Дарвин придавал большое значение эмбриологическим данным для обоснования эволюционной теории, и потому был несколько удивлен тем, что рецензенты первого издания “Происхождения видов” не обратили внимания именно на ту главу, в которой он излагал данные из эмбриологии. По мере появления новых изданий “Происхождения видов”, Дарвин все больше использовал материалы и взгляды своих сторонников. В 1864 г. выступил Ф. Мюллер, и Дарвин в четвертом издании “Происхождения видов”, базируясь на взглядах этого автора, считает, что “в очень отдаленные времена вероятно существовало зрелое животное, похожее на науплиуса (личинку ракообразных), которое в процессе дальнейшего развития дало начало разным группам ракообразных.
В 1866 г. была издана книга Геккеля “Общая морфология”, в которой этот автор развивает дальше и расширяет теорию рекапитуляции. Яйцеклетка животных соответствует одноклеточным предкам многоклеточных животных. Эмбриональная стадия бластулы соответствует зрелой форме предка, которого Геккель называет бластея, тогда как двулистковая гаструла соответствует гипотетическому предку, названному гастрея.
Как подчеркивает де Бир, теория рекапитуляции Геккеля была принята современными ему эволюционистами без возражений. Некоторые из авторов, занимавшиеся исследованием окаменелостей, старались даже на своем материале подтвердить правильность предпосылок Геккеля. Однако вскоре результаты этих исследований были опровергнуты, а одновременно появились критические замечания по адресу теоретических предпосылок концепции Геккеля. Совершенно непонятно, каким образом могли быть включены в процесс эмбрионального развития стадии зрелых форм. Несмотря на все сходства, зародыши разных животных неидентичны, неодинаковыми являются и их яйцеклетки. Жаберные щели зародышей млекопитающих не являются рекапитуляцией рыбы, их можно только сравнивать с образованиями, имеющими место у эмбрионов рыб.
В связи с все более прогрессивным развитием генетики и разработкой Морганом и его сотрудниками хромосомной теории наследственности, ученые—генетики, изучающие вопросы эволюции, были вынуждены заняться также интерпретацией, в свете науки о наследственности, фактов, доставляемых сравнительной эмбриологией.
Первым из авторов, который рассматривал доказательства из эмбриологии с точки зрения современной генетики, был Морган. Морган решительно выступал против биогенетического закона. Оп считал, что материал, полученный при изучении сравнительной эмбриологии, может найти свое логическое объяснение только базируясь на эволюционных принципах.
“Факты говорят сами за себя. Это жаберные щели, обнаруженные у зародышей птиц и млекопитающих, дорзальная хорда у зародышей, уступающая позднее свое место позвоночнику, очередность изменений сосудистой системы, последовательное развитие выделительной системы у млекопитающих в виде предпочки, первичной и вторичной почки, история развития половых органов и другие. Эти и многие другие такие же факты находят, как мне кажется, достаточное объяснение в эволюционной теории, как отображение давней истории в эмбриональном развитии высших групп”.
“Обратим внимание например, на позвоночных. Согласно теории эволюции, высшие группы происходят из видов, сходных с примитивными видами, которые жили в давние времена. Если эволюционные изменения происходят главным образом в конечных стадиях онтогенетического развития, то можно понять, почему соответствующие стадии развития высших и низших обладают сходствами”.
“Жаберные щели являются хорошим примером. У зародышей костистых рыб жаберные щели развиваются на ранних этапах развития когда зародыш еще покрыт яйцевой оболочкой. Щели эти остаются, и в процессе дальнейшего развития становятся постоянными органами дыхания зрелых форм. У птиц и млекопитающих щели также развиваются на очень раннем этапе и сходным образом, как у зародышей рыб. Однако позже большинство щелей закрывается и исчезает. Из двух или трех щелей в дальнейшем развиваются иные органы”…
“Такое развитие можно связывать с теорией эволюции, если мы объясняем эти факты таким образом, что некоторые стадии зародыша рыбы сохранились без значительных изменений у ранних зародышей птиц и млекопитающих. Такая интерпретация не только согласована с нашим ощущением непрерывности и родства, но не содержит никаких трансцендентальных предпосылок, которые принимает теория рекапитуляции, переносящая зрелые формы предков на ранние этапы развития более поздних форм”.
Данные сравнительной эмбриологии, кроме того, показали, что вопрос соответствующей интерпретации стадий развития является гораздо более сложным, чем предполагали первые эволюционисты. Особые заслуги в этом вопросе принадлежат А. Н. Северцову и его сотрудникам, а также Гарстангу (Garstang).