В ноябре 1918 года Станислав переводится на работу в Екатеринбургскую Чрезвычайную комиссию, где занимает сначала должность уполномоченного по информации Особого отдела ЧК, а вскоре становится начальником этого отдела, выполнявшего разведывательные функции. В Екатеринбурге он прослужил почти три года.
В сентябре 1920 года Глинский, как польский коммунист, был откомандирован в распоряжение Центра. Только что закончилась война с панской Польшей, и в тылу Красной Армии, а также вблизи советскопольской границы осталось множество не выявленных польских агентов. Станислав получает новое назначение: помощника начальника Особого отдела 16-й армии по агентурной работе. Вместе с другими чекистами принимает активное участие в операции «Синдикат-2», завершившейся в 1925 году арестом знаменитого террориста Бориса Савинкова. В архивах внешней разведки России сохранились сведения о том, что Глинский персонально отвечал за переход Савинкова и его сподвижников участка советско-польской границы, который находился в его ведении.
Активно участвуя в этой операции, Глинский выдавал себя за члена легендированной чекистами подпольной антисоветской организации «Либеральные демократы». По перехваченным явкам посещал отряды организации Савинкова, принимал непосредственное участие в ликвидации одного из них, численностью в 500 человек, укрывавшегося на глухом хуторе в Горецком районе Могилевской губернии.
В дальнейшем «либеральный демократ» Глинский встречался в районе Слуцка с представителем атамана Булак-Булаховича и обсуждал с ним планы организации антисоветского восстания в Белоруссии и захвата его отрядами Минска. Деятельность чекистов по ликвидации савинковских террористов была успещной и эффективной. 29 августа 1920 года Станислав был награжден орденом Красного Знамени под номером 49.
В июне 1921 года Глинский становится начальником Особого отделения при Белорусской ЧК, а в июле того же года — уполномоченным Ударной группы по разработке иностранных миссий в Белоруссии.
Через год следует новое назначение: 16 июня 1922 года Глинского переводят на пост начальника Заславльского пограничного Особого отделения. Это было связано с продолжением оперативной игры чекистов с савинковцами. Здесь он прослужил до 1923 года. Прощаясь с доблестным разведчиком, отбывавшим к новому месту службы, друзья-пограничники преподнесли ему приветственный адрес, в котором писали (сохранен стиль оригинала):
«Дорогой Станислав Мартынович!
Расставаясь с Вами после долгой совместной службы на поприще охраны границы Республики трудящихся от проникновения наймитов Европейских акул, поставивших себе целью разложение трудящихся масс и подрыв экономической мощи Воскресающей Советской Республики, мы, оставшиеся здесь, наученные совместным опытом, будем с тем же рвением и успехом продолжать свою работу, осуществляя наш лозунг: «Смерть контрреволюции и шпионам!».
В дальнейшем, до конца 1924 года, Глинский работает заместителем начальника Минского Особого отдела ОГПУ, а затем — помощником председателя ГПУ Белоруссии. В начале 1925 года он переводится в центральный аппарат ОГПУ в Москву и в течение нескольких месяцев служит в его контрразведывательном отделе.
Внешняя разведка органов государственной безопасности испытывала в то время острую нужду в опытных кадрах, особенно владеющих иностранными языками. Поэтому руководство ОГПУ принимает решение перевести Глинского в Иностранный отдел (внешнюю разведку), а уже в 1926 году он выезжает помощником резидента ОГПУ в Данциг. В том же году Глинский, снабженный советским дипломатическим паспортом на имя Смирнова, назначается резидентом внешней разведки в Польше и руководит работой резидентуры до 1927 года.
В Варшаве, ставшей одним из центров белогвардейских заговоров против молодой Советской Республики, он продолжает активную борьбу с антисоветской эмиграцией. Принимает непосредственное участие в осуществлении разработанной руководством внешней операции «Трест». Проводившиеся в рамках операции мероприятия, в которых активно участвовал Глинский, привели к аресту в СССР известного агента британской разведки Сиднея Рейли, который еще в годы русско-японской войны занимался в Маньчжурии шпионажем в пользу Японии, а в 1918 году был одним из организаторов «заговора послов» против советской власти. 3 ноября 1926 года С. Рейли был расстрелян по приговору Ревтрибунала, вынесенному ему еще в 1918 году.