С ростом числа кальвинистов менялись и их настроения. Теперь им уже казалось мало просто бойкотировать католицизм, и они желали его свержения. В 1566 году в Антверпене вспыхнуло восстание «иконоборцев», перекинувшееся на остальные провинции. Восстание, в ходе которого разорению подверглось около 400 церквей, докатилось до Брюсселя. Когда «гезы», как называли себя восставшие, собрались под окнами дворца Маргариты Пармской, воинственно размахивая пиками и дрекольем, насмерть перепуганная правительница пообещала им полную свободу вероисповедания. Отныне рядом с католическими церквами начали открываться протестантские храмы. Воодушевленное этой победой дворянство также поспешило заявить о своих правах. Граф Эгмонт и граф Горн потребовали восстановления своих привилегий, участия в управлении провинциями и, наконец, прекращения преследований со стороны инквизиции, в частности, уничтожения практики расклеивания списков еретиков.
Это переполнило чашу терпения Филиппа II. Он объявил, что едет в Нидерланды. На самом деле он намеревался отправить туда войско дона Фернандо Альвареса де Толедо, широко известного под прозвищем «свирепого герцога Альбы». Испанский гранд, преданный душой и телом своему королю, свято верил в величие порученной ему миссии.
Прикрываясь именем Христа, его солдаты доказали, на что способна испанская «фурия». Они прокатились по восставшим территориям с методичностью машины, сея грабежи и убийства, насилие и пытки. Особенно досталось Антверпену. Зачинщик восстания 1566 года подвергся полному разорению. Руководителей, непокорных графа Эгмонта и графа Горна, бросили в темницу. По приказу герцога Альбы повсюду открывались «трибуналы для смутьянов». Представителей местной власти взяли в жесткие тиски: каждый бургомистр и эшевен обязан был лично явиться к герцогу и доказать, что не имеет ничего общего с еретиками.
По мнению некоторых, Альба всего лишь исполнял приказы Филиппа II. Он, правда, откладывал, сколько мог, казнь Горна и Эгмонта, понимая, что смерть последних усилит озлобление народа. Тем не менее ослушаться короля, потребовавшего публичной расправы с непокорными в Брюсселе, на площади Саблон, он не посмел. Это случилось в 1568 году, том самом, когда казнили бургомистра Антверпена Антониса ван Стралена. Католическое население города снова заволновалось. Причину бедствий, обрушившихся на Антверпен, жители видели в кальвинистах. Из рук в руки переходила листовка, в которой перечислялись имена виновных. Среди них фигурировал и Ян Рубенс. Эшевен знал, что ему предстоит ответить на те же обвинения, что предъявлялись и ван Стралену. Взвесив потенциальную опасность, он принялся подыскивать свидетелей, которые могли бы поручиться за него и отвести от него подозрения. Увы, таковых не нашлось. Юрист и отец семейства, он не стремился проявлять героизм. Вильгельм Оранский бежал в Германию. Вслед за ним и Ян Рубенс избрал путь изгнанника. В конце 1568 года, вместе с женой и четырьмя детьми — Яном Баптистом (1562), Бландиной (1564), Кларой (1565) и Хендриком (1567) — он покинул Антверпен. Вначале семья направилась в Лимбург, где жили родственники Марии Пейпелинкс. В 1569 году они перебрались в Кельн и поселились неподалеку от Вильгельма Оранского-Нассауского.
Яну Рубенсу льстило доверие, которое ему оказывал Молчаливый. Несмотря на разницу в социальном положении, оба семейства поддерживали довольно тесные отношения. Супруга принца Анна Саксонская поручила Яну защищать ее интересы в судебной тяжбе против испанских властей, наложивших секвестр на имущество мужа и ее собственное в Нидерландах. Мало того, не чувствуя особой склонности к исполнению материнских обязанностей и понимая, что муж-воин заниматься детьми не будет, она доверила воспитание своих детей, принцев Оранских, Марии Рубенс. Таким образом, Рубенсы устроились в изгнании совсем неплохо. Ян продолжал исполнять обязанности юриста и тем кормил семью. В Кельне его называли «антверпенским эшевеном, который не ходит к мессе», но особого внимания его персона к себе не привлекала.