Между тем на «Исследователе» началась дизентерия. Через две недели после выхода из Купанга заболели десять человек. Флиндерс поспешил закончить исследования и с максимальной скоростью направился к Сиднею. Делая до 137 миль ежедневно, «Исследователь» 13 мая достиг мыса Луин. 17 мая умер матрос Дуглас Ботсуайн, а 20 мая — квартирмейстер Уильям Хиллер. «Исследователь» в это время проходил бухту Кинг-Джордж. 25 мая в заливе Спенсер умер сержант Джеймс Гринхолф. Число больных дизентерией на судне достигло восемнадцати. Два члена экипажа — квартирмейстер Джон Дрейпер и матрос Томас Смит — умерли, когда «Исследователь» входил в сиднейскую гавань.
8 июня, через два месяца после того, как «Исследователь» вышел с Тимора, он бросил якорь в Сиднее. Позади остался путь в 5000 миль. «Вельбот был спущен, и командир направился к берегу для встречи с его превосходительством губернатором», — было записано в судовом журнале.
Несмотря на то что экспедиция была прервана, она дала очень многое. Был тщательно изучен Торресов пролив; залив Карпентария был так точно картографирован, что карты Флиндерса использовались почти полтора столетия после его плавания; была собрана богатейшая коллекция флоры Новой Голландии; впервые в истории человечества пятый континент был обойден вокруг.
Но все это было достигнуто ценой больших жертв. Почти четверть первоначального экипажа «Исследователя» погибла. По прибытии в Сидней на его борту было двенадцать тяжелобольных, четверо из которых вскоре умерли. Сам Флиндерс страдал и душевно, и физически, что видно из его письма к Аннетт, посланного из Сиднея в июне 1803 г.: «Меня эти превратности плавания и печальное состояние моих бедных людей очень угнетали. Я с трудом передвигался целых четыре месяца, и мое здоровье сильно ухудшилось».
Всякого другого человека столь неблагоприятные обстоятельства заставили бы уступить, сдаться. Однако не таков был Мэтью Флиндерс. Ослабев телом, он был по-прежнему несгибаем, воля его была все так же тверда.
Рассказав губернатору Кингу о бедственном состоянии экипажа и судна, Флиндерс сразу же поставил вопрос о продолжении экспедиции. В течение недели Флиндерс обсуждал с Кингом возможные варианты. Прежде всего провели новое, детальное обследование корабля, показавшее, что больше его использовать нельзя. После этого осмотрели все суда, находившиеся в сиднейской гавани. Из них подходящим оказалось лишь частное торговое судно «Ролла». Хозяин был не прочь продать его, но потребовал 11 550 фунтов и дополнительно денежную компенсацию за уплату неустойки, которую, по всей вероятности, потребует Ост-Индская компания за невыполнение соглашения с нею. Кинг не мог уплатить такой крупной суммы, и от покупки судна пришлось отказаться.
Можно было бы использовать корабль «Буффало», принадлежавший колониальным властям, но в то время он совершал плавание в Индию и должен был вернуться в Сидней лишь к январю 1804 г. 16 июня Кинг официально предложил Флиндерсу судно «Морская свинка», также принадлежавшее властям колонии. Это был очень маленький корабль, на который невозможно было погрузить необходимое для длительного плавания количество продовольствия и воды, а также разместить весь оставшийся в живых экипаж «Исследователя». Но Кинг сказал, что после изучения северо-западного побережья Новой Голландии можно будет сделать остановку на Тиморе для пополнения запасов, а потом снова продолжить экспедицию. По мнению Флиндерса, судно совершенно не подходило для исследовательской работы. Три недели Флиндерс не давал ответа. Наконец 6 июля он послал Кингу формальное согласие, но просил проверить состояние «Морской свинки». Обследование показало, что судно требует ремонта, который в условиях колонии займет не менее года.
Вариант с «Морской свинкой» отпал. Начались поиски других возможностей. Кинг предложил Флиндерсу использовать два корабля — «Леди Нельсон» и «Фрэнсис». Эти суда имели те же недостатки, что и «Морская свинка», и Флиндерс отказался от них. Тогда Кинг принял решение отправить Флиндерса и экипаж «Исследователя» в Англию на «Морской свинке», с тем чтобы Флиндерс попросил Адмиралтейство выделить ему новое судно для завершения исследований побережья Новой Голландии.
Флиндерс немедленно согласился с решением губернатора. Он лишь настаивал, чтобы обратный путь в Англию обязательно, прошел через Торресов пролив: ему хотелось еще раз проверить этот наиболее выгодный маршрут из Тихого океана в Индийский. Кингу доводы Флиндерса показались убедительными, и он дал согласие.