь была, назначена на следующий же день, решили не возвращать Рэли в Тауэр, а поместить его в монастыре святого Петра в Вестминстере. По дороге туда Рэли увидел в толпе своего приятеля Хью Бистона и спросил его, придет ли он завтра утром на казнь. Сэр Хью ответил, что, конечно, придет, но не знает, удастся ли ему найти место, где встать. На что Рэли иронически заметил: «Но вы должны что-то предпринять, чтобы обеспечить себе такое место. Что же до меня, то я за свое место уверен».