Помимо преподавания богословских дисциплин на Русском юридическом факультете протоиерею Сергею Булгакову было разрешено митрополитом Евлогием совершать богослужения в Пражской церкви. Много сил отдавал Булгаков духовной работе с эмигрантской молодежью. Он стал одним из основателей Русского студенческого христианского движения (РСХД).
Русский философ Сергей Николаевич Булгаков от легального марксизма, который он пытался соединить с неокантианством, пришел в своем мировоззрении к религиозной философии, затем — к православному богословию. Переосмысление Булгаковым многих своих философских взглядов пришлось на эмигрантский период его жизни.
Духовное родство С. Н. Булгакова и П. А. Флоренского
С начала XX века философские идеи С. Булгакова развивались под преобладающим влиянием В. Соловьева и П. Флоренского. В развитии Булгаковым учения о Софии (софиологии) — всеединстве, объединяющем человека и его историю с Богом и Его воплощениями, всегда духовно присутствовал своими идеями Павел Александрович Флоренский (1882–1937), русский религиозный философ, ученый-энциклопедист, в 1911 году принявший сан священника, но не занимавший приходской должности. Известный русский художник Михаил Нестеров (1862–1942) отразил это духовное родство философов в своей знаменитой картине «Философы. 1917. (Двойной портрет философов — П. Флоренского и С. Булгакова)». Сергей Булгаков говорил, что в о. Павле объединились «церковность и культурность», что было вызовом для господствовавшей в то время атеистической «интеллигентщины».
В 1933 году Павел Флоренский в очередной раз был арестован большевистским правительством и осужден на 10 лет. Не без участия С. Н. Булгакова и других русских ученых-эмигрантов, многие из которых симпатизировали софиологам, Чехословакия в 1934 году ходатайствовала об освобождении отца Павла и переезде его с семьей в Прагу. Некоторые исследователи утверждают, что это предложение было отклонено правительством СССР. Однако большинство склоняется к мысли, что эмиграцию отверг сам Павел Флоренский, якобы сославшись на апостола Павла, который проповедовал, что надо быть довольным тем, что есть ныне.
Павел Александрович Флоренский был расстрелян в 1937 году. Его смерть потрясла души знающих и любивших этого человека людей неимоверной скорбью и была воспринята многими как одна из самых мрачных трагедий русской истории. Сергей Николаевич Булгаков оставил свои впечатления от потери соратника и друга Павла Флоренского:
«Из всех моих современников, которых мне суждено было встретить за мою долгую жизнь, он есть величайший, и величайшим является преступление поднявших на него руку…»
Философ Василий Зеньковский
Несмотря на то что некоторые постулаты философии С. Н. Булгакова были восприняты критически в церковных православных кругах как в России, так и за рубежом, его идеи оказали значительное влияние на духовное становление ряда русских ученых-эмигрантов первой половины XX века. Так, знакомство с Сергеем Николаевичем сыграло решающую роль в судьбе Василия Васильевича Зеньковского (1881–1962), русского философа, богослова, педагога.
После Октябрьской революции в России Зеньковский занимал пост министра вероисповедования в правительстве гетмана П. П. Скоропадского. В 1920 году Василий Васильевич эмигрировал в Югославию и стал профессором философского и богословского факультетов Белградского университета. В 1923 году он переехал в Прагу, где возглавлял кафедру экспериментальной и детской психологии в Высшем педагогическом институте. В том же 1923 году на Общеэмигрантском педагогическом съезде Зеньковского избрали председателем Педагогического бюро по зарубежным русским школьным делам.
В 1923 году в Чехословакии состоялся съезд русской православной студенческой молодежи, на котором было провозглашено о создании общественной организации Русское студенческое христианское движение (РСХД), председателем которого (с 1924 года) в течение многих лет был Зеньковский.
В 1927 году Василий Васильевич уехал из Праги в Париж и возглавил кафедру философии Православного богословского института, деканом которого являлся о. С. Н. Булгаков. После смерти Сергея Николаевича в 1944 году Зеньковский сменил его на посту декана. С 1942 года Василий Васильевич был рукоположен в сан священника.