Учергове з «правосуддям» митець зіткнувся у 1934 році. Уповноважений секретного відділу ДПУ УСРР Акимов (Егідес) розпочав розслідування контрреволюційної діяльності Вороного. В архівно-слідчій справі письменника збереглись свідчення Аркадія Добровольського, Івана Ле, Петра Колесника, Любомира Дмитерка з характеристиками на «буржуазно-естетську» та «націоналістичну» творчість «трубадура націоналістичної революції», як чекісти пафосно називали Вороного.
Микола Вороний заперечував версію слідства і зумів уникнути тюремної камери: його засудили до ув’язнення у виправно-трудових таборах, але замінили вирок засланням до Казахстану. Згодом місце заслання було змінено.
Микола Вороний змінив багато міст: побував у Воронежі, згодом у Бєжиці, улітку 1937 року переїхав до села Глиняного на Кіровоградщині, а восени — до Новоукраїнки.
«Вранці до мене в квартиру постукав працівник міліції й запитав мене, чи проживає тут Вороний. Останній почув цю розмову і, перебуваючи в іншій кімнаті, до якої слід було заходити в інші двері, з іншого боку, сказав, щоб він зайшов. Після цього Вороного було відведено. Але куди, я не знаю. Ввечері я пішла до міськради й запитала про Вороного. Мені сказали, що його заарештовано...» — переповідав слідчому слова Мотрі Голуб, у якої жив Вороний, Павло Андрієвський.
За «участь у контрреволюційній військово-повстанській організації» заарештували Миколу Вороного та 12 селян Глиняного. Чого вони тільки, за версією слідчого, не робили: і понижували врожай, і дискредитували стаханівську роботу, і вербували народ... Вирок за абсурдні обвинувачення, як завжди в історії радянських репресій, був невиправдано жорстоким — розстріл. Усі 13 осіб були страчені — за різними даними — того самого дня або 7 червня.
Выписка из протокола № 175.
Заседание Тройки при УНКВД по Одесской области 29 апреля 1938 г.
Слушали дело № ... Песчано-Бродского р/о НКВД.
20. Вороный Николай Кондратович, 1871 г. рождения, уроженец г. Ростова-на-Дону, житель с. Новоукраинка того же района Одесской области, украинец, гражданин СССР, со средним образованием, из мещан.
До ареста — без определенных занятий. В 1926 году вернулся из Польши как реэмигрант. В 1934 году был судим Коллегией ОГПУ за контрреволюционную деятельность. Сын его Марк также осужден за контрреволюционную деятельность и отбывает наказание в Соловках.
Является участником контрреволюционной укр. военно-националистической организации.
Постановили: Вороного Николая Кондратьевича расстрелять.
Верно: секретарь Тройки Фишман.
10 листопада 1957 року Президією Кіровоградського облсуду вирок 1938 року був скасований, Микола Вороний реабілітований за відсутністю складу злочину.
Місце й обставини смерті Миколи Вороного досі невідомі.
З порога смерті: письменники України — жертви сталінських репресій. — Вип. І / Упоряд. О. Мусієнко. — К.: Рад. письменник, 1991. Режим доступу: https://goo.gl/TWJqbI
Коваль Роман. Нариси з історії Кубані. Український революціонер Кубані Степан Ерастов. Режим доступу: https://goo.gl/EP4Jqp
Костюк Григорій. Микола Вороний. // Сучасна Україна. — Мюнхен, 1951. — Ч. 25. — 23 грудня. Режим доступу: https://goo.gl/uF6fFQ
Орел Світлана. Микола Вороний: остання трагічна сторінка // Дзеркало тижня. — 2006. — 16 червня. Режим доступу: https://goo.gl/mL1wxg
Сюндюков Ігор. Микола Вороний, його сучасники, друзі та вороги // День: Україна Incognita. — 2013. — 3 жовтня. Режим доступу:goo.gl/WXqT2R
Шепель Федір. Останній товариш Миколи Вороного // День. — 2002. — 27 грудня. Режим доступу: https://goo.gl/yDFzaX 29 квітня 1934 року заарештований поет та прозаїк Олекса Слісаренко38
Обшук у квартирі № 34 харківського будинку «Слово» здійснював оперуповноважений Микола Грушевський у присутності письменника Віталія Чигирина. Подання на арешт виписала уповноважена слідчої групи Пера Гольдман.