В этот период японской истории в стране шла жестокая борьба между двумя большими феодальными кланами МИНАМОТО и ТАЙРА (11–12 в.в.), результатом которой стало падение дана ТАЙРА и установление в 1185 г. Камакурского сёгу-ната, что повлекло за собой то, чта основной политической силой в Японии стали самураи. Приход к власти ЙОРИТОМО МИНАМОТО повлек за собой резкое обострение противоречий между кланами самураев и вся страна оказалась раздираемой мятежами, конфликтами и войнами князей друг против друга. В этот период кланы ниндзя часто пополнялись за счёт ронинов — самураев, потерявших своего сюзерена, которые в благодарность за оказанное гостеприимство делились секретами своего боевого мастерства, чем пополнили и без того уже обширные знания теневых воинов. Однако со временем доступ в горные общины был практически прекращен и кланы ниндзя превратились в полностью закрытые организации, построенные на строжайшей дисциплине, скрепленные узами семейного родства и окутанные покровом тайны.
Политическая жизнь в стране не прошла мимо кланов ниндзя. Все острее разгоралась борьба между князьями и их дружинами, что потребовало большого количества разведчиков и диверсантов для успешного ведения военных действий. Поэтому многие из князей и крупных феодалов заключают договоры с различными кланами ниндзя или же нанимают их отдельных членов (конечно, с согласия руководства клана) для выполнения всевозможных заданий: сбора сведений, наблюдения, убийства, диверсии и т. п. Обьясняется это просто — от лазутчика или шпиона в те далекие времена требовалось наличие огромного количества различных качеств и способностей, многими из которых владели только принадлежащие к тайным общинам или традициям монахов-воинов сохэй В этот период (12–13 вв.) начинают появляться чисто шпионско-диверсионные организации, не имеющие ничего общего с традициями сюгэндзя, или "лесными крестьянами", и готовящие лиц типа современных «коммандос» для выполнения различных тайных поручений своего хозяина, по желанию которого они и создавались. Эти школы нельзя назвать "школами ниндзя" в чистом виде, хотя они и использовали методы и способы ночных воинов.
Дело в том, что постижение истинного учения какого-либо направления нин-дзютсу ("НИН-ХО" по яп.) было возможно лишь в том случае, если адепт принадлежал к клану «ИТИ-МОН» (буквально-"Единому пути" или "Единым вратам"), в котором вся традиция и весь опыт школы были сосредоточены в руках СОКЁ — "Носителя традиции", который одновременно являлся и руководителем клана. В самом клане все без исключения (как мужчины, так и женщины) являлись членами организации и выйти из клана можно было лишь в том случае, если провинившегося изгоняли из организации, но чаще преступившего законы ИТИ-МОН попросту убивали.
Подготовка будущих участников деятельности клана начиналась с младенчества и к 15–17 годам, пройдя невероятную по сложности физическую, психическую и умственную подготовку, не знающий усталости, страха или душевной слабости, готовый на любые, даже самые невероятные задания по приказу руководителей клана, юный воин-ниндзя становился рядовым членом тайной организации. Надо сказать, что вычеркнутые из обычных социальных отношений, действующих в стране и непризнающие официальной власти, ниндзя выработали свою иерархическую структуру, наиболее подходящую для их целей и методов и базирующуюся на строжайшей секретности и бесприкословном подчинении ру-ководству клана, основанном на доверии и верности. Руководители клана, которых рядовые члены общины могли даже не знать (что было лучшей гарантией неразглашения тайны) и которые являлись носителями традиции данного направления нин-дзютсу, назывались ДЗЁНИН. Посредниками, которые осуществляли связь между верхним и нижним звеном, руководили операциями, строительством укрытий, договаривались с нанимателями, были «офицеры» клана или среднее звено — ТЮНИН. И, наконец, рядовые исполнители сложнейших операций, на каждом шагу рисковавшие жизнью, в чьем существовании было только три постоянных: привязанность к своей семье, непрерывное самосовершенствование в духовном и физическом плане и готовность пойти на смерть ради исполнения воли клана — назывались ГЭНИН. Положение высшего и среднего звена варьировалось в зависимости от школы. Так, в клане КОГА реальная власть была сосредоточена в руках пятидесяти семейств ТЮНИН, каждое из которых имело под своим началом от тридцати до сорока семейств ГЭНИН. В клане ИГА, наоборот, все бразды правления были сосредоточены в руках трех семейств ДЗЁНИН.
