После прихода нацистов к власти в январе 1933 года Вирт издал работу «Признаки и суть свастики», в которой он восхищался Гитлером и национал-социализмом. Гитлер ознакомился с этим произведением и высказал свое письменное одобрение, в котором даже упомянул раннюю работу Вирта «Происхождение человечества». Скорее всего, с этой книгой он мог познакомиться у партийного издателя Гуго Брукмана, которому ее преподнес лично Вирт. Вирт, обладавший тонким политическим чутьем, еще до прихода к власти национал-социалистов решил связать с ними свою судьбу. В октябре 1932 года он принял приглашение национал-социалистов из Мекленбурга создать в городке Бад-Доберан «Исследовательский институт духовной истории древности». Он не просто охотно откликнулся только на это предложение, но даже оставил созданное им в Берлине «Общество Германа Вирта» и своих многочисленных фанатичных сторонников. Именно в Бад-Доберане он основал структуру, которой суждено было стать предтечей «Аненербе». Получая государственное субсидирование, здесь он был полностью свободен в осуществлении собственных идей, а самое главное — не был доступен для критики остальных германистов. Последние, в большинстве своем преподававшие в высшей школе, по мнению Вирта, были резко настроены против него. Причиной этого он считал свою беззаветную преданность немецкому народу и Германии. Вирт не преувеличивал и не сгущал краски. В германских университетах господствовала консервативная наука, которая презрительно относилась к радикальным научным течениям и популяризаторам в стиле фелькише. С другой стороны, Вирту, как и всем фелькише-исследователям, было присуще определенное чувство собственной неполноценности, которое мешало им приобрести научное признание. Несмотря на то что Вирт имел академическое образование и ряд научных работ, двери университетов оставались для него закрытыми. Причиной этого были преимущественно не признанные официальной наукой методики исследования древней истории. В итоге он был просто вынужден работать в рамках своего полугосударственного исследовательского центра. Справедливости ради заметим, что Вирта, свято верившего, что изыскания рано или поздно принесут ему грандиозный успех, такое положение устраивало гораздо больше, чем полное отсутствие государственной поддержки.
Его негативное отношение к немецкой профессуре было продиктовано не только научным тщеславием, но и дискуссиями о научной ценности работ Вирта, которые не утихали в высшей школе. Но тут он предпочитал, что называется, грести всех под одну гребенку, хотя далеко не все ученые скептически относились к полученным им результатам. Так, например, один из ведущих философов того времени Альфред Боймлер был принципиально не согласен с ироничной критикой и насмешками в адрес Вирта. В 1933 году во введении к книге «Что же значит Герман Вирт для науки?» он изложил точку зрения, согласно которой противоречия между Виртом и немецкими учеными были предопределены не научными, а общественно-политическим взглядами непризнанного исследователя. В той же самой книге известный германист Густав Некель писал, что Вирт сам осознавал собственные ошибки, что он пытался занимать независимую позицию, в то время как многие ученые были увлечены модными теориями, за что и попали под огонь критики этого исследователя.
Но вопреки заступничеству известных ученых и исследователей Вирт был отвергнут научным миром. Мнение научных кругов в целом сошлось на том, что его методы не имели ничего общего с наукой, а его теория, говорившая о том, что в каменном и бронзовом веках люди поклонялись Небу-отцу и Земле-матери, — абсолютно абсурдна. В это время к нему и поступило предложение из Меклебурга.
Помогать Вирту должны были несколько ассистентов. Но даже при частичной государственной поддержке он не мог рассчитывать на значительный успех, будучи отвергнутым научным миром. Основным направлением работы нового исследовательского института стало копирование наскальных рисунков германских первобытных стоянок. Уже в 1932 году мекленбургское правительство дало согласие на то, чтобы Вирт инсценировал в естественном интерьере свой доклад «Северная мать народов и заветы предков». Но этой постановке не было суждено сбыться. Причина этого была банальной — отсутствие денег. Финансирование не появилось даже после прихода к власти нацистов. Сам Гитлер относился к «нордическому мировоззрению» Вирта без особых симпатий. Он говаривал: «Эти профессора и мракобесы, которые создают собственную нордическую религию, портят мне абсолютно все. Почему я допускаю это? Они вносят сумятицу. А всякая сумятица плодотворна».
Подобное отношение со стороны нового имперского правительства стало для Вирта тяжелым ударом. Он вынужден был прекратить все свои исследования в Бад-Доберане, так как его научные проекты оказались финансово не обеспеченными. Хотя новый режим сделал небольшой реверанс перед исследователем — в 1933 году Вирту «за утверждение германского духа» был пожалован титул профессора и предоставлено место преподавателя в Берлинском университете Фридриха-Вильгельма с ежемесячным окладом в 700 рейхсмарок. Для того времени эта сумма была достаточно крупной, чтобы Вирт мог отказаться от подработок в качестве секретаря и домашнего учителя и посвятил себя только исследованиям. Жалованье преподавателя было для него отнюдь не единственным источником финансирования. С 1933 года он являлся директором передвижной выставки, посвященной древней истории нордической расы. Кроме этого Вирту оказывали достаточно щедрые пожертвования поклонники его теории: Матильда Мерк из Дармштадта, сенатор Розалиус из Бремена, принцесса Мари-Адельхайд Рене, представители индустрии и торговых домов. Так, например, Розалиус оказал активное содействие в организации передвижной выставки, проходившей сначала в Берлине, а затем в Бремене. Вопреки целому ряду неудач, Вирт не отказался от идеи исторического костюмированного действа. Он хотел, чтобы его сторонники смогли убедить прусского министра культуры Бернхардта Руста в необходимости этого мероприятия. Организация представления, естественно, должна была быть оплачена государством. Но убедить министра не удалось ни принцессе, ни сенатору — проект в очередной раз потерпел неудачу.
Чтобы привлечь к себе внимание, Вирт решил использовать свой последний козырь — он издал перевод старофризского документа, более известного как «Хроники Ура-Линды». Этот документ содержал в себе историю фризской семьи Овер де Линда, начиная с VI века до нашей эры. Эти хроники уже исследовались в 1872 году голландским ученым Оттемом. Годом позже, в 1873 году, другой голландец, Бекеринг-Винкерс, заявил, что эта рукопись является исторической фальшивкой. По его мнению, признаками этого являлись следующие факты: во-первых, рунический строй оригинала был явно заимствован из латинского языка; во-вторых, язык оригинала являлся искаженным старофризским либо же переделанным на старофризский манер голландским языком; в-третьих, бумага рукописи была изготовлена в 1850 году, а затем ей был предан более древний вид.
Вирт, естественно, придерживался совершенно иного мнения. Сам он начал изучать этот документ в 1923 году, но только спустя десять лет рискнул вынести итоги исследований на суд общественности. «Настоящим я ручаюсь за достоверность так называемой «фальшивки»», — писал Вирт в предисловии к своей книге, а затем обосновывал свою точку зрения. По его мнению, эта рукопись не могла быть фальшивкой, так как она передавала высокое мировоззрение народов региона Северного моря в период каменного века и излагала их мировую миссию в прежние времена. Искусственное старение бумаги Вирт объяснил тем, что она хранилась рядом с камином, а потому потемнела от дыма. Подобные заявления вызвали немалое возмущение академической публики — от него отвернулись все, даже те, кто как Густав Некель, после войны говорили о необходимости объединения с Виртом в единый фронт. В 1933–1934 годах только ленивый не пнул Вирта в связи с «Хрониками». Большинство ученых считало, что правдоподобность этой гипотезы была настолько мала, что «здание теории Вирта просто обречено на обвал».