Затаенное недовольство, неоднократно выражавшееся парламентом при Людовике XIII, проявлялось в виде использования правительством специальных судебных комиссий. Однако это не было новшеством: такие комиссии имели длинную историю, появившись в XV столетии, когда они часто использовались для политических целей. Даже в таком виде они рассматривались многими как умаление законности монархии, которая, как считалось, опирается на надлежащее отправление правосудия. Условия, при которых королевская власть могла вмешиваться в действия верховных судов, были ограничены законами 1562 и 1572 годов, но они игнорировались Людовиком XIII и Ришелье. По словам одного парламентария, «комиссии принимают решения по незначительным делам чаще, чем обычные суды». Ближе к концу правления президенты парламента выражали недовольство тем, что король мог судить любого человека, назначив судьей также любого.
Специальные комиссии для расследования преступлений lese-majeste использовались Люинем в начале правления Людовика XIII, чтобы устранять своих политических врагов. Его примеру последовал Ришелье, которые использовал специально подобранных судей, чтобы судить Пюилорана, маршала де Марийяка, герцога де Монморанси и Сен-Мара. Похожие комиссии создавались также для расследования других преступлений. Самой известной была Chambre de l’Arsenal, которая использовалась для проведения скорого правосудия в отношении политических преступников. Ее созданию в 1631 году парламент сопротивлялся в течение нескольких месяцев, однако в конце концов ему пришлось уступить, и новый суд мог действовать без помех. Он стал печально известен из-за своих тайных процессов и ночных казней. Иногда Ришелье вполне обходился без юридических формальностей при отправлении правосудия. Так, аббат Сеп-Сиран, подозревавшийся в симпатиях к янсенистам, был заключен в тюрьму Венсенского замка на четыре года без судебного разбирательства. После нормандского мятежа в 1639 году канцлер Сегье приговаривал людей к смерти без суда, по одному своему слову. В глазах Людовика XIII и его главного министра такие судебные эксцессы были совершенно в порядке вещей. Один из пропагандистов Ришелье заявил, что «правосудие, добродетель и честность монарха действуют совершенно иначе, чем у простых людей».
Ришелье не только помог ограничить законную власть парламента; он также выступал против его политических притязаний. Здесь он снова подчинялся традиции. Король и парламент находились в политическом конфликте в течение, по меньшей мере, одного столетия. В 1527 году Франциск I запретил суду вмешиваться в государственные дела. Во времена Людовика XIII такой же запрет был объявлен хранителем печати, Мишелем де Марийяком: он напомнил судьям, что их обязанностью было отправлять правосудие, а не вмешиваться в дела государственные. В 1629 году свод законов Code Michau постановил, что утверждение предложенных королевских законопроектов должно быть автоматическим, если не представлены возражения в течение двух месяцев после получения законопроектов парламентом. В январе 1632 года после отказа парламента утвердить указ об учреждении Chambre de l’Arsenal, делегация судей предстала перед королем в Меце. «Вы здесь, — сказал он им, — только для того, чтобы рассудить истца и ответчика, и я не дам вам зазнаться; если вы будете продолжать свои козни, я быстро подстригу ваши коготки».
Разногласия между королем и парламентом достигли высшей точки в 1635 году, после начала войны с Испанией. Людовик провел Lit-de-justice в декабре, чтобы утвердить несколько указов, создававших новые должности, 24 из них — в самом парламенте. Указы были утверждены, однако некоторые члены Enquetes (Следственной палаты, одной из палат Парижского парламента) попытались провести их обсуждение на пленарном заседании суда. Самые откровенные критики были арестованы в январе 1636 года и высланы из столицы, после чего их коллеги организовали судебный бойкот, который продолжался до марта. Мир был восстановлен только тогда, когда король согласился восстановить в правах высланных судей и сократить число новых должностей до семнадцати. В 1638 году произошло другое столкновение, когда парламент заявил протест по поводу неспособности правительства выплатить проценты по определенным облигациям. Были высланы пять судей и организован еще один судебный бойкот. Однако на этот раз парламент сдался без особых уступок со стороны короля. В начале 1640 года еще двое судей были высланы, после того как они выступили против создания новых должностей. В феврале 1641 года парламент был вынужден утвердить указ, ограничивавший его возможности высказывать свое мнение в отношении государственные дел. С этого времени законопроекты политического рода, чаще чем финансовые или юридические, должны были утверждаться без предварительного обсуждения.