На протяжении всего XI века мысль о Иерусалиме все сильнее овладевала христианами. Это было одной из причин крестового похода, который в 1095 году провозгласил в Клермоне клюниец Папа Урбан II; поход завершился взятием Иерусалима в 1099 году, за которым последовало масштабное избиение мусульман христианами. Энтузиазм по поводу Иерусалима и связанный с этим городом образ распятого Христа — жертвы евреев — породили по отношению к ним волну враждебности и ненависти. Тут сыграло свою роль одно важное обстоятельство: уже доказано, что христиане, жившие в конце XI века, не вполне представляли себе протяженность исторического времени и считали, что Христа распяли в современную им эпоху. А значит, те, кого они собирались наказать, и были его непосредственными палачами. Самые могущественные и богатые крестоносцы отправились в путь морем на кораблях, нанятых в Марселе или Генуе, но основная масса неимущих участников похода, которых в основном вели за собой фанатически настроенные главари вроде проповедника Петра Отшельника, отправились на Ближний Восток через Центральную Европу, по дороге встречая многочисленные еврейские общины. Произошло множество жестоких расправ. Это была первая большая волна погромов в Европе.
В XII и XIII веках преследование евреев объяснялось другими причинами. Возникли два мифа. Первый из них — слухи о ритуальных убийствах, возведенные в ранг истины: якобы евреи убивают христианского младенца, чтобы использовать его кровь для своих обрядов. Почти после каждого такого слуха случался погром. По всей видимости, первое подобное обвинение было высказано в 1144 году в Норидже. Несколько похожих историй с последующими расправами произошло в Англии во второй половине XII и в первой половине XIII веков. В Линкольне произошел такой случай (1255): после смерти маленького мальчика прошел слух, что он был замучен насмерть евреями. Обвиняемых доставили в Лондон, где девятнадцать человек повесили, и только вмешательство брата короля, Ричарда Корнуэльского, спасло остальных девяносто обвиняемых от этой участи.
Такие же обвинения, казни и расправы происходили на континенте. Однако не известно ни об одном случае погрома на территории Франции в годы правления Людовика Святого (1226–1270). В этот период возникает еще один слух, из-за которого христиане начинают преследовать евреев: утверждалось, что евреи оскверняют освященные просфоры (гостии). Естественно, это обвинение было предъявлено в момент возрастания популярности евхаристии, которое привело к учреждению праздника Тела Господня в 1264 году.
Преследование евреев зачастую приводило к их массовым выселениям. Так произошло с евреями в Англии в 1290 году и во Франции — в 1306 году. Французские евреи, правда, постепенно возвращались, их окончательное выселение с территории Франции произошло только в 1394 году. В XIV веке гонения на евреев возобновились с новой силой, и связано это было с бедствиями того времени. В 1321 году евреев вместе с прокаженными обвинили в отравлении колодцев. Последовала волна погромов. Хуже того, в Германии, например, когда в 1348–1350 годах началась и стала набирать силу эпидемия чумы, виновными тоже оказались евреи; идея о намеренном заражении все шире распространялась по христианской Европе.
Изоляция евреев, делавшая их все более беззащитными перед гонениями, еще усилилась в XII и XIII веках. Владеть землей и обрабатывать ее евреям было запрещено, как и заниматься большинством ремесел. Крупнейшая акция по выселению евреев прошла на Пиренейском полуострове в 1492 году. В том же году перестало существовать последнее мусульманское королевство в Испании — Гранадский эмират. Испанские «католические короли» зашли дальше всех христианских суверенов в реализации идеи чистоты крови (limpieza del sangre). Потом всюду, откуда евреи не были изгнаны, в частности в итальянском папском государстве и в имперских владениях в Германии, они будут помещены в гетто, имевшие двойную функцию — защиты и изоляции.
Несмотря на огромное количество запретов, евреи продолжали предоставлять займы, но в небольших масштабах, без размаха. В результате, кроме преследований за ростовщичество со стороны Церкви и правителей, им была обеспечена ненависть христиан, не способных обойтись без их финансовой поддержки. Евреи сохранили серьезные медицинские познания, поэтому некоторые из них становились личными врачами влиятельных и богатых людей. Большинство Пап и королей христианских государств (в том числе Людовик Святой) лечились у врачей-евреев.