Именно после посещения СССР у Куна завязалась дружба с крупнейшим советским антропологом Георгием Францевичем Дебецем (1905–1969).
С 1934 по 1939 г. Кун работал над своей огромной монографией. По поводу идеи и структуры он консультировался у уже пожилого Уильяма З. Рипли, а также у известного американского антрополога Франца Боаса, Franz Boas (1858–1942), и английского этнолога Бронислава Малиновского, Bronislav Malinovsky (1884–1942). Авторы ведущих антропологических журналов почитали за честь снабдить Куна новейшей теоретической информацией. Огромное трудолюбие ученого в совокупности с его богатейшим экспедиционным опытом обеспечили закономерный успех у читателей, когда книга «Расы Европы» увидела свет.
Карлтон С. Кун в форме офицера Британской армии (в центре). 1941 г. Марокко
Когда началась Вторая мировая война, Кун не укрылся за мантией академического ученого, доказав в полной мере свою гражданскую позицию. В 1941 г. по секретному заданию американского правительства он был откомандирован в Северную Африку, в Марокко, с целью установления контактов с местными племенами, поскольку уже тогда здесь планировалось создание плацдарма для американских войск с перспективой их участия в войне на европейском континенте. Выбор пал на ученого не случайно, так как он хорошо владел арабским языком и уже имел богатейший опыт работы полевых исследований в этой местности, когда был здесь в 1924–1928 гг. По его мнению, в расовом отношении население Марокко представляло собой сложную амальгаму из арабов, евреев и испанцев, во взаимоотношениях которых было довольно сложно разобраться неспециалисту, не знакомому с особенностями психологии данного контингента.
По инициативе самого президента США Франклина Рузвельта в Касабланке был открыт Центр Стратегических исследований, к которому Кун и был прикомандирован с правом ношения военной формы офицера британской армии. Его должность называлась «Исполнитель секретных операций». Успешно зарекомендовав себя на этом поприще, был переведен уже как реальный разведчик в Тунис, на территорию, оккупированную итало-германскими войсками. Его официальная «легенда» была весьма экстравагантной: он скрывал задание, но не скрывал своего имени, так как оно было хорошо известно во всем мире. Несмотря на то, что США и Национал-социалистическая Германия юридически уже находились в состоянии войны, независимый международно признанный американский антрополог Карлтон Стивенс Кун пребывал на территории, оккупированной немецкими войсками, для антропологического обследования коренного населения Северной Африки. Немцам весьма льстило, что даже ученые противоборствующих с ними стран так или иначе поддерживают развитие классической расовой теории. Что и было использовано. Прагматичные американцы в целях сбора информации задействовали не только местное коренное население, но даже бывших русских белогвардейцев, осевших после гражданской войны в Северной Африке. По словам самого Куна, на этом театре военных действий наибольшее неудобство доставляли итальянские войска, которые воевали круглые сутки как партизаны и без всякой системы, в то время как немецкие войска из экспедиционного корпуса Эрвина Роммеля воевали строго методично и в пределах стандартного «рабочего» дня, принятого в Европе.
В 1943 г., когда итало-германские войска были разгромлены, а англо-американские осуществили высадку из Северной Африки в Италию, Кун был откомандирован с новым секретным заданием в Албанию для установления связи с местными партизанами. И вновь руководство спецслужб предпочло прибегнуть к его услугам, так как он уже проводил здесь археологические и этнографические исследования в 1929 и 1930 гг.
Вообще с этой точки зрения биографию Куна можно рассматривать как идеальный пример использования квалификации гражданского специалиста в военных целях. Американский ученый широкого профиля Карлтон Стивенс Кун блестяще справился со всеми возложенными на него военным временем обязанностями.