Прошел еще год, принеся новые неприятности и беспокойства. И с ними справилась Мария, уплатив Нассау последние деньги, оставшиеся от того, что ей удалось собрать в 1571 году. Вскоре Оранские наконец-то согласились оставить их в покое. Анна Саксонская умерла, а Вильгельм счастливо женился третьим браком. В 1583 году Ян и Мария, окончательно освободившись от преследования бывших благодетелей, вернулись в Кельн. Здесь они устроились в Штернегассе, большом доме, том самом, который много лет спустя станет приютом для Марии Медичи, изгнанной из Франции собственным сыном Людовиком XIII. В этом доме Рубенсы прожили четыре года и дождались рождения седьмого ребенка — сына Бартоломеуса, вскоре умершего.
Поскольку отношения с Молчаливым окончательно испортились, кальвинизм потерял для них всякую привлекательность. Ян Рубенс отрекся от былых заблуждений и вернулся в лоно католицизма. Этот шаг позволил ему снова занять должность юриста. В дальнейшем ему даже довелось участвовать в переговорах, которые затеял король Испании, чтобы добиться примирения с Южными Нидерландами. Мария по-прежнему огородничала и сдавала комнаты, а Ян вплотную занялся образованием детей. Он сам учил их французскому языку и латыни, не забывая о Священной истории. В семье наконец воцарилось благополучие, увы, продлившееся недолго. В 1587 году Ян подхватил лихорадку, которая и унесла его в могилу. Питеру Пауэлу едва исполнилось десять лет.
После смерти мужа ничто больше не удерживало Марию Пейпелинкс в Германии. Кроме того, в Антверпене ей уже ничто не грозило. Старший сын Ян Баптист уехал в Италию и навсегда пропал из виду. Там он и умер в 1600 году. Скончались Клара, Хендрик и Бартоломеус. С тремя оставшимися детьми — Бландиной, Филиппом и Питером Пауэлом — в 1588 году Мария вернулась в Антверпен. Здесь ей снова пришлось в полной мере проявить свои лучшие материнские, а заодно и отцовские качества, как позже писал о ней питавший к ней глубокое уважение Ян Вовериус. О превратностях своей супружеской жизни в Германии она, разумеется, помалкивала, а вместо жалоб энергично принялась восстанавливать семейное состояние. В конце концов она сумела обеспечить детей даже лучше, чем при жизни мужа, лучше, чем в самые спокойные времена, когда Ян служил эшевеном и судьба, казалось, благоволила им.
В некотором смысле она вовремя уехала из Антверпена и вовремя вернулась в этот город. Ее отъезд совпал с самыми кровавыми событиями, когда в Нидерландах хозяйничали солдаты герцога Альбы. К моменту ее возвращения его сменил новый посланник Филиппа II — Александр Фарнезе, явившийся уже с миротворческой миссией. Конечно, положение продолжало оставаться тяжелым, особенно в самом Антверпене, но самые суровые испытания уже миновали.
Пока Рубенсы жили за границей, по Нидерландам прокатились сразу две волны народных беспорядков, приведшие в конце концов к разделу страны. В 1576 году, называемом «годом чудес», кальвинисты, предводительствуемые Вильгельмом Оранским, проявили такую боевитость, что почти принудили Филиппа II к уступкам. По условиям Гентского договора, положившего конец военным действиям, король Испании вынужден был отказаться от практики вывешивания списков еретиков, вывести свои войска и запретить культ Католической церкви в северных провинциях Голландии и Зеландии, штатгальтером в которых являлся Вильгельм Оранский. Слабость Филиппа II дошла до того, что он заявил о своем намерении выполнить одно из главных требований бельгийского дворянства и создать фламандский совет. Однако Вильгельм Оранский, добившийся поддержки Англии и воодушевленный своими дипломатическими победами, не спешил принимать предлагаемые условия. Он гордо отверг все авансы Филиппа II и 23 сентября 1577 года вошел в Брюссель. (Рубенсу в это время было три месяца.) Но… его триумф закончился очень скоро. Сторонники Вильгельма вели себя на завоеванных территориях ничуть не лучше испанских солдат и с такой же методичностью крушили и разоряли все на своем пути. Чаша терпения бельгийского населения, измученного бесконечной гражданской войной до последнего предела, переполнилась, породив движение «недовольных». Умелый дипломат и тонкий стратег, Александр Фарнезе сумел верно оценить обстановку и объединить недовольных вокруг собственной персоны. В 1579 году он восстановил в южных провинциях привилегии дворянства. В ответ Север ужесточил политику. В результате, помимо воли Вильгельма Молчаливого и уж тем более помимо желания Филиппа II, страна раскололась. Пять северных провинций, а также города Брюгге, Гент и Ипр образовали Утрехтский союз. Филиппу II не оставалось ничего иного, как признать развал своего бургундского наследства свершившимся фактом.