В Кливленде зачитывали на перекрёстках воззвания, приглашая записываться в армию; по вечерам проводили факельные шествия. Муж Люси, Пирсон Бриггс, вступил в роту добровольцев «Кливленд Грэйз», которая занималась поддержанием порядка в городе, а в случае необходимости могла быть послана на фронт (что и произошло дважды за эту войну). «Я хотел пойти в армию и внести свой вклад, — рассказывал позже Джон Д. — Но об этом просто не могло быть и речи. Мы только-только начали своё дело, и если бы я не остался, оно бы остановилось, а от этого столько всего зависело».
Согласно распоряжению правительства мужчины освобождались от военной службы, только если были единственной опорой семьи, являлись несовершеннолетними или родителями малолетних детей. Фактически 21-летний Джон содержал мать, сестру и младшего брата, но формально у него был отец. Тогда он воспользовался другой возможностью: нанял за 300 долларов человека, который пошёл служить вместо него, и потратил ещё 138 долларов 9 центов на оснащение целого взвода. Однажды утром капитан Леви Скофилд, друг Джона, привёл на Ривер-стрит 30 новобранцев и выстроил их перед конторой. Вышел мистер Рокфеллер и выдал каждому десять долларов — новенькую хрустящую бумажку. «Господи, да он богач», — шепнул один паренёк другому. «Да, — ответил тот, — говорят, он стоит десять тысяч долларов!»
Уильям тоже не пошёл в армию. Поработав немного у Хьюитта, он перешёл к местному мельнику, а затем стал партнёром в фирме оптовой торговли «Хьюз, Лестер и Рокфеллер» — и всё это за один год. К своему двадцатилетию он уже зарабатывал тысячу долларов в год — больше, чем его старший брат. Нельзя было рисковать таким ценным кадром. Зато заводной и темпераментный Фрэнк, которому было всего шестнадцать, сбежал на войну.
В первый раз его не взяли — мал ещё. Удручённый Фрэнк вернулся домой. Отец, случайно заехавший в Кливленд, поставил ему ультиматум: «Молодой человек, если ты отправишься на войну, то распрощаешься с семьёй — скатертью дорога!» У Фрэнка уже пробивались усы, он рвался в бой и мечтал о военной славе. Он станет героем, а не будет, как старшие братья, вечно возиться с цифрами и дрожать над каждым центом! Однако на снаряжение требовались деньги, и Фрэнк попросил у Джона взаймы 75 долларов. Тот прочитал ему целую проповедь: «Ты поведёшь себя как дикий, глупый мальчишка, если сбежишь из дома и потратишь впустую годы юности, вместо того чтобы найти своё место в жизни и делать деньги». Нужную сумму Фрэнку ссудил Гарднер. Когда сержант на призывном пункте спросил Фрэнка: «Сколько?» — имея в виду возраст, он ответил: «Выше восемнадцати». (Чтобы не осквернить свои уста ложью, Фрэнк написал мелом на подошвах своих ботинок цифру 18, и получилось, что он выше восемнадцати). Его зачислили рядовым в 7-й добровольческий пехотный полк Огайо.
В сентябре два уроженца Кливленда, уехавшие в нефтеносный район, открыли новый колодец «Эмпайр»: нефтяной фонтан бил, как писала газета, «выше колокольни» и давал три тысячи баррелей в день. У владельцев скважины быстро закончились бочки, а к фонтану уже со всех сторон бежали люди с вёдрами, флягами, ковшами, черпаками — всем, что можно было наполнить «чёрным золотом»... Цены на нефть резко упали: за баррель теперь давали десять центов вместо десяти долларов, в то время как за доставку каждой бочки к железной дороге возчики по-прежнему требовали три-четыре доллара. Похоже, это всё-таки ненадёжное дело, решили многие.
Бизнес Кларка и Рокфеллера зависел от владения информацией о ситуации на рынке. В контору поступали телеграммы со всех концов страны, сюда же заглядывали знакомые, чтобы узнать последние сводки с фронта. Седьмой добровольческий полк сражался в долине Шенандоа, штат Виргиния. Джон и Морис прикрепили к стене две большие подробные карты и отмечали на них продвижение войск. 25 мая 1862 года состоялось сражение при Винчестере, и южане под командованием Томаса Джонатана Джексона, прозванного Каменной Стеной, одержали победу. 9 июня северяне были разбиты при Порт-Репаблик; федеральная армия отступила, и Джексон ринулся к Ричмонду, на помощь генералу Ли. 9 августа в битве у Кедровой горы Фрэнк Рокфеллер впервые был ранен.
Из-за военных действий река Миссисипи уже не использовалась для торговых перевозок, и Кливленд, связанный с системой Великих озёр и впадающих в них рек, приобрёл ещё большее значение как транспортный узел. Жизнь в городе бурлила, цены росли, и прибыль фирмы «Кларк, Гарднер и К°» увеличивалась, хотя она и не получала прибыльных правительственных контрактов. Сведя баланс 1862 года, Джон Д. смог проставить в графе «Итого» целых 17 тысяч долларов; склады были заставлены сотнями бочонков с солью, семенами, свининой, а сама фирма занимала уже четыре здания по Ривер-стрит: дома 39, 41, 43 и 45.