На должность главного конструктора системы ПРО была предложена кандидатура главного конструктора системы ПВО Москвы А. А. Расплетина. Ознакомившись с постановкой задачи и оценив возможности разработки системы ПРО, Расплетин заявил руководящим работникам ЦК, что считает эту задачу чрезвычайно сложной и для начала следует оценить возможности разработки такой системы. В этой ситуации, по мнению Расплетина, было важным завершить все работы по вводу в строй всех объектов С-25, провести Государственные испытания и снять все вопросы защиты Москвы от средств воздушного нападения, в том числе и массированного налета. Для этого необходимо было незамедлительно приступить к модернизации системы, повысить тактико-технические характеристики, ввести в состав станции ЦРН аппаратуру СДЦ, разработать и ввести в состав комплекса ракету с ядерным зарядом, увеличить зоны поражения скоростных целей, понизить минимальную высоту работы системы по современным воздушным целям. То есть сделать систему действительно боеспособной, готовой отразить любые виды воздушного нападения. Это были архиважные задачи, требующие больших усилий от разработчиков. Что касается разработки системы ПРО, то сейчас надо приложить максимум усилий для оценки возможности разработки такой системы, наметить и обосновать пути ее реализации. В оборонном отделе ЦК КПСС с такой постановкой Расплетина согласились, потребовав лишь максимального содействия и контроля за всеми выполняемыми в КБ-1 работами по проблеме ПРО. Расплетин, естественно, с такой поправкой согласился.
Военные, помня о своем провале на политбюро 20 июля 1950 года и той нахлобучке, которую они получили от Сталина за несвоевременную постановку задачи по защите Москвы от средств воздушного нападения, продолжали нагнетать обстановку вокруг ПРО. В результате уже в декабре 1953 года вышло распоряжение СМ СССР «О разработке методов борьбы с ракетами дальнего действия». Проработка конкретных предложений была поручена двум организациям — КБ-1 и РАЛАН.
Приказом С. М. Владимирского в декабре 1953 года в КБ-1 была создана специальная лаборатория по проблемам ПРО, которую возглавил крупный ученый, профессор Н. А. Лившиц.
В свое время его и нескольких своих преподавателей С. Л. Берия перевел из Ленинградской военной академии связи в московское КБ-1. Вскоре Лившиц был назначен начальником теоретической лаборатории. Интересно отметить, что отец Лившица до советской власти был промышленником-миллионером. Сергей Берия знал об этом факте, но не обращал на него внимания. После ареста отца и сына Берия Лившиц был понижен в должности, счел понижение незаслуженным, стремился к масштабной научной деятельности. В лабораторию Лившица вошли около сорока сотрудников, которые и занялись подготовкой первого отчета по ПРО. Научным консультантом стал профессор ВВИА им. Н. Е. Жуковского генерал В. С. Пугачев.
Так, в КБ-1 было образовано еще одно направление работ — оценка возможностей создания средств ПРО на базе современной техники радиолокации и достижений в области зенитных управляемых ракет.
В январе 1954 года Главспецмашем было принято решение о создании специальной комиссии по ПРО. Председателем комиссии назначили академика А. Н. Щукина. В состав комиссии вошли директор РАЛАН А. Л. Минц, главный инженер КБ-1 Ф. В. Лукин (С. М. Владимирский переходил на новую должность) и главный конструктор системы С-25 А. А. Расплетин. На первом заседании Ф. В. Лукин сказал: «Работы по ПРО надо начинать, и как можно скорее. Какой будет результат — сказать сейчас трудно. Никакого риска здесь нет: не получится ПРО — получится хорошая техническая база для более совершенных противосамолетных систем».
Комиссия рассмотрела отчеты КБ-1, предложения А. Л. Минца по зональной системе ПРО «Барьер» и проект бывшего главного конструктора КБ-1 П. Н. Куксенко.
Минц предложил построить в пустынной местности несколько больших размещенных вдалеке друг от друга радиолокационных станций, способных обнаруживать баллистические ракеты в полете. Вариант был признан трудновыполнимым, затратным, и члены комиссии его отклонили. Однако неожиданно за проект вступился председатель А. Н. Щукин, рекомендовавший продолжить исследования. Члены комиссии, вынужденные прислушиваться к мнению академика, вынесли расплывчатое решение по варианту Минца. Проект бывшего главного конструктора КБ-1 П. Н. Куксенко, продолжавшего работать в должности ученого секретаря НТС этой организации, был отклонен. Вариант Лившица получил одобрение.
После ареста Лаврентия и Сергея Берия всех полковников КГБ сняли с должностей начальников отделов КБ-1. Начальниками отделов стали ученые и конструкторы. Заняв соответствующие высокие должности, две выдающиеся личности — А. А. Расплетин и Г. В. Кисунько — стали претендовать на лидерство.