Никону посылается программа допроса, особый анкетный лист с предложением заполнить все его пункты. Удар рассчитан безошибочно. Гордый Никон выскажется откровенно и таким образом сам, своей рукой, подпишет себе приговор.
С таким документом в руках боярам нетрудно было создать обвинение против Никона, желающего якобы погубить пастырским проклятием и самого царя, и всю его семью. Царь горько плачет. «Чем виноваты жена моя и дети мои любезные, чтобы подвергаться проклятию?» — жалуется он собору архиереев. Следствие ведут лютые враги Никона. Улик против патриарха нет, обвинение оказывается вымышленным, но в это время сам Никон допускает новую неосторожность. Некий боярин Зюзин в своем письме к Никону советует ему как ни в чем не бывало явиться в ближайший праздник в Успенский собор, занять свое патриаршее место и пригласить по обычаю государя. Стосковавшийся по делу, по былой власти, Никон рад этому предложению. Он убеждает сам себя в том, что о такой встрече мечтает и сам царь. Разве стал бы боярин Зюзин от себя, на свой страх и риск, этакие слова писать?!
И вот Никон внезапно возвращается в Москву. В Успенском соборе идет заутреня с 17 на 18 декабря 1665 года. В 3 часа ночи распахнулась дверь и с шумом является толпа монахов во главе с Никоном. Впереди несут патриарший крест. Никон властной рукой берет посох св. Петра, занимает патриаршее место, и пришедшие с ним монахи поют с видом победителей. Все присутствовавшие в церкви остолбенели. Гордая патриаршая осанка действует на всех по-прежнему. Когда Никон возгласил призыв духовенства к благословению, все стали почтительно и робко подходить к его руке.
Если бы не «крамольные слова» в письмах Никона, подрывающие основы существующего строя, царь, может быть, и обрадовался бы мирному завершению распри, тем более что не так давно Никон писал царю: «Пришли мы к кротости и смирению, неся с собой мир». Но царь испуган. Что-то уже сломалось в его бесхарактерной и дряблой душе, исправить это не в силах даже присутствие Никона. Он посылает бояр, которые от его имени корят патриарха за самовольное возвращение и заявляют: «Уезжай туда, откуда приехал!»
Никон потрясен. Как? Он, патриарх, сделал первый шаг, и вот, вместо того чтобы оценить это, царь гонит его. Ни одной минуты не останется он более среди нечестивцев!
«Отрясаю прах от ног моих!» — гневно возглашает он, потрясая посохом св. Петра.
«Да разметет вас Господь божественной метлой своей!» — возглашает, покидая Москву, Никон, указывая на горевшую в это время на небе, смущавшую умы, похожую на метлу комету.
Никон уезжает к себе, в Воскресенское, в монастырь. Народ смущен его гневными проклятиями. Но при дворе он уже никому не страшен. В пути его догоняют, по приказу царя силой отбирают посох св. Петра, подвергают допросу. Он называет имя Зюзина, призвавшего его в Москву. Зюзина после лютых пыток ссылают в Казань.
Только теперь, с этого момента, окончательная опала Никона начинает губить и само его дело. Ревнители старины на время поднимают головы, становятся смелее. Сосланного было Аввакума возвращают из Сибири в Москву. Впрочем, вскоре новый собор духовенства, состоявшийся в 1666 году, снова меняет линию поведения, и преследование староверов возобновляется с новой силой. Того же Аввакума лишают сана и ссылают, последователям старой веры, стоящим за двуперстие, не только режут языки, но жгут их на кострах.
Никон снова пытается отослать царю длинное и резкое письмо, но до царя оно не доходит. Перехватившие его бояре в восторге: незаменимый материал для суда!
Духовный собор, созванный для суда над Никоном, обставлен исключительно серьезно и торжественно. Никогда еще не бывало такого собора в Москве. Десять митрополитов, два восточных патриарха — Антиохийский и Александрийский — возглавляют собор. Никона привезли ночью, соблюдая тайну. «Не задавить ли меня, как митрополита Филиппа, собираетесь?» — насмешливо спрашивал у приставленной к нему стражи Никон.
Суд над патриархом был представлен как тяжба его с государем. Для всех членов собора было ясно, что оправдать Никона — значит обвинить царя. Приговор предрешен.
Никон остается верен себе. Он входит в зал суда с поднесением креста и добивается этим того, что все члены собора и сам царь вынуждены встать при его входе. Ни на минуту не желает он считаться с тем, что он подсудимый. Он — патриарх! Ему указывают место рядом с архиереями, участниками собора, но это указание он считает оскорблением для себя. Если для него не приготовили особенно почетного места, он вообще не сядет. Восемь часов подряд, все время заседания, стоит он во весь рост, опершись на свой посох.