Отец Дарвина, видя, что учеба на медицинском факультете не располагает сына к серьезным занятиям, предложил ему перейти на теологический факультет в Кембридже. Он боялся, что из сына вырастет “праздный любитель спорта - а такая моя будущность казалась тогда вероятной”. Дарвин каждую свободную минуту проводил на собирании насекомых и охоте. Он имел возможности к этому, так как часто гостил у своего дяди Д. Веджвуда, на дочери которого позже женился. Дарвин принял предложение отца и, прочитав несколько книг по теологии, не сомневался в правде каждого слова Библии. Его привлекает также мысль стать сельским пастором.
Дарвин учился в Кембридже в 1828-1831 г., и после окончания учебы получил первую научную степень - бакалавра искусств (Bachelor of Arts). В автобиографии Дарвин очень критически оценивает свою науку в Кембридже. “Три года, проведенные мною в Кембридже, были - в отношении академических занятий - настолько же полностью затрачены впустую, как и годы, проведенные в Эдинбурге и в школе”.
Кроме классических предметов и геометрии в качестве обязательного предмета, Дарвин изучал труды Пейли (Paley), представителя натур-теологии и полностью соглашался с его интерпретацией целесообразности в природе. Он посещал также публичные лекции, а именно лекции ботаника, профессора Генсло, и принимал участие в геологических экскурсиях профессора Седжвика.
Хотя по его собственным словам, время, проведенное в Кембридже было “всерьез потеряно и даже хуже, чем просто потеряно”, он вспоминал его с большим удовольствием. “Моя страсть к ружейной стрельбе и охоте, а если это не удавалось осуществить, то - к прогулкам верхом по окрестностям, привела меня в кружок любителей спорта, среди которых было несколько молодых людей не очень высокой нравственности. По вечерам мы обычно вместе обедали, хотя, надо сказать, на этих обедах часто бывали и люди более дельные; по временам мы порядочно выпивали, а затем весело пели и играли в карты”.
Биограф отца, Френсис Дарвин, однако отмечает, что имеет право предполагать, основываясь на данных, собранных от ровесников отца, что Дарвин преувеличивает, описывая эти веселые собрания. В это время Дарвин был страстным собирателем жуков, которые подробно описывал, и, как он пишет, ничто не доставило ему большего удовольствия, чем то, что в одной из книжек с описанием британских насекомых оказалась его фамилия, как того, которому удалось найти редкий вид этих насекомых.
Казалось бы, что в это время ничто особенное не выделяло молодого Дарвина среди многочисленных его друзей. Однако это было не так. Трудно было бы себе иначе объяснить, почему так выдающиеся в то время профессора в Кембридже, как Генсло и Седжвик, обращали на него особое внимание и отличали его своей дружбой. Вероятно уже раньше начали появляться те удивительные черты Дарвинского ума, являвшиеся сочетанием наблюдательности и способности к широким обобщениям, которые развивались на почве глубоко закорененной любви к науке.
Приближается решительный и переломный момент в жизни Дарвина. Дарвин, вернувшись домой из геологической экскурсии, в которой был вместе с профессором Седжвиком во время каникул, нашел письмо Генсло. Генсло писал, что капитан Фиц-Рой ищет молодого натуралиста, который хотел бы без заплаты принять участие в кругосветном путешествии на корабле “Бигль” и заняться коллекционированием растений и животных. Дарвин уже и раньше с удовольствием читал труды Гумбольдта и собирался поехать на Тенериф. Поэтому нет ничего удивительного, что предложение Генсло наполнило его огромной радостью. Однако он встретился с решительным возражением отца, лишь благодаря ходатайству дяди Веджвуда он, наконец, получил разрешение, и после того, как Фиц-Рой принял его кандидатуру, 27 декабря 1831 г. покинул берега Англии, к которым вернулся лишь 2 октября 1836 г. Перед тем, как он тронулся в путь, Дарвин получил из рук Генсло первый том “Основ геологии” Лайеля с предостережением, чтобы он не принимал идей, которые провозгласил автор. Второй том Дарвин получил лишь во время пребывания в Южной Америке (1832).
Судя лишь по высказываниям самого Дарвина, имеющихся в “Автобиографии” (“В то время, как я находился на корабле “Бигль” мои взгляды были чисто ортодоксальными”) можно предположить, что в первой фазе путешествия у него не возникало никаких сомнений, что до правильности картины “сотворения”, о которой написано в книге Бытия. Однако по существу дело выглядело вероятно иначе. Этому способствовало не только изучение трудов деда, знакомство с теорией Ламарка, изучение трудов, касающихся географического размещения животных и связанных с этим загадок, но также и будящийся на этом фоне критицизм в отношении правдивости первой главы книги Бытия. Об этом вспоминает Фиц-Рой, который, как человек верущий, хорошо помнил все высказывания Дарвина, в которых он относился с сомнением к авторитету Библии. Таким образом, можно предполагать, что факты, с которыми Дарвин встретился во время своего путешествия, попали на соответственно подготовленную почву.