Втім, ідея не сподобалась радянським правохоронцям. Влада досить вороже ставилась до кобзарства, вбачаючи в ньому відродження українського духу. Спроби зберегти та поширити це мистецтво обривались.
Степана Жарка заарештували за статтею 58-10 ч. 2 Карного кодексу РРФСР — «пропаганда або агітація, що містять заклик до повалення, підриву або ослаблення радянської влади або до вчинення окремих контрреволюційних злочинів», що за певних супровідних обставин могла загрожувати не лише таборами, а й смертним вироком.
4 червня (за іншими даними — 24 липня) Військовий трибунал військ НКВС засудив Жарка до 7 років виправно-трудових таборів із обмеженням у правах на 2 роки. Бандуриста етапували до Красноярського краю, де він загинув у таборі для інвалідів у місті Марійськ.
Згідно з постановою прокурора РРФСР від 29 вересня 1989 року, Степан Жарко реабілітації не підлягав. Даних щодо його реабілітації досі немає.
Жарко Степан Сергеевич // Жертвы политического террора в СССР: [Електронний ресурс]. Режим доступу: https://goo.gl/ 8JXBzX
Нирко Олексій. Доля українських кобзарів-бандуристів на Кубані. Неповний реєстр кубанських кобзарів-бандуристів // Етнічна історія народів Європи. — К., 2001. — Вип. 10. Режим доступу: https://goo.gl/LKLb8O.
Польовий Ренат. Кубанська Україна. — К.: Діокор, 2002. Режим доступу: https://goo.gl/EFQuHA
У 1926 році Степан Рудницький приїхав до СРСР, щоб очолити кафедру топології і картографії Геодезичного інституту. Згодом він заснував та очолив Український науково-дослідницький Інститут географії і картографії в Харкові, ініціював наукові експедиції територією України, став одним із засновників української геоморфології, антропогеографії, політичної, соціально-економічної та демографічної географії.
У 1933 році життя Степана Рудницького стрімко змінилося: чекісти підбурювали проти нього студентів, яким він відмовив у присвоєнні наукових звань, та колег, яких не призначив на високі посади. Було організовано провокації. Лист-наклеп, нібито написаний Василем Баб’яком, зятем Рудницького, став причиною для арешту вченого в інспірованій ДПУ УСРР справі «Української військової організації».
Досвід викладання у провідних університетах Європи відразу став підставою для звинувачень у шпигунстві, «пособництві міжнародній буржуазії» та іншій маячні. 23 вересня 1933 року судова трійка при колегії ДПУ УСРР засудила Рудницького до 5 років позбавлення волі за статтями 54-4 та 54-6 Карного кодексу УСРР.
У слідчому ізоляторі Харкова Степан Рудницький писав книжку «Геономія (астрономічна географія)», на об’єктах Біломорсько-Балтійського каналу — «Ендогенна динаміка земної кори», наукові дослідження продовжував на Соловках. Семен Підгайний згадував, що Рудницький «тримав себе цілком незалежно і ніколи не звертався ні за якими проханнями до будь-якого урядництва, — він просто його ігнорував і вчив молодь географії».
9 жовтня 1937 року Особливою трійкою Управління НКВС Ленінградської області науковець був засуджений до найвищої кари. 3 листопада він був розстріляний в урочищі Сандармох. Його рідних оголосили ворогами народу.
11 травня 1965 року Степана Рудницького було реабілітовано за відсутністю складу злочину, а 30 березня 1990 року — поновлено у складі Академії наук України.
Відомі географи, географічні персоналії. Рудницький Степан Львович. Режим доступу: https://goo.gl/BpXK7y
Ігнатьєва Алла. Справа «Української військової організації» та викладачі Харківських вищих навчальних закладів // Вісник Нац. техн. ун-ту «ХПІ»: Актуальні проблеми історії України. — 2012. — № 24. Режим доступу: https://goo.gl/RuuFkg
Пеленська Оксана. Визнаний винним у любові до батьківщини // Радіо Свобода. — 2012. — 19 липня. Режим доступу: https://goo.gl/iNFviT
Попович Жанна. Степан Рудницький і на Соловках продовжував дослідження // Дзеркало тижня. — 2007. — 21 грудня. Режим доступу: https://goo.gl/BzCywm
Шевченко Сергій. Список розстріляних у Сандармосі українців і вихідців з України // Радіо Свобода. — 2012. — 12 листопада. Режим доступу: https://goo.gl/J1Lpzx