В пражский период жизни Зеньковского вышла его книга «Русские мыслители и Европа» (1926). Одновременно он продолжал накапливать материалы для своих будущих философских, богословских и педагогических трудов.
Весом вклад ученого в историю русской философии. Философское учение Зеньковского включало метафизику, гносеологию и антропологию. Русский мыслитель, педагог, психолог и богослов стремился следовать христианской (церковной) традиции понимания мира и человека.
Несмотря на то что по образованию и роду занятий Василий Васильевич считался признанным религиозным философом, человеку, хоть немного знакомому с его философскими исканиями, очевидно, что все сочинения ученого-богослова тесно переплетены с вечной и главной темой педагогики — воспитанием целостной личности человека верующего — от «психологии детства» до метаморфоз зрелости.
Сам Василий Васильевич так писал о становлении своего мировоззрения:
«В ранние годы я находился под большим влиянием Вл. Соловьева и Л. М. Лопатина, но постепенно мои взгляды стали меняться, и здесь решающими были для меня размышления над понятием "личности", все отступило перед неизбежностью построения метафизики человека».
По утверждению исследователя творческой биографии Зеньковского Н. В. Тимашкова: «О чем бы ни писал В. В. Зеньковский — об истории отечественной философии или о творчестве выбранного им мыслителя, о педагогических задачах времени или о развитии христианского богословия, апологетики — всегда центром его исследований являлся человек, личность, судьба. А понять человека, по мнению этого известного отечественного мыслителя, возможно, лишь представив человека во всей системе мироздания в целом. По его мнению, неотъемлемой частью метафизики человека является свобода. Анализируя ее, Зеньковский применяет богословское понятие "первородного греха". Данный методологический подход позволяет ему утверждать, что "акты свободы получают свою творческую силу лишь при сочетании с благодатной помощью «свыше», без этого они бессильны и почти всегда отдают человека во власть зла"».
«Раз будучи понятым, — писал Василий Васильевич, — понятие первородного греха неизбежно привело меня к пересмотру основных правил метафизики, а затем гносеологии. Без понятия первородного греха нельзя понять раздвоение познавательной силы в человеке (раздвоение разума и сердца). Учение отцов Церкви о необходимости восстановления утраченного единства человеческого духа через Церковь привело меня к пересмотру всех философских построений в свете христианства, и я могу дать лишь одно наименование моим взглядам: "опыт христианской философии"…»
Личность, по Зеньковскому, наделена самосознанием и представляет собой творческое начало — индивидуальное для каждого человека, т. е. «крест», согласно Священному Писанию. И задача воспитателя-педагога как раз и заключается в том, чтобы отыскать, распознать в человеке этот самый «крест» — внутреннюю программу, закон, ключ, — с помощью которого можно будет направить человека по жизни в правильном направлении к совершенству, восстановить в нем утраченную при грехопадении целостность.
Тимашков Н. В. считает: анализ исторического развития педагогических идей привел Зеньковского к мысли, что «надлежащее свое осмысление педагогическое творчество может найти лишь на почве религии», а с помощью основанного на теории христианской антропологии исследования можно решить большинство задач воспитания человека. «С нашей точки зрения, — писал В. В. Зеньковский, — основная причина современного педагогического кризиса в том и заключается, что педагогическая мысль оторвалась от христианской антропологии, что вслед за другими сферами культуры педагогика стала на путь секуляризации, отделения себя от Церкви. Преодоление педагогического натурализма, возврат к обоснованию педагогики в целостном христианском мировоззрении, привлечение идей христианской антропологии к освещению основных проблем педагогики — и есть та основная задача, в разрешении которой лежит ключ к плодотворному творчеству в сфере воспитания».