Сезон 2011/12 годов начался с уступки Суперкубка Испании «Барселоне». На «Сантьяго Бернабеу» команды сыграли вничью – «два – два», а на «Камп Ноу» хозяева выиграли со счетом «три – два» и взяли трофей.
«Сливочные» отомстили «сине-гранатовым» в национальном чемпионате, который был выигран с рекордным количеством очков – целая сотня, с рекордным количеством голов – сто двадцать один – и с рекордной разницей забитых и пропущенных мячей – плюс восемьдесят девять. Одержав тридцать две победы (что тоже стало рекордом для Ла Лиги), команда «Реала» потерпела только два поражения от «Леванте» и «Барселоны», а четыре матча сыграла вничью. Никогда еще «Реал Мадрид» не выигрывал чемпионат столь убедительно, как в тридцать второй раз, тоже ставший рекордом Ла Лиги. Жаль только, что в четвертьфинале Кубка Испании не удалось обыграть «Барселону», которая заполучила Кубок в дополнение к Суперкубку.
В Лиге чемпионов УЕФА команда «Реала» дошла до полуфинала, где проиграла «Баварии», причем по пенальти. Не повезло: Роналду, Кака и центральный защитник Серхио Рамос не смогли реализовать свои удары. Утешением для команды «Реала» могло служить разве что завершение группового этапа турнира с шестью победами – такое прежде удавалось только четырем командам.
Моуринью демонстрировал прогресс, и потому в мае 2012 года клуб заключил с ним новый контракт – на сей раз четырехлетний. В августе 2012 года команда «Реала» пополнилась хорватским центральным полузащитником Лукой Модричем, который в настоящее время является ее вице-капитаном. За Модрича «Тоттенхэм Хотспур» получил тридцать миллионов британских фунтов, причем переговоры относительно его трансфера были весьма сложными, но все же Перес и Моуринью сумели заполучить очередную «звезду» в свою «галактическую» команду.
Несмотря на великие ожидания, единственным трофеем сезона 2012/13 годов стал Суперкубок Испании, который «сливочные» выиграли у «сине-гранатовых» в августе 2012 года. На сей раз правило выездного гола сработало в пользу «Реала» при общем счете «четыре – четыре». Таким образом, Моуринью за два года выиграл все национальные трофеи, доступные для высшего футбольного дивизиона Испании. И это было хорошо, а вот все остальное – не очень… В чемпионате Ла Лиги «сливочные» набрали восемьдесят пять очков и заняли второе место после «Барселоны», у которой в этот раз было сто очков. В полуфинале Кубка Испании «сливочным» удалось выиграть у «сине-гранатовых» со счетом «четыре – два», но в финале они проиграли мадридскому «Атлетико» со счетом «один – два» и остались без трофея. Ну а из полуфинала Лиги чемпионов команду «Реала» выбила «Боруссия» («три – четыре»).
Моуринью назвал сезон 2012/13 годов худшим в своей карьере. В конце мая 2013 года он покинул «Реал», а спустя несколько дней возглавил команду «Челси». В целом, несмотря на три выигранных трофея, пребывание Жозе Моуринью в «Реале» оценивается как неудачное, и главной причиной неудач принято считать конфликт с командой. Главный тренер, если он хочет добиться чего-то значимого, должен работать в связке с капитаном команды и ладить с ключевыми игроками. С капитаном «сливочных» Икером Касильясом и вторым человеком в команде – Серхио Рамосом – у амбициозного Моуринью рабочие отношения не сложились сразу же, а со временем они становились все хуже и хуже. Все свои просчеты Моуринью старался переложить на Касильяса, которого поддерживала бóльшая часть команды. «Заявления тренера, с моей точки зрения, неадекватны, – сказал Пепе после очередной публичной критики Касильяса. – Икер – часть «Реала», он один из главных игроков как в клубе, так и в сборной Испании. Надо проявлять к футболистам немного больше уважения. Мы все хотим для нашей команды самого лучшего».