Последнее противостояние с Тамплиерами
Чесапикское сражение
Коннор разговаривает с тяжело больным Ахиллесом
В 1781 году Коннор приехал к Ахиллесу, который тяжело болел в то время и не мог встать с кровати. Ахиллес спросил Коннора о новостях о Революции, на что Коннор ответил, что патриоты победили и страна наконец может быть лишена британского правления.
Ахиллес тогда сказал Коннору, что очень важно чтобы, Хэйтем Кенуэй и Чарльз Ли умерли, несмотря на продолжающуюся веру Коннора в то, что Ассассины и Тамплиеры могли бы объединиться.
Впоследствии, Коннор встретился с Жильбером де Лафайетом в подвале особняка, где Коннор показал свою стратегию проникновения в Форт Джордж. Но для этого Коннор нуждался во Французских союзниках, чтобы замаскировать их как Британцев, таким образом, пока они обстреливали бы Форт, Коннор среди этого хаоса убил бы Чарльза Ли. Лафайет согласился на этот план, но сказал Коннору, что в ответ на это он будет обязан помочь Французским военно-морским судам в Чесапикском заливе.
Адмирал Поль де Грасс и Коннор Кенуэй
В Чесапикском заливе Коннор руководил "Аквилой" и помог Французам в борьбе с Британцами, уничтожая их суда. Скоро превосходящие силы Британцев потопили оба Французских судна и уничтожили все орудия на борту "Аквилы".
Подкрепление, которое обещал Лафайет, было все еще далеко, а сражение все еще продолжалось. Таким образом, Коннор был вынужден таранить "Аквилой" вражеский Военный корабль. Протаранив военный корабль, Коннор взошел на вражеский корабль и убил их капитана. После этого он поджег бочки с порохом и вернулся на "Аквилу", в то время, как военный корабль пошел ко дну. К этому моменту прибыло Французское подкрепление. После этого Коннор попросил помощи у адмирала Поля де Грасса, чтобы он помог ему в осуществлении плана об атаке Форта Джордж. Адмирал де Грасс согласился помочь.
Коннор возвратился в поместье и хотел обо всем рассказать Ахиллесу. Но зайдя в его комнату, Коннор увидел, что Ахиллес умер, а в руке он держал письмо. В нем говорилось, что вся собственность Ахиллеса переходит к Коннору, и что его появление в жизни старика дало ему большую надежду на будущее страны, что Коннор мог все изменить. После его панихиды Коннор и жители поместья похоронили Ахиллеса рядом со своей женой и сыном. Впоследствии, Коннор повесил картину, которую спрятал Ахиллес, потому что она приносила ему болезненные воспоминания - оказалось, что это портрет его покойной семьи.
Атака на Форт Джордж
Пробравшись в Форт Джордж через подземные ходы, Коннор дал сигнал судам, чтобы они начинали обстрел Форта. Но во время бомбардировке Коннор получил ранение и сильную контузию. Хромая, он направлялся в глубь Форта, но неожиданно он встретил своего отца, Хэйтема Кенуэя. Хэйтем предвидел план Коннора на атаку Форта Джордж и велел Чарльзу Ли покинуть Форт.
Схватка Хэйтема и Коннора
После этого Хэйтем напал на Коннора и между ними началась борьба. Затем Хэйтем взял Коннора за горло двумя руками и начал душить его, говоря о безнадежных целях Коннора, о том что Чарльз Ли многое может сделать и он не позволит убить его. Но в этот момент Коннор пронзил Хэйтему горло Скрытым клинком. Перед смертью Хэйтем сказал, что гордится своим сыном, и что должен был убить его раньше.
После смерти отца Коннор побрился наголо, оставив лишь посередине ирокезку, а также нанеся на лицо боевую раскраску. После смерти Хэйтема Кенуэя Орден Тамплиеров возглавил Чарльз Ли. Коннор отправился за ним, чтобы покончить с Тамплиерами.
Конфронтация с Чарльзом Ли
В 1782 году Коннор нашел Чарльза Ли в Нью-Йорке, он говорил речь у могилы Хэйтема, рассказывая о том, что Хэйтем многое сделал, многим помогал, даже своим врагам - ассассинам. В это время Коннора схватили люди Ли и привели к нему. Чарльз сказал, что Хэйтем знал, что Коннор придет в Форт, но ничего не сказал ему, сказав просто, чтобы Чарльз покинул Форт. Чарльз сказал, что за смерть Хэйтема он убьет всех, кем дорожит Коннор и лишь потом самого Коннора. После этого Ли уехал, приказав своим людям избить Коннора. Расправившись с людьми Чарльза, Коннора допросил одного из них и узнал, что Ли пошел на судно в доках. Прибыв на судно, Коннор подслушал разговор чиновника, и узнал, что Чарльз Ли будет ждать его в Бостоне в таверне "Зеленый дракон".
В Бостоне Коннор нашел в таверне одного из людей Ли, он рассказал, что Чарльз находится в доках, что он узнал о гибели чиновника в Нью-Йорке, что он занервничал и решил уехать из страны. В доках Коннор начал преследование Ли, которое привело их на загоревшееся судно. Во время погони паром разрушился, Ли и Коннор провалились вниз парома.