15 марта Флиндерс сообщил Адмиралтейству, что корабль почти готов к плаванию и что он надеется отправиться в Новую Голландию через месяц.
День ухода в плавание приближался. Флиндерса мучил вопрос, как быть с Аннетт. Он чувствовал, что не может уйти в море без нее. Аннетт, которая также горячо любила Мэтью, настойчиво спрашивала в письмах, как он думает устроить их будущую жизнь.
6 апреля Флиндерс написал Аннетт письмо, в котором предлагал ей, если она готова соединить свою жизнь с моряком, имеющим «лишь запас белья и немного денег», плыть с ним в Порт-Джексон, где он поселит её «под дружественной крышей», пока сам будет занят «самой опасной частью плавания». А затем они вернутся в Англию.
Аннетт с радостью согласилась. Влюбленные решили тайно обвенчаться. После этого Мэтью должен был тайно доставить Аннетт на борт «Исследователя».
Венчание состоялось в Линкольншире в пятницу 17 апреля, а в понедельник молодожены были в Лондоне. Теперь Флиндерс страстно желал как можно скорее уйти в море. Но этого нельзя было сделать до получения от французского правительства специального документа, своего рода охранной грамоты. Выдавалась она лишь кораблям, осуществлявшим плавания с мирными целями, чтобы обезопасить их в период войны.
Впервые такой документ был получен британским правительством при посредстве американского посла во Франции Б. Франклина от французского правительства для Дж. Кука, что позволило последнему беспрепятственно заниматься исследованиями в Тихом океане. 13 июня 1800 г, британское правительство выдало соответствующий документ Николасу Бодену.
20 марта 1801 г. Адмиралтейство обратилось в министерство иностранных дел Великобритании с просьбой получить у французского правительства охранный документ для Флиндерса. Министерство ответило, что оно сделает это не теряя времени. Однако запрос был послан через месяц, а документ получен лишь 23 июня 1801 г. За это время Флиндерс пережил много неприятностей, которые чуть было не привели к концу его морскую карьеру.
Через несколько недель после того, как Флиндерс поселил Аннетт на «Исследователе», на корабль неожиданно прибыла инспекция из Адмиралтейства. Инспекторы, как было потом записано в акте, «обнаружили в каюте капитана женщину без шляпки», что они расценили «как весьма откровенное свидетельство того, что это был ее дом».
Лорды Адмиралтейства категорически потребовала удалить Аннетт с корабля. Флиндерс был предупрежден, что, если в Адмиралтействе станет известно, что Аннетт «оказалась в Новом Южном Уэльсе, его немедленно отстранят от командования кораблем».
«Это правда, что у меня было намерение взять миссис Флиндерс в Сидней, — писал Флиндерс в своем ответе Адмиралтейству, — и оставить ее там, пока я не добьюсь цели, поставленной перед экспедицией. Отправляясь домой, я предполагал снова взять ее на корабль. Адмиралтейство, вероятно, предположило, что я собирался держать ее на борту корабля во время экспедиции, но это не так». Флиндерс надеялся своим признанием смягчить лордов Адмиралтейства и добиться, что бы Аннетт разрешили сопровождать его в плавании. Он просил Бэнкса помочь ему убедить лордов. Но все было тщетно. Аннетт должна была остаться в Англии. От пережитых волнений Аннетт расхворалась и оставалась в Лондоне до начала июля, затем она вернулась к родителям в Линкольншир. Флиндерс очень страдал. В письме к жене, написанном в самом конце июня, он горько сетовал: «Могу ли я, живя без тебя, быть счастливым? Конечно, нет». Дни тянулись тоскливо.
17 июля Флиндерс получил наконец пакет из Адмиралтейства. В нем находились инструкции относительно предстоящего плавания, разрешение французского правительства, списки материалов и инструментов, переданных Флиндерсу, а также указание губернатору Нового Южного Уэльса выделить в распоряжение руководителя экспедиции в качестве сопровождающего судна находившийся там корабль «Леди Нельсон». Этот бриг водоизмещением в 60 тонн имел небольшую осадку и мог быть использован при исследовании заливов и рек. Кстати сказать, бриг «Леди Нельсон», покинувший Англию в начале, 1800.г., был первым судном, которое прошло в Новый Южный Уэльс через Бассов пролив.