В том же зале имеются и другие портреты: в прославлении Воинствующей церкви (напротив "Афинской школы") участвуют папа Сикст IV (в тиаре, крайний справа), Данте (за папской спиной) и Беато Анджелико (в монашеском одеянии), а также Григорий Великий с лицом Юлия II (на мраморном троне у алтаря, за компанию со святым Иеронимом, Амвросием и Блаженным Августином). Данте фигурирует и второй раз – над окном, выходящим к Бельведеру: там изображается царство поэзии с Парнасом, Аполлоном, музами, Гомером и Вергилием. Наконец, в сцене передачи декреталий Григорию IX (противоположная стена) заняты кардиналы Джованни Медичи (будущий Лев X) и Алессандро Фарнезе (будущий Павел III).
В Зале Гелиодора (Stanza di Eliodoro), где явившиеся к папе Юлию должны были ждать приема, на сводах сохранились остатки росписи Луки Синьорелли, но главное – это "Освобождение святого Петра из темницы" с невероятно искусной игрой света (над окном) и "Встреча Льва I с Аттилой". История о том, как папе Льву явились апостолы Петр и Павел, при помощи которых римляне благополучно побороли гуннов, дописывалась уже при Льве X, так что бывший кардинал Медичи фигурирует на фреске дважды: один раз в кардинальской шапке, как изначально и было запланировано, и другой раз – в папской тиаре, на месте скончавшегося по ходу работ Юлия II. Его Рафаэль успел изобразить в "Мессе в Больсене" – в коленопреклоненном виде, вместе с кардиналом Рафаэле Риарио, первым владельцем палаццо Канчеллерия.
В третьей станце, имени пожара в Борго (Stanza dell Incendio di Borgo), бывшей столовой, позже превращенной в концертный зал, Рафаэль расписал стену историей о том, как папа Лев IV силой одной молитвы погасил страшнейший пожар, грозивший уничтожить весь квартал вокруг собора Святого Петра (сюжет, разумеется, был подсказан тезкой героя под десятым номером). Остальные фрески – это "Коронация Карла Великого", предшествовавшая ей "Присяга Льва Великого", когда папа объявил, что людскому суду он неподвластен, и "Битва при Остии", где все тот же Лев IV одержал победу над сарацинами (намек на крестовый поход против неверных, организованный папой Медичи). Потолок надо всем этим – кисти Перуджино.
Ну а дальше, зa сияющей сине-золотой капеллой Урбана VIII, наступает кульминация: там расположена Сикстинская капелла (Cappella Sistina), где с 1484 года собираются на конклав кардиналы, чтобы избрать нового папу. Делать это место главным центром притяжения во всем дворце никто изначально не собирался: Микеланджело пригласили расписывать потолок всего лишь потому, что Браманте с Рафаэлем порекомендовали его папе, понадеявшись, что в живописи флорентиец наконец провалится, и они смогут снова стать главными гениями при дворе. Надежда не оправдалась: художник провел четыре года, лежа с кистью на спине под потолком капеллы, а когда (в 1512-м) он оттуда слез, оказалось, что ничего мощнее этих ветхозаветных сцен в ренессансном Риме еще не видывали (плафон изображает: "Отделение света от тьмы", "Сотворение Солнца, Луны и растений", "Отделение суши от воды и сотворение рыб", "Сотворение рыб и птиц", "Сотворение Адама", "Сотворение Евы", "Грехопадение и изгнание", "Жертвоприношения Ноя", "Потоп" и "Опьянение Ноя"). Так, по крайней мере, счел папа Юлий II, при том что под Микеланджеловыми сводами трактовкой библейских сюжетов занимались первейшие художники: Перуджино, Боттичелли, Гирландайо, Лука Синьорелли. (Слева от алтарной стены: "Путешествие Моисея в Египет" – совместное творение Перуджино и Пинтуриккьо, "Испытание Моисея" Боттичелли, "Переход через Красное море" Козимо Росселли, его же "Моисей на горе Синай", "Смерть Моисея" Луки Синьорелли, "Наказание бунтующих" Боттичелли; справа от алтарной стены: "Крещение Христа" Пинтуриккьо, "Искушение Христа" Боттичелли, "Призвание апостолов" Гирландайо, "Нагорная проповедь" Козимо Росселли, "Передача ключей" Перуджино, "Тайная вечеря" Козимо Росселли и Антонио Туччи; против алтарной стены – "Вознесение Христа" Хендрика ван ден Брука, "Спор о теле Моисея" Луки Синьорелли.) 22 года спустя Климент VII уломал художника снова взяться за Сикстинскую капеллу. Микеланджело пытался сопротивляться: куда больше его занимал надгробный памятник Юлию II, для которого он начал делать Моисея, но Климент был упрям, и в конце концов (в 1541 году) на задней стене капеллы, где пришлось заделать два окна, замазать некоторое количество фресок (в том числе Перуджино и самого Микеланджело) и сделать поверхность слегка наклонной, чтобы пыль не оседала, появился грандиозный "Страшный суд" (с автопортретом художника под видом святого Варфоломея, держащего в руках свою свежесодранную кожу). Несколько сотен обнаженных фигур, рассыпанных по стене капеллы, имели такой феерический успех, что ради них люди стали специально приезжать в Рим. Правда, Пий IV, невероятный ханжа, повелел ученику Микеланджело Даниеле да Вольтерра пририсовать всем персонажам по набедренной повязке.