Дрейк решил использовать своего нового приятеля при королевском дворе графа Роберта Эссекса, отец которого в свое время рекомендовал Дрейка Уолсингему. Молодой граф состоял теперь в фаворитах Елизаветы. Дрейк просил его повлиять на королеву, чтобы она не препятствовала быстрейшему оснащению его эскадры. Но все было тщетно. Елизавета все еще надеялась на мирный исход переговоров с испанцами. Не только Дрейк, но и сам первый лорд адмиралтейства Хоуард испытывал большие трудности в снабжении флота продовольствием, деньгами, боеприпасами. Его тоже сильно беспокоило вынужденное бездействие английского флота при все растущей опасности испанского вторжения.
Дрейк убеждал королеву, что никогда еще та не была в столь опасном положении. Он просил, чтобы она дала ему 50 судов и разрешила напасть на испанский флот в Лиссабоне. «Мои дорогие лорды, — писал Дрейк в марте Тайному совету, — с 50 кораблями мы нанесем испанцам больший ущерб у их собственных берегов, чем с во много раз большими силами здесь, в Англии; и чем скорее мы это сделаем, тем лучше». Одновременно Дрейк сообщал, что испытывает острую нехватку пороха, хотя для учебных стрельб расходует минимальное его количество. Он просил срочно прислать ему порох, так как его запасов хватит лишь на один день боя. Тайный совет разрешил Дрейку взять порох на складе в Тауэре, но идти к испанским берегам запретил.
Переговоры представителей Елизаветы с герцогом Пармой не давали никаких положительных результатов. Становилось все более очевидным, что испанцы просто тянут время, чтобы закончить приготовления к вторжению в Англию. Но королева все еще не хотела прерывать переговоров, прислушиваясь к советам лорда Берли. Последний старался всячески очернить Уолсингема и всех тех, кто, «предлагая на словах заключить мир, в то же время делает все для кровавой войны». Однако и с Берли королева не была искренна. Она уже не верила в успех мирных переговоров и возобновила совещания с «партией войны» и со «своим пиратом».
В испанском лагере обстановка тоже была непроста. Герцог Парма все более скептически относился к успеху немедленного вторжения в Англию, считая, что прежде всего надо подавить восстание в Нидерландах. Новый командующий флотом герцог Медина Седония обнаруживал сходное отношение к готовящейся операции. Но Филипп не хотел ничего слушать и требовал скорейшего его осуществления. Огромный испанский флот — «Непобедимая армада», как его называли, — был уже готов отправиться в плавание.
Наконец Елизавета решилась. 10 мая был собран Тайный совет для того, чтобы выслушать Дрейка. Тот был, как всегда, немногословен. «Надо немедленно приступить к решительным действиям… — говорил он собравшимся лордам, — в этом половина успеха». После долгого обсуждения было принято решение начать операцию. Для этого объединили в Плимуте два флота: один, которым командовал Дрейк, другой — под командованием лорда-адмирала Хоуарда. Последний назначался королевой главнокомандующим объединенным флотом, а Дрейк — его заместителем.
Через несколько дней Хоуард привел в Плимут эскадру, состоявшую из 34 кораблей и 8 пиннас. Там они соединились с 40 судами Дрейка. Хоуард был в восторге от Дрейка. «Я не могу не сказать Вам, — писал он Уолсингему, — как сердечно и приятно сэр Фрэнсис Дрейк держит себя, а также с какой преданностью он служит ее величеству и мне, имея в виду пост, который я занимаю; поэтому я умоляю Вас написать несколько слов благодарности в частном письме к нему».
Лорд Хоуард был также чрезвычайно доволен офицерским, матросским и солдатским составом. «Мой дорогой лорд, — писал он Берли, — здесь собраны прекраснейшие капиталы, солдаты и матросы, какие когда-либо были в Англии». Одно беспокоило адмирала: острая нехватка продовольствия. Корабли имели запас провизии только на восемнадцать дней.
Главный морской интендант обещал Хоуарду в течение недели прислать десять судов с продовольствием. Но 28 июня адмирал получил от него сообщение, что корабли не смогут прибыть даже через две недели. Несмотря на это, Хоуард решил не задерживать отплытие. В том же письме Берли он писал: «Бог послал нам попутный ветер, и мы отправимся в плавание, хотя нам и грозит голодная смерть. Очень жаль, что мои люди не будут иметь еды тогда, когда, не жалея жизни, будут служить ее величеству».