За то время, что папская власть располагалась в Авиньоне, внутренние конфликты в Риме усугубились; этому способствовало, во-первых, соперничество могущественных аристократических родов, а во-вторых, готовность низших слоев общества, черни, последовать за новоиспеченными вожаками.
Выдающимся эпизодом стала история Кола ди Риенцо. Человек скромного происхождения, но прекрасно образованный, воспитанный на античной литературе, он стал своего рода просвещенным трибуном и в 1347 году захватил Капитолий — местопребывание римского правительства — при помощи толпы, вдохновленной его красноречием, в котором цитаты из античных авторов переплетались с модными тогда пророческими фантазиями. Враждебное отношение к нему знатных римских родов и Папы, который направил против Кола ди Риенцо войско под командованием кардинала Альборноза, заставили его покинуть Рим. Вернувшись обратно, он уже не смог возвратить себе власть и в 1354 году был убит. Однако этот эпизод потряс не только Рим, но и весь христианский мир и сыграл свою роль в подготовке умов к возрождению античной римской философии. Перенос папского престола в Рим при Григории XI не только не восстановил мир внутри Церкви, но и привел к новому, еще более серьезному кризису. Ранняя смерть этого Папы вызвала созыв конклава, который обернулся мятежом. Новый Папа Урбан VI, избранный в этих условиях, тут же вызвал к себе резко враждебное отношение, и большинство участников конклава аннулировали свое предыдущее решение и избрали на место Урбана Климента VII. Но Урбан VI не пожелал отдать власть, и таким образом появилось одновременно два Папы: итальянец Урбан VI в Риме и уроженец Женевы Климент VII в Авиньоне. Вокруг каждого из них сплотилась часть христианского мира, в результате последний оказался разделен на две сферы влияния. В подчинение Авиньона попали Франция, Кастилия, Арагон и Шотландия; в подчинение Рима — Италия, Англия, германский император и отдаленные королевства Восточной и Северной Европы. У каждого из двух Пап имелись свои кардиналы, и после смерти Пап они созывали отдельные конклавы. Преемниками Урбана VI стали Бонифаций IX (1389–1404), Иннокентий VII (1404–1406) и Григорий XII (1406–1409). Климента же в 1394 году сменил Бенедикт XIII. Важно отметить, что, как это случится и в XVI веке во время Реформации, Церкви отдельных государств следовали решениям своих монархов и политических руководителей. Многие христиане в лоне Церкви и среди мирян были травмированы и дезориентированы сложившимся положением дел. Франция предложила произвести с 1395 года уступку прав (цессию), то есть одновременную отставку обоих Пап сразу. Бенедикт XIII не согласился с этим предложением. Тем не менее собор 1409 года, составленный из кардиналов обоих лагерей, дал отставку обоим Папам и назначил на их место Александра V, которого в 1410 году сменил Иоанн XXIII — традиция не считает его подлинным Папой, и его имя даже не внесено в официальный список Пап. А Бенедикт XIII и Григорий XII не пожелали сложить с себя полномочия, и теперь в христианском мире было одновременно уже не два соперничающих между собой понтифика, а сразу три. Иоанн XXIII был изгнан из Рима и низложен Констанцским собором 1415 года, Григорий XII отрекся от престола, а Бенедикт XIII, оставшийся в одиночестве, был повторно низложен, и 11 ноября 1417 года собор избрал наконец единого Папу — Мартина V. Потом последовал еще один рецидив раскола — чуть менее длительный и менее тяжкий — в 1439–1449 годах. Флорентийский собор и Папа Евгений IV положили конец расколу и попытались в последний момент (in extremis) достигнуть перемирия между Римской католической церковью и Греческой православной, но это соглашение было перечеркнуто захватом Константинополя турками в 1453 году.