Прежде чем Нантский эдикт обрел силу закона, его нужно было зарегистрировать разными парламентами, а это оказалось далеко не простым делом. В феврале 1599 года Генрих IV убеждал Парижский парламент зарегистрировать эдикт: «То, что я сделал, — сказал он, — сделано ради мира, я утвердил его на границах моего королевства и теперь желаю обеспечить мир внутри. Вы должны повиноваться мне, хотя бы в силу того положения, которое я занимаю, и обязательства, которое разделяют мои подданные и особенно вы как мой парламент». Тремя неделями позже парламент зарегистрировал эдикт, и другие парламенты, хотя и без особой поспешности, последовали его примеру. Руанский же воздерживался от регистрации эдикта вплоть до 1609 года, уполномоченные, направленные в провинции для обеспечения исполнения эдикта, встретили сопротивление со стороны католиков-экстремистов. Определение городов, где было разрешено протестантское богослужение, стало предметом споров.
Выполнение эдикта было поистине подвигом Геракла, для завершения которого понадобилось бы много лет, но даже после этого следовало проявлять постоянную бдительность. Официально провозглашенный «вечным» и «неизменным», эдикт на самом деле не стал окончательным разрешением религиозного вопроса. Сама фразеология эдикта указывала на его временный характер: «Господь не считает, что мои подданные должны пока что служить и поклоняться ему, исповедуя одну форму религии». Это мнение разделялось и католиками и гугенотами; каждая из сторон была убеждена в том, что рано или поздно она обратит другую в свою веру. В то время как гугеноты продолжали выступать против перехода в католичество и выказывать неприятие других католических доктрин, авторы католических памфлетов доказывали, что протестантизм во Франции выжил исключительно благодаря королевскому милосердию. «Католическая вера, — заявлял один из них, обращаясь к гугенотам, — является основном законом страны, религией наших отцов и наших королей; вашу же просто терпят как гнойник на теле Франции».
Ришелье, выросший в Пуату, провинции, где гугеноты составляли немалую долю населения, хорошо их знал. Его первое публичное заявление относительно их прозвучало во время рукоположения его епископом Люсона в 1609 году. Обращаясь к своей пастве, он сказал «Я знаю, что здесь присутствуют люди, не согласные с нами в вопросах веры. Я надеюсь, что мы сможет объединиться в любви к Богу. Я сделаю все, что в моих силах, дабы достичь этого на пользу как им, так и нам, и одобрения королем, которому мы все обязаны служить».
Но все же, несмотря на примирительные слова, отношения Ришелье с гугенотами в его приходе далеко не всегда были безоблачными. Он потребовал, чтобы они подыскали себе другое место, когда те начали строить церковь неподалеку от кафедрального собора, и предложил им компенсацию. Гугеноты отказались и обратились с запросом к правительству, но, в конце концов, должны были подчиниться. Они обвиняли Ришелье в том, что он притесняет их различными способами: настаивая, чтобы ему кланялись, когда он проходит мимо их церкви, добиваясь отставки со своего поста сержанта, «доброго старого человека», из-за его вероисповедания и устраивая повторное крещение людей, которые хуже прошли обряд крещения в качестве протестантов. Но католики тоже имели причины жаловаться, если верить меморандуму тайного королевского агента в Пуату за 1608 год. Составляя большинство населения, они, однако, далеко не всегда могли спокойно, совершать богослужения рядом со своими соседями-гугенотами. Епископ и его причт несколько раз жаловались королю на ущерб, нанесенный ими храмам и другим церковным зданиям. Другим поводом раздражения для католиков был отказ гугенотов платить определенные налоги. В письме к одному аристократу-гугеноту в 1609 году Ришелье сетовал на грубость гугенотов, с которыми пытался жить в мире.
В мае 1611 года в Сомюре собралась Протестантская ассамблея. Регентша Мария Медичи через своих представителей попросила делегатов назначить шесть человек, которые бы защищали их интересы при дворе, и затем разойтись. Но ее не стали слушать и в свою очередь объявили ассамблею постоянной, направив регентше различные требования. Они были настолько непомерны, по мнению Ришелье, что даже если бы весь Королевский совет состоял из протестантов, то и тогда бы их нельзя было выполнить. Переговоры между ассамблеей и регентшей продолжались четыре месяца. В итоге делегаты. собравшиеся в Сомюре, согласились разойтись, но поставили при этом условия, по словам Ришелье, определенно угрожавшие политическому единству королевства. Они возвратились в свои провинции, намеревались «нарушить мир в стране и поймать рыбку в мутной воде».