Изменчивость отмечается не только у форм, размножающихся половым путем, но также и у видов, которые размножаются или могут быть разведены вегетативным путем. Огородники часто получают новые разновидности растений следующим образом: среди тысяч одинаковых почек вдруг появляется одна, отличная от всех остальных; при помощи прививок сеянцев или даже семян из нее можно получить новую разновидность.
Хотя Дарвин предупреждал, что он хочет избежать ошибок Ламарка, он принимал некоторые из ламарковских факторов изменчивости. К ним относится влияние упражнения и не упражнения органов и наследственное закрепление изменений этого вида. Дарвин приводит примеры изменчивости, которые, по его мнению, можно объяснить именно этим путем. Так, например, кости крыльев дикой утки весят больше, в сравнении со скелетом, чем домашней утки, а кости ног весят по отношению ко всему скелету меньше. Он пишет также, что вымя гораздо больше у коров, систематически доеных. Увеличение часто употребляемого органа и уменьшение неупотребляемых органов передается по наследству и таким образом может содействовать увеличению изменчивости.
Однако, по мнению Дарвина, законы, управляющие изменчивостью, по существу неизвестны, изучение их только началось. Известно, что изменения одних частей тела коррелируются изменениями других органов. Белые коты с голубыми глазами обычно бывают совершенно глухими, а у белых свиней из Виргинии, которые едят растущее там растение (Lachnanthes), окрашивающее кости в розовый цвет, отпадают копыта. Поэтому фермеры разводят только черных свиней. Безволосые собаки имеют не все зубы. Имеется зависимость между длиной клюва и ног у голубей.
Все эти примеры свидетельствуют о том, что изменения одной части тела может привести к очень разнообразным изменениям разных органов. Некоторые примеры корреляции объяснить нелегко, и Дарвин, не колеблясь, говорит о таинственных законах корреляции. Совершенно ясно, что для эволюции имеют значение только те изменения, которые являются или становятся наследственными. Каждый животновод или растениевод прекрасно отдает себе отчет о размерах и силе наследственности, хотя законы, управляющие ею, так же, как и законы, управляющие изменчивостью, совершенно неизвестны.
Домашние животные и растения не только отличаются большей изменчивостью, чем наиболее близкие им дикие виды, но, кроме того, они имеют иногда как бы характер уродств, когда только одна какая-нибудь черта подвергается крайним изменениям. Различия между отдельными домашними разновидностями иногда так значительны, что если бы эти формы мы знали как дикие, то не колеблясь отнесли бы их к разный видам. Однако нет сомнения в том, что такие разновидности домашних животных возникли или только из одного первичного дикого вида, прирученного человеком, или из нескольких исходных видов. Курицы, например, отличаются большой изменчивостью и человек вывел много различных рас их. Однако все они происходят из одного дикого вида Gallus bankiva, происхождением из Индии.
Если предположить, как это делают некоторые животноводы, что каждая разновидность произошла из отдельного дикоживущего вида, то можно придти к абсурдному выводу, что в Великобритании когда-то жило около двадцати видов диких овец, которые человек приручил и из которых произошли известные сегодня и разводимые породы этих животных. Правда, как считает Дарвин, хотя некоторые из наших домашних животных, как, например, собаки, вероятно, возникли в результате скрещивания разных видов Canidae, выведение очень разных пород должно было зависеть от появления новой изменчивости, передающейся по наследству, так как невероятно, чтобы столь разные формы, как борзые, бульдоги и некоторые разновидности карликовых собак могли существовать в диком виде. Таким образом, Дарвин приходит к выводу, что столь различные разновидности домашних животных и растений могли произойти только благодаря использованию человеком изменчивости, усиленной в результате действия условий выращивания и разведения.
Считая, что тщательное изучение одной избранной группы животных может доставить максимальное количество данных относительно возникновения разновидностей домашних животных, Дарвин, после долгого размышления, избрал голубей. Голуби не только давно приручены человеком, но кроме того отличаются большими различиями между отдельными разновидностями и их довольно легко разводить. Если голубевод соединит соответствующие пары, то возникает прочная связь между самцом и самкой. В этих условиях можно в одном голубятнике разводить большое количество разных пар без опасения непреднамеренных скрещиваний. Разные породы голубей отличаются не только разными внешними признаками, цветом оперения, но также и внутренними признаками, как скелетом, способом поведения, темпом развития и величиной яиц.