Вовлечение ниндзя в шпионско-диверсионную деятельность не могло не повлечь за собой изменения в самой системе боя ночных воинов. Появились такие специфические техники, как проникновение в закрытые помещения, нападения из засад, снятие часовых, а также многочисленные методы изощренных убийств. Кроме того, все методики, уже существовавшие до этого, и которые хоть в какой-то степени могли пойти на пользу для подготовки «сверхвоина» и сделать его непобедимым и неуязвимым, были развиты до высшего предела, максимума эффективности. Все кланы этого периода, в большей или меньшей степени, отошли от чисто духовного учения к сугубо утилитарным практическим целям. Были преданы забвению некоторые традиции и ритуалы сюгэндо, не имеющие большой практической ценности. Все наносное, пусть даже очень красивое и эстетичное, было отсеяно. Любая техника или методика проверялась самими руководителями клана, которые были крайне заинтересованы в успехе операции и сохранении жизни лазутчику. Любая ошибка в выборе технических или тактичес- ких действий влекла за собой лишь одно — смерть; поэтому в арсенале ниндзя оставались только крайне изощренные и практически стопроцентно эффективные действия и приемы.
Так, в процессе жестокой селекции, где мерилом существования того или иного способа ведения боя или методики подготовки стало лишь одно — жизненность и практическая эффективность, из сугубо защитных систем "лесных крестьян" и последователей учения Эн-но Гедзя выростали те традиции многочисленных РЮ нин-дзютсу, которые не перестают поражать нас своей законченностью и совершенством, подобно ограненному алмазу. Кстати сказать, "Алмазная молния" ("КОНГО" по яп.), чей символ пришел в нин-дзютсу из учения ТАНТРА, стал для ниндзя визуализированным образом высочайшей мудрости и чистоты помыслов, крепости духа и мощи сознательной воли.
Остановимся несколько подробнее на истории создания различных РЮ, их основателях и тех областях, в которых они действовали, основываясь на тех фактах, которые дошли до нас из глубины веков.
История наиболее известного в наше время стиля нин-дэютсу, ТОГАКУРЭ-РЮ ("Спрятанная дверь" по яп.) связывается с именем ДАЙСУКЭ НИШИНА, чье имя было присвоено данному направлению спустя три поколения после его смерти. Она была основана в конце 12 века. В юности Дайсукэ перенял методы сюгэндо в горах ТОГАКУРЭ. Поэтому некоторые считают школу нин-дзютсу Тогакурэ-рю прямым продолжателем традиции монахов-воинов Тогакурэ-сюгэндзя, которая была основана в 637 году якобы самим Эн-но Одзуно, Это учение передавалось в течение 500 лет от поколения к поколению, пока не было передано юному Дайсукэ вместе с магическими методами самообороны воинственными мистиками. Несколько лет НИШИНА занимался на плато ДЗЁСИНЕТСУ укреплением тела и духа под руководствам учителя-отшельника. Его воодушевление методами Земли, Человека и Неба (ТЭН-ЧИ-ДЗИН), которые были запечатлены в его сознании наставниками, выдержало тяжелое испытание в тe времена, когда отряды ХЭЙКЭ выступили против них, чтобы подавить местное сопротивление. Сборщик чая Дайсукэ был вовлечён в 1181 году в партию КИСО ЙОСИТАКА. Через три года войска месных правителей были разбиты и в конце 12 века правительственные войска овладели всей страной. Чтобы спасти свою жизнь, Дайсукэ бежал. Он оставил родной Север и отправился на Юг, в дальнюю провинцию Ига. Здесь он встретил ямабуси по имени КАИН ДОСИ, который раскрыл ему еще глубже методы и пути борьбы. Таким образом, Дайсукэ изучил, помимо методов ямабуси гор Тогакурэ, Внешнее (ОМОТЭ) и Внутреннее (УРА) проявления мировой перспективы. Он набрался опыта и обогатил свои знания, изучая преимущества Света и Тьмы. Как символ своего нового рождения на новом уровне знания, Дайсукэ Нишина взял себе новое имя Дайсукэ ТОГАКУРЭ. Таким образом он почтил свое происхождение и расцвет новой судьбы. Этим он заложил краеугольный камень традиции нин-дзютсу, которая позже получила название Тогакурэ-рю, эзотерическому мироощущению воинов-призраков средневековой Японии.