За последние годы в городе были построены новые укрепления, значительно усилена артиллерия, увеличен гарнизон. Особенно мощной была крепость Морро, расположенная у выхода из гавани. До прихода англичан был собран военный совет, на котором было решено снять орудия с прибывших фрегатов и перенести их на берег для усиления артиллерийской обороны города. Экипажи фрегатов должны были защищать город на суще. Два фрегата пришлось затопить, чтобы блокировать вход в гавань. Женщины, дети и рабы были отправлены в глубь острова. Когда появилась английская эскадра, Сан-Хуан был готов к обороне, моральный дух защитников города был высок.
Англичан же с начала плавания преследовали неприятности. Они потерпели поражение на Канарских островах, потеряли судно у Гваделупы. Все время враги опережали их, успевая подготовиться к отражению удара. Не успели корабли бросить якорь у Сан-Хуана, как разнеслась весть о смерти Хокинса. Это явилось тяжелым ударом для всей флотилии. С именем Хокинса были связаны многие славные победы английского флота, его популярность была очень велика. К тому же на кораблях узнали, что, умирая, Хокинс выразил сомнение в успехе экспедиции и потому завещал передать из своих средств 2 тыс. ф. ст. королеве в компенсацию ее возможных потерь. На Дрейка Хокинс не сердился и даже оставлял, как он писал в завещании, «моему дорогому кузену сэру Фрэнсису Дрейку мой лучший бриллиант и крест с изумрудом».
Теперь Дрейк готовился к штурму города. Когда он обедал с несколькими офицерами в своей каюте, туда попало испанское ядро, убило двух офицеров, сидящих рядом с адмиралом, и выбило стул, на котором он сидел. Выбежав из разрушенной каюты, Дрейк приказал кораблям отойти на безопасное расстояние.
На следующее утро испанцы увидели, что английская флотилия расположилась к западу от гавани, укрывшись за двумя небольшими островками. В течение всего дня английские корабли не подавали признаков жизни. Дрейк вновь обдумывал план нападения. Он понял, что ошибался, полагая, что оборона испанцев осталась на том же уровне, что и во время его предыдущего плавания в Вест-Индию.
Дрейк решил сначала атаковать испанские фрегаты, стоявшие в гавани. Ночью он с отрядом солдат на 25 шлюпках и пиннасах подошел к испанским кораблям. Ему удалось зажечь четыре фрегата. Но, загоревшись, они ярко осветили гавань и дали возможность береговой артиллерии обстреливать английские корабли. Потеряв несколько шлюпок и 50 солдат, Дрейк отступил.
Опытный Педро Теллео, командовавший испанскими кораблями, не сомневался, что Дрейк так просто не уйдет, что он еще будет пытаться захватить город. Поэтому дон Педро приказал затопить две тяжело груженные шлюпки и фрегат при входе в гавань. Когда Дрейк на другой день обнаружил это, он понял бесполезность попыток прорваться к городу. Собрав на своем флагманском корабле военный совет, Дрейк предложил высадить войска, которые будут штурмовать Сан-Хуан с суши, в наиболее слабо укрепленных местах.
Томас Баскервиль отверг этот план, сказав, что город укреплен значительно сильнее, чем укреплялись раньше испанские города в Америке. Его защищает гарнизон, состоящий из профессиональных солдат, а не из наскоро вооруженных мирных жителей, как это бывало в прежние времена. Дрейк не настаивал на своем предложении.
Ночью английские корабли ушли из Сан-Хуана. Утром жители города увидели опустевшее море. Педро Теллео тут же послал быстроходное посыльное судно в Санто-Доминго и Гавану предупредить о появлении английского флота. Дрейк повел свои корабли на запад, и 19 ноября его флотилия остановилась у залива Святого Германа. Там англичане провели неделю, отдыхая, охотясь, пополняя запасы продовольствия и воды, ремонтируя суда и пиннасы. Затем флотилия пошла к югу, к берегам Панамы.
18 декабря Дрейк был у Рио-де-ла-Хача. Баскервиль без труда овладел городом. Все жители скрылись в лесах, унеся с собой наиболее дорогие вещи и спрятав их в укромных местах. Но солдаты с помощью беглых рабов отыскали большинство этих кладов и забрали ценности. Пока солдаты Баскервиля рыскали в окрестностях Рио-де-ла-Хача, Дрейк отправился в находящуюся недалеко от города деревню, население которой занималось добычей жемчуга. Там опять-таки с помощью беглых рабов он отыскал место, где был спрятан жемчуг, и захватил его. Большие ценности нашел он и в селении Ранчерия. Вернувшись в Рио-де-ла-Хача, Дрейк начал переговоры с губернатором о выкупе за то, что англичане не уничтожают город. Губернатор всячески сопротивлялся. Видя, что губернатор платить не намерен, Дрейк разрушил все здания, за исключением церкви и одного из домов, хозяйка которого очень упрашивала адмирала сохранить его. После этого Дрейк направился к Санта-Марита, где его люди, тщательно обшарив все закоулки, не нашли ничего ценного.