В сентябре 1806 г. прусский король предъявил Наполеону ультиматум, в котором потребовал очищения германской территории от французских войск. Но уже 14 октября прусские войска были наголову разбиты в битвах при Иене и Ауэрштедте. 27 октября французские войска вступили в Берлин.
Флиндерс, не зная, естественного последних событиях, радовался вестям о возможном мире с Францией. Он продолжал упорно трудиться над материалами своей экспедиции. «Я переделал многие из своих карт, выправил и дополнил объяснительную записку, — писал впоследствии Флиндерс, — закончил работу над расширенным текстом дневника, который я вел во время плавания на «Исследователе» (этот дневник предназначался для Адмиралтейства. — К. М.)… изучал французский язык, чтобы читать поступавшие во все большем количестве книги, особенно о плаваниях и путешествиях. Но что более всего помогало бороться с меланхолией — это письма из Англии от моей семьи и друзей, а также сообщение о том, что мистер Эйкен благополучно прибыл в Лондон со всеми картами, журналами, письмами и инструментами, переданными на его попечение».
Однако проходили недели и месяцы, а Флиндерс все еще оставался на острове. Уже все члены экипажа «Камберленда» уехали в Англию. Лишь его слуга ни за что не хотел бросить своего хозяина. Но в конце концов Флиндерс уговорил его вернуться домой. В начале июля 1807 г. он покинул остров на борту американского судна. Флиндерс отправил с ним в Англию карты, книги и письма.
18 июля на Маврикий из Мадраса прибыл корабль Ост-Индской компании «Маркиз Уэллсли» с пленными французами на борту для передачи их властям острова. Флиндерсу были доставлены два письма от командующего британским флотом в Индийском океане адмирала Эдварда Пеллю, сменившего на этом посту Питера Рейнира. Одно было официальное, другое частное. В первом письме адмирал сообщал, что с французским правительством достигнута договоренность об освобождении Флиндерса. К письму была приложена записка секретаря Адмиралтейства Уильяма Мэрсдена, в которой говорилось, что три экземпляра распоряжения морского министра Франции на этот счет вручены трем капитанам французских судов, направившихся к острову Иль-де-Франс. Это сделано на случай, если какой-либо корабль попадет в плен.
Во втором письме адмирал Пеллю приглашал Флиндерса погостить у него в Мадрасе, пока он будет находиться в Индии, ожидая корабль для возвращения на родину. Флиндерс немедленно написал письмо губернатору, прося его сообщить, что он собирается предпринять в связи с сообщением, содержавшимся в письме адмирала Пеллю.
Ответ, переданный через полковника Монистроля, Флиндерс получил только неделю спустя. Губернатор писал, что пришло письмо от морского министерства, касавшееся Флиндерса. «Как только позволят обстоятельства, вы полностью насладитесь благорасположением, проявленным к вам его величеством императором». Декан послал Флиндерсу копию письма морского министра Франции. Из этого письма Флиндерс узнал, что решение о его освобождении было принято морским министром еще в июле 1804 г., но до марта 1806 г., т. е. почти два года, дожидалось утверждения императора.
Поскольку ничего конкретного в ответе губернатора Флиндерс не нашел, он попросил через Монистроля разрешить ему прийти в Порт-Луи за дополнительными разъяснениями. Однако губернатор ответил, что, когда точно установят дату отплытия, Флиндерсу будет позволено пробыть в городе «столько дней, сколько необходимо».
Видя, что губернатор явно не торопится исполнить распоряжение морского министра, Флиндерс опять через полковника Монистроля потребовал возвращения «Камберленда», который, как он узнал, был переведен куда-то со своей стоянки. Флиндерс сообщал о намерении продать шхуну, ибо возвратиться на ней в Англию было невозможно. Поскольку на вырученные деньги Флиндерс не мог бы купить новое судно на Маврикии, он просил губернатора разрешить ему покинуть остров на каком-либо корабле, направлявшемся в Америку или Индию. Флиндерс также требовал возвращения ему бумаг и книг, все еще остававшихся в руках французских властей.
Через три недели Флиндерс получил письмо от Монистроля. Его приглашали в город, чтобы возвратить все материалы, изъятые четыре года назад на «Камберленде».