Коннор, бегущий из горящего завода
Продвигаясь по заводу, они попали в засаду. Но отец и сын успешно отбились от наемников, узнав от одного из них, что продовольствие для Континентальной армии, а также сам Бенджамин Черч находятся на корабле "Приветствие".
Вскоре после этого стрелки подожгли здание и бочки с порохом, Коннор и Хэйтем успели сбежать из горящего здания, выпрыгнув из окна в воду.
Преследование Бенджамина Черча
Коннор на своем корабле "Аквила" преследовал Черча по морю и достиг его. Он взял его корабль "Приветствие" на абордаж, сломав его мачты выстрелами из цепей. Коннор и Хэйтем пробрались на корабль, где между обоими командами завязалась схватка.
Коннор убивает Бенджамина Черча
Коннор убил несколько человек на борту, прежде чем последовал за своим отцом ниже палубы. Там Коннор застал Хэйтема, избивающего Бенджамина Черча за предательство Ордена Тамплиеров. Но Коннору удалось остановить отца, и опросить его лично.
Черч рассказал ему о том, что груз находится на острове поблизости, а также пытался оправдать свои действия. Выслушав его, Коннор убил Черча.
После этого случая Коннор начал полагать, что есть возможность, что Ассассины и Тамплиеры могли бы объединиться, из-за их подобных идеалов и верований.
Конфронтация с Николасом Биддлом
17 марта 1778 года Коннор определил местонахождение "Рэндольфа" и преследовал его в течение некоторого времени. Биддл привел их в засаду, и "Аквила" была скоро окружена "Рэндольфом" и еще двумя кораблями, союзными с Биддлом. Но "Аквила" потопила эти два корабля и уничтожила мачту "Рэндольфа", взяв его на абордаж.
Противостояние Коннора и Николаса Биддла на борту "Рэндольфа"
Оттуда команда "Аквилы" пошла на "Рэндольф" и убила многих из членов команды на судне Биддла. Несмотря на это, Коннор нацелился на Николаса Биддла и между ними завязалась драка. Во время их борьбы произошел взрыв и оба провалились ниже палубы, где они продолжили драку.
Когда Коннор смертельно ранил Биддла, он заявил, что господство Биддла над колониальным побережьем закончилось, на что Николас ответил, что Коннор был глуп в своих убеждениях и попросил его, чтобы он уничтожил "Рэндольф" вместе с ним. Коннор выполнил свое обещание, которым был недоволен Роберт Фолкнер, так как он полагал, что "Рэндольф" был бы прекрасный приз.
Разрушение альянса
Некоторое время спустя после убийства Бенджамина Черча и Николаса Биддла, Коннор решил еще раз найти Хэйтема, в надежде на объединение между их Орденами. Но перед этим Коннор навестил Ахиллеса и извинился за свои резкие слова и рассказал ему об идее единства.
Однако Ахиллес открыто не одобрил это, настаивая, что невозможно работать бок-о-бок с Тамплиерами, и что цели ассассинов никогда не будут совпадать с целями Тамплиеров. А также он напомнил о том, что Хэйтем должен умереть.
Коннор, доставивший Британского офицера Хэйтему
Коннор тем не менее разыскал Хэйтема в Нью-Йорке, где Тамплиер работал над обнаружением дальнейших планов Британской армии. Хэйтем был недоволен тем, что его шпионы не смогли ничего разузнать.
Коннор указал, что надо просто разыскать Британских командующих, и несколько человек из них он встретил около "Церкви Троицы", которая была уничтожена «Великим пожаром Нью-Йорка». Отец и сын смогли заманить в засаду троих из них и схватить.
В пределах "Форта Джордж" Хэйтем опросил каждого из них, и узнал планы Британской армии: уйти из Филадельфии и двинуться на Нью-Йорк в течение следующих двух дней.
После допроса Британцев, Хэйтем перерезает им горло, к неодобрению Коннора. Он был возмущен беспощадными действиями своего отца. После этого Коннор уехал, чтобы предупредить Вашингтона о скором прибытии Британских войск.
Коннор предупреждает Вашингтона и Хэйтема не вмешиваться в его миссию
Хэйтем настаивал на том, чтобы вместо этого встретиться в Чарльзом Ли, но Коннор отказался. Прибыв к Вашингтону, Коннор объяснил ему всю ситуацию. Пока он это делал, Хэйтем отошел к столу Вашингтона и взял лежащие там документы, и прочитал их.
После этого он прочитал их вслух Коннору. В них говорилось, что Вашингтон послал людей, чтобы они уничтожили деревню, где родился Коннор, засолили их земли; так как многие из Ганьягэха помогали Британцем. Также там говорилось, что именно Вашингтон приказал сжечь деревню в 1760 году, из-за чего погибла мать Коннора, Гадзидзио.